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- EMDB-7345: An anti-gH/gL antibody that neutralizes dual-tropic infection def... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7345
タイトルAn anti-gH/gL antibody that neutralizes dual-tropic infection defines a site of vulnerability on Epstein-Barr virus
マップデータAn anti-gH/gL antibody that neutralizes dual-tropic infection defines a site of vulnerability on Epstein-Barr virus
試料
  • 複合体: Epstein-Barr virus glycoproteins H,L,42 in complex with the human antibody Fab fragment AMMO1.
    • 複合体: Epstein-Barr viral protein
      • タンパク質・ペプチド: Epstein-barr virus glycoprotein H
      • タンパク質・ペプチド: Epstein-barr virus glycoprotein L
      • タンパク質・ペプチド: Epstein-barr virus glycoprotein 42
    • 複合体: Human antibody抗体
      • タンパク質・ペプチド: Human antibody AMMO1 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Human antibody AMMO1 light chain
生物種Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å
データ登録者Snijder J / Ortego MS
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2018
タイトル: An Antibody Targeting the Fusion Machinery Neutralizes Dual-Tropic Infection and Defines a Site of Vulnerability on Epstein-Barr Virus.
著者: Joost Snijder / Michael S Ortego / Connor Weidle / Andrew B Stuart / Matthew D Gray / M Juliana McElrath / Marie Pancera / David Veesler / Andrew T McGuire /
要旨: Epstein-Barr virus (EBV) is a causative agent of infectious mononucleosis and is associated with 200,000 new cases of cancer and 140,000 deaths annually. Subunit vaccines against this pathogen have ...Epstein-Barr virus (EBV) is a causative agent of infectious mononucleosis and is associated with 200,000 new cases of cancer and 140,000 deaths annually. Subunit vaccines against this pathogen have focused on the gp350 glycoprotein and remain unsuccessful. We isolated human antibodies recognizing the EBV fusion machinery (gH/gL and gB) from rare memory B cells. One anti-gH/gL antibody, AMMO1, potently neutralized infection of B cells and epithelial cells, the two major cell types targeted by EBV. We determined a cryo-electron microscopy reconstruction of the gH/gL-gp42-AMMO1 complex and demonstrated that AMMO1 bound to a discontinuous epitope formed by both gH and gL at the Domain-I/Domain-II interface. Integrating structural, biochemical, and infectivity data, we propose that AMMO1 inhibits fusion of the viral and cellular membranes. This work identifies a crucial epitope that may aid in the design of next-generation subunit vaccines against this major public health burden.
履歴
登録2018年1月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月2日-
マップ公開2018年5月2日-
更新2018年5月2日-
現状2018年5月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7345.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7345.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈An anti-gH/gL antibody that neutralizes dual-tropic infection defines a site of vulnerability on Epstein-Barr virus
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.72 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.053332526 - 0.25414705
平均 (標準偏差)0.00152336 (±0.014326657)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ112112112
Spacing112112112
セルA=B=C: 304.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.722.722.72
M x/y/z112112112
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z304.640304.640304.640
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS112112112
D min/max/mean-0.0530.2540.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Epstein-Barr virus glycoproteins H,L,42 in complex with the human...

全体名称: Epstein-Barr virus glycoproteins H,L,42 in complex with the human antibody Fab fragment AMMO1.
要素
  • 複合体: Epstein-Barr virus glycoproteins H,L,42 in complex with the human antibody Fab fragment AMMO1.
    • 複合体: Epstein-Barr viral protein
      • タンパク質・ペプチド: Epstein-barr virus glycoprotein H
      • タンパク質・ペプチド: Epstein-barr virus glycoprotein L
      • タンパク質・ペプチド: Epstein-barr virus glycoprotein 42
    • 複合体: Human antibody抗体
      • タンパク質・ペプチド: Human antibody AMMO1 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Human antibody AMMO1 light chain

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超分子 #1: Epstein-Barr virus glycoproteins H,L,42 in complex with the human...

超分子名称: Epstein-Barr virus glycoproteins H,L,42 in complex with the human antibody Fab fragment AMMO1.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Epstein-Barr viral protein

超分子名称: Epstein-Barr viral protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293

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超分子 #3: Human antibody

超分子名称: Human antibody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293

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分子 #1: Epstein-barr virus glycoprotein H

分子名称: Epstein-barr virus glycoprotein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSASSLSEV KLHLDIEGHA SHYTIPWTEL MAKVPGLSPE ALWREANVTE DLASMLNRYK LIYKTSGTLG IALAEPVDIP AVSEGSMQVD ASKVHPGVIS GLNSPACMLS APLEKQLFYY IGTMLPNTRP HSYVFYQLRC HLSYVALSIN ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSASSLSEV KLHLDIEGHA SHYTIPWTEL MAKVPGLSPE ALWREANVTE DLASMLNRYK LIYKTSGTLG IALAEPVDIP AVSEGSMQVD ASKVHPGVIS GLNSPACMLS APLEKQLFYY IGTMLPNTRP HSYVFYQLRC HLSYVALSIN GDKFQYTGAM TSKFLMGTYK RVTEKGDEHV LSLVFGKTKD LPDLRGPFSY PSLTSAQSGD YSLVIVTTFV HYANFHNYFV PNLKDMFSRA VTMTAASYAR YVLQKLVLLE MKGGCREPEL DTETLTTMFE VSVAFFKVGH AVGETGNGCV DLRWLAKSFF ELTVLKDIIG ICYGATVKGM QSYGLERLAA MLMATVKMEE LGHLTTEKQE YALRLATVGY PKAGVYSGLI GGATSVLLSA YNRHPLFQPL HTVMRETLFI GSHVVLRELR LNVTTQGPNL ALYQLLSTAL CSALEIGEVL RGLALGTESG LFSPCYLSLR FDLTRDKLLS MAPQEATLDQ AAVSYAVDGF LGRLSLERED RDAWHLPAYK CVDRLDKVLM IIPLINVTFI ISSDREVRGS ALYEASTTYL SSSLFLSPVI MNKCSQGAVA GEPRQIPKIQ NFTRTQKSCI FCGFALLSYD EKEGLETTTY ITSQEVQNSI LSSNYFDFDN LHVHYLLLTT NGTVMEIAGL YEERAHGSGS GHHHHHH

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分子 #2: Epstein-barr virus glycoprotein L

分子名称: Epstein-barr virus glycoprotein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSASWAYPC CHVTQLRAQH LLALENISDI YLVSNQTCDG FSLASLNSPK NGSNQLVISR CANGLNVVSF FISILKRSSS ALTGHLRELL TTLETLYGSF SVEDLFGANL NRYAWHRGG

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分子 #3: Epstein-barr virus glycoprotein 42

分子名称: Epstein-barr virus glycoprotein 42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSASGGGRV AAAAITWVPK PNVEVWPVDP PPPVNFNKTA EQEYGDKEVK LPHWTPTLHT FQVPQNYTKA NCTYCNTREY TFSYKGCCFY FTKKKHTWNG CFQACAELYP CTYFYGPTPD ILPVVTRNLN AIESLWVGVY RVGEGNWTSL ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSASGGGRV AAAAITWVPK PNVEVWPVDP PPPVNFNKTA EQEYGDKEVK LPHWTPTLHT FQVPQNYTKA NCTYCNTREY TFSYKGCCFY FTKKKHTWNG CFQACAELYP CTYFYGPTPD ILPVVTRNLN AIESLWVGVY RVGEGNWTSL DGGTFKVYQI FGSHCTYVSK FSTVPVSHHE CSFLKPCLCV SQRSNSGSGS GHHHHHH

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分子 #4: Human antibody AMMO1 heavy chain

分子名称: Human antibody AMMO1 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: (PCA)VQLVQSGAD VKKPGASVK V SCKASGYT FI HFGISWV RQA PGQGLE WMGW IDTNN GNTNY AQSL QGRVTM TTD TSTGTAY ME LRSLSTDD T AVYFCARAL EMGHRSGFPF DYWGQGVLV T VSPASTKG PS VFPLAPS SKS TSGGTA ALGC ...文字列:
(PCA)VQLVQSGAD VKKPGASVK V SCKASGYT FI HFGISWV RQA PGQGLE WMGW IDTNN GNTNY AQSL QGRVTM TTD TSTGTAY ME LRSLSTDD T AVYFCARAL EMGHRSGFPF DYWGQGVLV T VSPASTKG PS VFPLAPS SKS TSGGTA ALGC LVKDY FPEPV TVSW NSGALT SGV HTFPAVL QS SGLYSLSS V VTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDK R VEPKSC

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分子 #5: Human antibody AMMO1 light chain

分子名称: Human antibody AMMO1 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: SYELTQPPSV SVAPGQRATI TCGGHNIGAK NVHWYQQKPG QAPVLVIQYD SDRPSGIPER FSGSNSGSTA TLTISRVEAG DEADYYCQVW DSGRGHPLYV FGGGTKVTVL GQPKANPTVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVTV AWKADSSPVK AGVETTTPSK ...文字列:
SYELTQPPSV SVAPGQRATI TCGGHNIGAK NVHWYQQKPG QAPVLVIQYD SDRPSGIPER FSGSNSGSTA TLTISRVEAG DEADYYCQVW DSGRGHPLYV FGGGTKVTVL GQPKANPTVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVTV AWKADSSPVK AGVETTTPSK QSNNKYAASS YLSLTPEQWK SHRSYSCQVT HEGSTVEKTV APTECS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 72000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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