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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7099 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of ATP-bound, outward-facing bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1) | ||||||||||||
マップデータ | Full map scaled to model, B-factor sharpened with a sharpening factor of -75 A^2. | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | ABC transporter / multidrug resistance / outward facing / TRANSPORT PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Sphingolipid de novo biosynthesis / Heme degradation / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / cyclic nucleotide transport / Transport of RCbl within the body / Paracetamol ADME / leukotriene transport / glutathione transmembrane transport / glutathione transmembrane transporter activity / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter ...Sphingolipid de novo biosynthesis / Heme degradation / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / cyclic nucleotide transport / Transport of RCbl within the body / Paracetamol ADME / leukotriene transport / glutathione transmembrane transport / glutathione transmembrane transporter activity / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / ABC-family proteins mediated transport / Cytoprotection by HMOX1 / ABC-type xenobiotic transporter / xenobiotic transport / ABC-type xenobiotic transporter activity / lipid transport / xenobiotic transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / positive regulation of inflammatory response / basolateral plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / ATP hydrolysis activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Johnson ZL / Chen J | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2018 タイトル: ATP Binding Enables Substrate Release from Multidrug Resistance Protein 1. 著者: Zachary Lee Johnson / Jue Chen / 要旨: The multidrug resistance protein MRP1 is an ATP-driven pump that confers resistance to chemotherapy. Previously, we have shown that intracellular substrates are recruited to a bipartite binding site ...The multidrug resistance protein MRP1 is an ATP-driven pump that confers resistance to chemotherapy. Previously, we have shown that intracellular substrates are recruited to a bipartite binding site when the transporter rests in an inward-facing conformation. A key question remains: how are high-affinity substrates transferred across the membrane and released outside the cell? Using electron cryomicroscopy, we show here that ATP binding opens the transport pathway to the extracellular space and reconfigures the substrate-binding site such that it relinquishes its affinity for substrate. Thus, substrate is released prior to ATP hydrolysis. With this result, we now have a complete description of the conformational cycle that enables substrate transfer in a eukaryotic ABC exporter. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7099.map.gz | 201.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7099-v30.xml emd-7099.xml | 23.6 KB 23.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7099.png | 128.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-7099.cif.gz | 7.2 KB | ||
その他 | emd_7099_additional.map.gz emd_7099_half_map_1.map.gz emd_7099_half_map_2.map.gz | 199.6 MB 199.7 MB 199.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7099 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7099 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7099_validation.pdf.gz | 745.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7099_full_validation.pdf.gz | 744.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7099_validation.xml.gz | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_7099_validation.cif.gz | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7099 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7099 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7099.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Full map scaled to model, B-factor sharpened with a sharpening factor of -75 A^2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.817 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Full map scaled to model, unsharpened.
ファイル | emd_7099_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Full map scaled to model, unsharpened. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2 scaled to model, unsharpened.
ファイル | emd_7099_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 scaled to model, unsharpened. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 scaled to model, unsharpened.
ファイル | emd_7099_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 scaled to model, unsharpened. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1) E1454Q
全体 | 名称: bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1) E1454Q |
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要素 |
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-超分子 #1: bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1) E1454Q
超分子 | 名称: bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1) E1454Q / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 170 KDa |
-分子 #1: Multidrug resistance-associated protein 1
分子 | 名称: Multidrug resistance-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 183.074062 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)MAL RDFCSVDGSD LFWEWNVTWN TSNPDFTKCF QNTVLVW VP CSYLWVCFPF YFLYLSHHDR GYIQMTHLNK AKTALGFLLW IVCWADLFYS FWERSMGKLL APVFLVSPTL LGITMLLA T FLIQIERRRG VQSSGIMLTF WLIALLCALA ILRSKIMTAL KEDARVDVFR DVTFYIYFSL VLIQLVLSCF SDRSPLFSE TINDPNPCPE SSASFLSRIT FWWITGMMVQ GYRQPLESTD LWSLNKEDTS EQVVPVLVKN WKKECAKSRK QPVKIVYSSK DPAKPKGSS KVDVNEEAEA LIVKCPQKER DPSLFKVLYK TFGPYFLMSF LFKAVHDLMM FAGPEILKLL INFVNDKKAP E WQGYFYTA LLFISACLQT LVLHQYFHIC FVSGMRIKTA VIGAVYRKAL VITNAARKSS TVGEIVNLMS VDAQRFMDLA TY INMIWSA PLQVILALYL LWLNLGPSVL AGVAVMVLMV PLNAVMAMKT KTYQVAHMKS KDNRIKLMNE ILNGIKVLKL YAW ELAFKD KVLAIRQEEL KVLKKSAYLA AVGTFTWVCT PFLVALSTFA VYVTVDENNI LDAQKAFVSL ALFNILRFPL NILP MVISS IVQASVSLKR LRVFLSHEDL DPDSIQRRPI KDAGATNSIT VKNATFTWAR NDPPTLHGIT FSVPEGSLVA VVGQV GCGK SSLLSALLAE MDKVEGHVTV KGSVAYVPQQ AWIQNISLRE NILFGRQLQE RYYKAVVEAC ALLPDLEILP SGDRTE IGE KGVNLSGGQK QRVSLARAVY CDSDVYLLDD PLSAVDAHVG KHIFENVIGP KGLLKNKTRL LVTHAISYLP QMDVIIV MS GGKISEMGSY QELLARDGAF AEFLRTYASA EQEQGQPEDG LAGVGGPGKE VKQMENGMLV TDTAGKQMQR QLSSSSSY S RDVSQHHTST AELRKPGPTE ETWKLVEADK AQTGQVKLSV YWDYMKAIGL FISFLSIFLF LCNHVASLVS NYWLSLWTD DPIVNGTQEH TQVRLSVYGA LGISQGITVF GYSMAVSIGG IFASRRLHLD LLHNVLRSPI SFFERTPSGN LVNRFSKELD TVDSMIPQV IKMFMGSLFN VIGACIIILL ATPMAAVIIP PLGLIYFFVQ RFYVASSRQL KRLESVSRSP VYSHFNETLL G VSVIRAFE EQERFIRQSD LKVDENQKAY YPSIVANRWL AVRLECVGNC IVLFASLFAV ISRHSLSAGL VGLSVSYSLQ VT TYLNWLV RMSSEMETNI VAVERLKEYS ETEKEAPWQI QDMAPPKDWP QVGRVEFRDY GLRYREDLDL VLKHINVTID GGE KVGIVG RTGAGKSSLT LGLFRIKESA EGEIIIDDIN IAKIGLHDLR FKITIIPQDP VLFSGSLRMN LDPFSQYSDE EVWT SLELA HLKGFVSALP DKLNHECAEG GENLSVGQRQ LVCLARALLR KTKILVLDQA TAAVDLETDD LIQSTIRTQF DDCTV LTIA HRLNTIMDYT RVIVLDKGEI QEWGSPSDLL QQRGLFYSMA KDSGLVSNSL EVLFQ UniProtKB: Multidrug resistance-associated protein 1 |
-分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ChemComp-CLR: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.9 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 400-mesh Au Holey Carbon Grids 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 12 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 80.0 K / 最高: 100.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 4210 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 84.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 37000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-6bhu: |