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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7328 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of mouse PCDH15-1EC-LHFPL5 complex | |||||||||
マップデータ | primary map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 detection of mechanical stimulus involved in equilibrioception / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / righting reflex / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / stereocilium bundle / inner ear auditory receptor cell differentiation / stereocilium / non-motile cilium assembly ...detection of mechanical stimulus involved in equilibrioception / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / righting reflex / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / stereocilium bundle / inner ear auditory receptor cell differentiation / stereocilium / non-motile cilium assembly / adult walking behavior / auditory receptor cell stereocilium organization / startle response / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / inner ear development / photoreceptor outer segment / monoatomic ion transport / visual perception / actin filament organization / locomotory behavior / morphogenesis of an epithelium / sensory perception of sound / response to calcium ion / multicellular organism growth / membrane => GO:0016020 / cell adhesion / apical plasma membrane / calcium ion binding / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Gouaux E / Elferich J / Ge J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2018 タイトル: Structure of mouse protocadherin 15 of the stereocilia tip link in complex with LHFPL5. 著者: Jingpeng Ge / Johannes Elferich / April Goehring / Huaying Zhao / Peter Schuck / Eric Gouaux / 要旨: Hearing and balance involve the transduction of mechanical stimuli into electrical signals by deflection of bundles of stereocilia linked together by protocadherin 15 (PCDH15) and cadherin 23 'tip ...Hearing and balance involve the transduction of mechanical stimuli into electrical signals by deflection of bundles of stereocilia linked together by protocadherin 15 (PCDH15) and cadherin 23 'tip links'. PCDH15 transduces tip link tension into opening of a mechano-electrical transduction (MET) ion channel. PCDH15 also interacts with LHFPL5, a candidate subunit of the MET channel. Here we illuminate the PCDH15-LHFPL5 structure, showing how the complex is composed of PCDH15 and LHFPL5 subunit pairs related by a 2-fold axis. The extracellular cadherin domains define a mobile tether coupled to a rigid, 2-fold symmetric 'collar' proximal to the membrane bilayer. LHFPL5 forms extensive interactions with the PCDH15 transmembrane helices and stabilizes the overall PCDH15-LHFPL5 assembly. Our studies illuminate the architecture of the PCDH15-LHFPL5 complex, localize mutations associated with deafness, and shed new light on how forces in the PCDH15 tether may be transduced into the stereocilia membrane. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7328.map.gz | 95.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7328-v30.xml emd-7328.xml | 12 KB 12 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_7328_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_7328.png | 110 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7328 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7328 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7328_validation.pdf.gz | 555.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7328_full_validation.pdf.gz | 554.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7328_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_7328_validation.cif.gz | 15.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7328 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7328 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7328.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | primary map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : membrane protein complex
全体 | 名称: membrane protein complex |
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要素 |
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-超分子 #1: membrane protein complex
超分子 | 名称: membrane protein complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Protocadherin-15
分子 | 名称: Protocadherin-15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 37.458129 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GQYDDHPPVF QKKFYIGGVS EDARMFASVL RVKATDRDTG NYSAMAYRLI IPPIKEGKEG FVVETYTGLI KTAMLFHNMR RSYFKFQVI ATDDYGKGLS GKADVLVSVV NQLDMQVIVS NVPPTLVEKK IEDLTEILDR YVQEQIPGAK VVVESIGARR H GDAYSLED ...文字列: GQYDDHPPVF QKKFYIGGVS EDARMFASVL RVKATDRDTG NYSAMAYRLI IPPIKEGKEG FVVETYTGLI KTAMLFHNMR RSYFKFQVI ATDDYGKGLS GKADVLVSVV NQLDMQVIVS NVPPTLVEKK IEDLTEILDR YVQEQIPGAK VVVESIGARR H GDAYSLED YSKCDLTVYA IDPQTNRAID RNELFKFLDG KLLDINKDFQ PYYGEGGRIL EIRTPEAVTS IKKRGESLGY TE GALLALA FIIILCCIPA ILVVLVSYRQ FKVRQAECTK TARIQSAMPA AKPAAPVPAA PAPPPPPPPP PPGAHLYEEL GES AMHKYE TALFESRLVP R |
-分子 #2: LHFPL tetraspan subfamily member 5 protein
分子 | 名称: LHFPL tetraspan subfamily member 5 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 25.06732 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GSGGRATMVK LLPAQEAAKI YHTNYVRNSR AVGVMWGTLT ICFSVLVMAL FIQPYWIGDS VSTPQAGYFG LFSYCVGNVL SSELICKGG PLDFSSIPSR AFKTAMFFVA LAMFLIIGSI ICFSLFFVCN TATVYKICAW MQLAAATGLM IGCLVYPDGW D SSEVRRMC ...文字列: GSGGRATMVK LLPAQEAAKI YHTNYVRNSR AVGVMWGTLT ICFSVLVMAL FIQPYWIGDS VSTPQAGYFG LFSYCVGNVL SSELICKGG PLDFSSIPSR AFKTAMFFVA LAMFLIIGSI ICFSLFFVCN TATVYKICAW MQLAAATGLM IGCLVYPDGW D SSEVRRMC GEQTGKYTLG HCTIRWAFML AILSIGDALI LSFLAFVLGY RQDKLLPDDY KADGNEEVFE |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 285 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 74.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |