[日本語] English
- EMDB-7094: Glycan shield and fusion activation of a deltacoronavirus spike g... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7094
タイトルGlycan shield and fusion activation of a deltacoronavirus spike glycoprotein fine-tuned for enteric infections
マップデータdeltacoronavirus spike glycoprotein
試料
  • 複合体: Porcine deltacoronavirus spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Spike proteinスパイクタンパク質
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endocytosis involved in viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane => GO:0016020 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質 / スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine deltacoronavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Xiong X / Tortorici MA / Snijder S / Yoshioka C / Walls AC / Li W / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / McGuire AT / Rey FA / Bosch BJ / Veesler D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM120553 米国
引用ジャーナル: J Virol / : 2018
タイトル: Glycan Shield and Fusion Activation of a Deltacoronavirus Spike Glycoprotein Fine-Tuned for Enteric Infections.
著者: Xiaoli Xiong / M Alejandra Tortorici / Joost Snijder / Craig Yoshioka / Alexandra C Walls / Wentao Li / Andrew T McGuire / Félix A Rey / Berend-Jan Bosch / David Veesler /
要旨: Coronaviruses recently emerged as major human pathogens causing outbreaks of severe acute respiratory syndrome and Middle East respiratory syndrome. They utilize the spike (S) glycoprotein anchored ...Coronaviruses recently emerged as major human pathogens causing outbreaks of severe acute respiratory syndrome and Middle East respiratory syndrome. They utilize the spike (S) glycoprotein anchored in the viral envelope to mediate host attachment and fusion of the viral and cellular membranes to initiate infection. The S protein is a major determinant of the zoonotic potential of coronaviruses and is also the main target of the host humoral immune response. We report here the 3.5-Å-resolution cryo-electron microscopy structure of the S glycoprotein trimer from the pathogenic porcine deltacoronavirus (PDCoV), which belongs to the recently identified genus. Structural and glycoproteomics data indicate that the glycans of PDCoV S are topologically conserved compared with the human respiratory coronavirus NL63 S, resulting in similar surface areas being shielded from neutralizing antibodies and implying that both viruses are under comparable immune pressure in their respective hosts. The structure further reveals a shortened S' activation loop, containing a reduced number of basic amino acids, which participates in rendering the spike largely protease resistant. This property distinguishes PDCoV S from recently characterized betacoronavirus S proteins and suggests that the S protein of enterotropic PDCoV has evolved to tolerate the protease-rich environment of the small intestine and to fine-tune its fusion activation to avoid premature triggering and reduction of infectivity. Coronaviruses use transmembrane S glycoprotein trimers to promote host attachment and fusion of the viral and cellular membranes. We determined a near-atomic-resolution cryo-electron microscopy structure of the S ectodomain trimer from the pathogenic PDCoV, which is responsible for diarrhea in piglets and has had devastating consequences for the swine industry worldwide. Structural and glycoproteomics data reveal that PDCoV S is decorated with 78 N-linked glycans obstructing the protein surface to limit accessibility to neutralizing antibodies in a way reminiscent of what has recently been described for a human respiratory coronavirus. PDCoV S is largely protease resistant, which distinguishes it from most other characterized coronavirus S glycoproteins and suggests that enteric coronaviruses have evolved to fine-tune fusion activation in the protease-rich environment of the small intestine of infected hosts.
履歴
登録2017年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年11月22日-
マップ公開2017年11月22日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6bfu
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7094.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈deltacoronavirus spike glycoprotein
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.33 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.045 / ムービー #1: 0.045
最小 - 最大-0.16036253 - 0.3055235
平均 (標準偏差)0.00022988567 (±0.005252281)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 425.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.331.331.33
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z425.600425.600425.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1600.3060.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Porcine deltacoronavirus spike glycoprotein

全体名称: Porcine deltacoronavirus spike glycoprotein
要素
  • 複合体: Porcine deltacoronavirus spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Spike proteinスパイクタンパク質
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: Porcine deltacoronavirus spike glycoprotein

超分子名称: Porcine deltacoronavirus spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Porcine deltacoronavirus (ウイルス)
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

-
分子 #1: Spike protein

分子名称: Spike protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porcine deltacoronavirus (ウイルス)
分子量理論値: 112.514773 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: MKLCILLAVV AFVGLSLGRS LADDLLDLLT FPGAHRFLHK PTRNSSSLYS RANNNFDVGV LPGYPTKNVN LFSPLTNSTL PINGLHRSY QPLMLNCLTK ITNHTLSMYL LPSEIQTYSC GGAMVKYQTH DAVRIILDLT ATDHISVEVV GQHGENYVFV C SEQFNYTT ...文字列:
MKLCILLAVV AFVGLSLGRS LADDLLDLLT FPGAHRFLHK PTRNSSSLYS RANNNFDVGV LPGYPTKNVN LFSPLTNSTL PINGLHRSY QPLMLNCLTK ITNHTLSMYL LPSEIQTYSC GGAMVKYQTH DAVRIILDLT ATDHISVEVV GQHGENYVFV C SEQFNYTT ALHNSTFFSL NSELYCFTNN TYLGILPPDL TDFTVYRTGQ FYANGYLLGT LPITVNYVRL YRGHLSANSA HF ALANLTD TLITLTNTTI SQITYCDKSV VDSIACQRSS HEVEDGFYSD PKSAVRARQR TIVTLPKLPE LEVVQLNISA HMD FGEARL DSVTINGNTS YCVTKPYFRL ETNFMCTGCT MNLRTDTCSF DLSAVNNGMS FSQFCLSTES GACEMKIIVT YVWN YLLRQ RLYVTAVEGQ THTGTTSVHA TDTSSVITDV CTDYTIYGVS GTGIIKPSDL LLHNGIAFTS PTGELYAFKN ITTGK TLQV LPCETPSQLI VINNTVVGAI TSSNSTENNR FTTTIVTPTF FYSTNATTFN CTKPVLSYGP ISVCSDGAIV GTSTLQ NTR PSIVSLYDGE VEIPSAFSLS VQTEYLQVQA EQVIVDCPQY VCNGNSRCLQ LLAQYTSACS NIEAALHSSA QLDSREI IN MFQTSTQSLQ LANITNFKGD YNFSSILTTR IGGRSAIEDL LFNKVVTSGL GTVDQDYKSC SRDMAIADLV CSQYYNGI M VLPGVVDAEK MAMYTGSLTG AMVFGGLTAA AAIPFATAVQ ARLNYVALQT NVLQENQKIL AESFNQAVGN ISLALSSVN DAIQQTSEAL NTVAIAIKKI QTVVNQQGEA LSHLTAQLSN NFQAISTSIQ DIYNRLEEVE ANQQVDRLIT GRLAALNAYV TQLLNQMSQ IRQSRLLAQQ KINECVKSQS PRYGFCGNGT HIFSLTQTAP NGIFFMHAVL VPNKFTRVNA SAGICVDNTR G YSLQPQLI LYQFNNSWRV TPRNMYEPRL PRQADFIQLT DCSVTFYNTT AANLPNIIPD IIDVNQ

-
分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 24 / : NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: e2initialmodel.py
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 455710

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る