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- EMDB-7024: Cryo-EM structure of the small subunit of Leishmania ribosome bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7024
タイトルCryo-EM structure of the small subunit of Leishmania ribosome bound to paromomycin
マップデータprimary map
試料
  • 複合体: Leishmania donovani 91S ribosome SSU
    • タンパク質・ペプチド: x 33種
    • RNA: x 5種
  • リガンド: x 3種
機能・相同性
機能・相同性情報


translation regulator activity / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / ribosome binding / small ribosomal subunit / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) ...translation regulator activity / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / ribosome binding / small ribosomal subunit / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S12e / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S30 ...Ribosomal protein S12e / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e, conserved site / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S28e / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal_S17 N-terminal / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S7e / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S27 / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal family S4e / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Ribosomal protein S2 signature 2. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / KHドメイン / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S17, conserved site / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S19 / Ubiquitin family / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S13
類似検索 - ドメイン・相同性
40S ribosomal protein S5 / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S21, putative / 40S ribosomal protein S15A, putative / 40S ribosomal protein S12 / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein S23, putative / 40S ribosomal protein S15, putative / 40S ribosomal protein S8 ...40S ribosomal protein S5 / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S21, putative / 40S ribosomal protein S15A, putative / 40S ribosomal protein S12 / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein S23, putative / 40S ribosomal protein S15, putative / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S16, putative / 40S ribosomal protein S33, putative / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S29, putative / 40S ribosomal protein S17, putative / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S14 / 40S ribosomal protein S2 / 40S ribosomal protein S13, putative / 40S ribosomal protein S3, putative / 40S ribosomal protein S19 protein, putative / 40S ribosomal protein S3a / 60S ribosomal protein L40 / 40S ribosomal protein S18, putative / 40S ribosomal protein S10, putative / 40S ribosomal protein S9, putative / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S27-1, putative / 40S ribosomal protein S6 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / 40S ribosomal protein S11, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Shalev-Benami M / Zhang Y / Rozenberg H / Matzov D / Zimmerman E / Bashan A / Jaffe CL / Yonath A / Skiniotis G
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Atomic resolution snapshot of Leishmania ribosome inhibition by the aminoglycoside paromomycin.
著者: Moran Shalev-Benami / Yan Zhang / Haim Rozenberg / Yuko Nobe / Masato Taoka / Donna Matzov / Ella Zimmerman / Anat Bashan / Toshiaki Isobe / Charles L Jaffe / Ada Yonath / Georgios Skiniotis /
要旨: Leishmania is a single-celled eukaryotic parasite afflicting millions of humans worldwide, with current therapies limited to a poor selection of drugs that mostly target elements in the parasite's ...Leishmania is a single-celled eukaryotic parasite afflicting millions of humans worldwide, with current therapies limited to a poor selection of drugs that mostly target elements in the parasite's cell envelope. Here we determined the atomic resolution electron cryo-microscopy (cryo-EM) structure of the Leishmania ribosome in complex with paromomycin (PAR), a highly potent compound recently approved for treatment of the fatal visceral leishmaniasis (VL). The structure reveals the mechanism by which the drug induces its deleterious effects on the parasite. We further show that PAR interferes with several aspects of cytosolic translation, thus highlighting the cytosolic rather than the mitochondrial ribosome as the primary drug target. The results also highlight unique as well as conserved elements in the PAR-binding pocket that can serve as hotspots for the development of novel therapeutics.
履歴
登録2017年9月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年12月6日-
マップ公開2017年12月6日-
更新2019年7月3日-
現状2019年7月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
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  • 原子モデル: PDB-6az1
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7024.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7024.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈primary map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.02 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.232303 - 0.3947016
平均 (標準偏差)0.00026962307 (±0.015102799)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 391.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.021.021.02
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z391.680391.680391.680
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.2320.3950.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Leishmania donovani 91S ribosome SSU

全体名称: Leishmania donovani 91S ribosome SSU
要素
  • 複合体: Leishmania donovani 91S ribosome SSU
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein s1eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S4eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S6eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S7eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S8eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S10eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S12eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S14
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S17eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S1940S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S19eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S21eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S24eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S25eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S26eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S27eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S28eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S30eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein S31eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: LACK1
    • RNA: ribosomal RNA 18S
    • RNA: tRNA-Phe
    • RNA: P-site tRNA
    • RNA: E-site tRNA
    • RNA: mRNA伝令RNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PAROMOMYCINパロモマイシン
  • リガンド: water水

+
超分子 #1: Leishmania donovani 91S ribosome SSU

超分子名称: Leishmania donovani 91S ribosome SSU / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#38
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)

+
分子 #1: Ribosomal protein s1e

分子名称: Ribosomal protein s1e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 30.092064 KDa
配列文字列: MALGKNKRIS KGGKRSKRGK AQETMARKEW YDVVAPANFE KRQFAKTICN KTQGTRIAAD VLRGRVFEAN LADLNQSAGE EEAYRKVRF TVQEVQGRNL LTQFHSMEVT TDKMASLLRK WCTTMETTVE VKTADGYTMR LFVVAFTKPQ ANQQSRNCYA K QRLVKWLR ...文字列:
MALGKNKRIS KGGKRSKRGK AQETMARKEW YDVVAPANFE KRQFAKTICN KTQGTRIAAD VLRGRVFEAN LADLNQSAGE EEAYRKVRF TVQEVQGRNL LTQFHSMEVT TDKMASLLRK WCTTMETTVE VKTADGYTMR LFVVAFTKPQ ANQQSRNCYA K QRLVKWLR MRITKMIKRR LSKVQIKEAV SLLTRNVLSD ALVRRCNPIL PLRELRIRKV RVVRTPKFDA QALLSAHGTI PA SVEADQR EVEEAVEAAP AAEKAAE

+
分子 #2: ribosomal protein S2

分子名称: ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 27.564682 KDa
配列文字列: MTAVESGSKV LRMKESDAQK LLAMRCHIGT RNQSSAMKKY IYGRTAEGSH IIDLHMMWEK LILAARVIAA VENPKDVCVC SSRLYGTRA IYKFSQHVGT SFHGGRFIPG TFTNQIQKKF VQPRVLVVTD PRTDHQAIRE ASLVNIPVIA LCDTDAPLEY V DIAIPCNN ...文字列:
MTAVESGSKV LRMKESDAQK LLAMRCHIGT RNQSSAMKKY IYGRTAEGSH IIDLHMMWEK LILAARVIAA VENPKDVCVC SSRLYGTRA IYKFSQHVGT SFHGGRFIPG TFTNQIQKKF VQPRVLVVTD PRTDHQAIRE ASLVNIPVIA LCDTDAPLEY V DIAIPCNN RGIKSIGMMY WLLAREVLRL RGTIVRSVPW EEKVDLFFYR DPNEAAEEKA AAAAAAPAAE AEEGFGWVER ND DNAWEA

+
分子 #3: ribosomal protein S3

分子名称: ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 24.511762 KDa
配列文字列: MGPLSKKRMI IRDGVFYAEL FEFLKRELAE EGFSGVSYHV TTLRTEIVIK ATKTREVLGV NGRRIRELTA CIQQRFNYKE GKLQLYVER VEVRGLSAMA QVESLRFKLL SNLQVRRAAM GIIRYVMESG AKGCEVTVGG KIKGQRAKSM TFRDGYMIKS G TAHKSFVD ...文字列:
MGPLSKKRMI IRDGVFYAEL FEFLKRELAE EGFSGVSYHV TTLRTEIVIK ATKTREVLGV NGRRIRELTA CIQQRFNYKE GKLQLYVER VEVRGLSAMA QVESLRFKLL SNLQVRRAAM GIIRYVMESG AKGCEVTVGG KIKGQRAKSM TFRDGYMIKS G TAHKSFVD SACRHCYMRA GCIGVKVKIM LPGDSTGRNG PSEPLPDVIT VIEPKQITAS E

+
分子 #4: ribosomal protein S4

分子名称: ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 22.184914 KDa
配列文字列: MRNYNNFNRV WKAPRRPFEK ERLDREMKLC GQYGLRCKRE IWRVNMTLSK MRRTARLLLT LPENHPRRLL EGSAIMRRCH EYGFLDEEK DKLDYVLSLT VPDILERRLQ TIVFKAGLAK SVHHARVLIQ QRHIAVAKQI VTIPSFIVRV SSERHIAFAD A SPFGNGRP ...文字列:
MRNYNNFNRV WKAPRRPFEK ERLDREMKLC GQYGLRCKRE IWRVNMTLSK MRRTARLLLT LPENHPRRLL EGSAIMRRCH EYGFLDEEK DKLDYVLSLT VPDILERRLQ TIVFKAGLAK SVHHARVLIQ QRHIAVAKQI VTIPSFIVRV SSERHIAFAD A SPFGNGRP GRVKRVRAKA AKRHAGGGDD DE

+
分子 #5: ribosomal protein S4e

分子名称: ribosomal protein S4e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 30.711088 KDa
配列文字列: MAKKHLKRLY APKDWMLSKL TGVFAPRPRP GPHKLRECLP LLVIIRNRLK YALNAREGEM ILRQGLVHVD NHPRRDGKYP AGFMDVVEI PKTGDRFRLM YDVKGRFALV SLSEAEAQIK LMKVVNLYTA TGRVPVAVTH DGHRIRYPDP HTSIGDTIVY N VKEKKCVD ...文字列:
MAKKHLKRLY APKDWMLSKL TGVFAPRPRP GPHKLRECLP LLVIIRNRLK YALNAREGEM ILRQGLVHVD NHPRRDGKYP AGFMDVVEI PKTGDRFRLM YDVKGRFALV SLSEAEAQIK LMKVVNLYTA TGRVPVAVTH DGHRIRYPDP HTSIGDTIVY N VKEKKCVD LIKNRQGKAV IVTGGANRGR IGEIVKVECH PGAFNIAHLK DASGAEFATR AANIFVIGKD LNHLQVTVPK QQ GLRMNVI QEREERLIAA EARKNAPARG ARKARK

+
分子 #6: ribosomal protein S5

分子名称: ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 28.803186 KDa
配列文字列: MADTQPAQEA PAADVPRAER NFGRGRGGRG GRGRGRGGPG EEKEWVPCTK LGRLVKAQKV TSLEEIFLFS MPIKEHQIVD TLIAEGQLH DEMMKIYPVQ KATSAGQRTR FKAFNVVGDC DGHIGIGARV GKEVSLAIRA SMIAAKLNIV PVRRGYWGNK I GEPHTIPM ...文字列:
MADTQPAQEA PAADVPRAER NFGRGRGGRG GRGRGRGGPG EEKEWVPCTK LGRLVKAQKV TSLEEIFLFS MPIKEHQIVD TLIAEGQLH DEMMKIYPVQ KATSAGQRTR FKAFNVVGDC DGHIGIGARV GKEVSLAIRA SMIAAKLNIV PVRRGYWGNK I GEPHTIPM KVTGKCGSVA VRLVPAPRGT GIVAAPVPKK ILEFAGVEDV YTSSRGKTRT HGNLIMATFY ALRKTYGFLT PD LWAETEP SRDPTDEHAE LLAEMTTA

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分子 #7: ribosomal protein S6e

分子名称: ribosomal protein S6e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 28.341164 KDa
配列文字列: MKLNIAYPRN GTVKQFEISD EVLRRVQLQD YRLGNEVDGA IFGSEFKGYI FRLRGGSDKD GFPMVPGVLA SSRVSLLVKR GAIGFNTFR GYQGERRRKN VRGCVLASDI ALVNVTISKV GDQPIEGVTD TTAPRRLGPK RASKIRKLFN LSRTEDVRKY V VRRRVVKS ...文字列:
MKLNIAYPRN GTVKQFEISD EVLRRVQLQD YRLGNEVDGA IFGSEFKGYI FRLRGGSDKD GFPMVPGVLA SSRVSLLVKR GAIGFNTFR GYQGERRRKN VRGCVLASDI ALVNVTISKV GDQPIEGVTD TTAPRRLGPK RASKIRKLFN LSRTEDVRKY V VRRRVVKS GKKDRLKAPK IQRLITPRVK ARRAKKAKDA IAKVRASAAE RREYLRLIAS NRRALRQRDH SKKHTQKVHA QR AEVAAFQ KK

+
分子 #8: ribosomal protein S7

分子名称: ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 21.311596 KDa
配列文字列: MSSKTPKLFN KWSFEGLETS ELALRDHIST TAAYVPHTSG RWQKRRFHKA RMPIVERLAN GLMFKGRGNG RKLQAARLLK HTLEIIHLL TDENPLQVVV DAVSKGAPRE DSTRVGSGGV VRRQAVDVSP MRRVNEAIYQ MCKGAREAAF RNLKSMPECL A DEIVNASK ...文字列:
MSSKTPKLFN KWSFEGLETS ELALRDHIST TAAYVPHTSG RWQKRRFHKA RMPIVERLAN GLMFKGRGNG RKLQAARLLK HTLEIIHLL TDENPLQVVV DAVSKGAPRE DSTRVGSGGV VRRQAVDVSP MRRVNEAIYQ MCKGAREAAF RNLKSMPECL A DEIVNASK GSSNSYAIKK KDEVERVAKA NR

+
分子 #9: ribosomal protein S7e

分子名称: ribosomal protein S7e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 23.867316 KDa
配列文字列: MQPYLRKLRK LKRGKPSDLE ESVAKALFEL ETSHKTLRQE LPRFHVNTVR EVKVPRSKKT VLVVFYPLRF LMLVRKVQRA LTSELEKRH PGYLVMLVAQ RKITKRPTDV YKLQKVQRSK TSTAVFENIL NDMIYPSDVV GRRWRCRTDG SKLMKVFLDA R DRKRVESR ...文字列:
MQPYLRKLRK LKRGKPSDLE ESVAKALFEL ETSHKTLRQE LPRFHVNTVR EVKVPRSKKT VLVVFYPLRF LMLVRKVQRA LTSELEKRH PGYLVMLVAQ RKITKRPTDV YKLQKVQRSK TSTAVFENIL NDMIYPSDVV GRRWRCRTDG SKLMKVFLDA R DRKRVESR LRAVAYVYKQ LTHRRVSFGF MWNPKLQQVS TR

+
分子 #10: ribosomal protein S8

分子名称: ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 14.719258 KDa
配列文字列:
MTMMSVLANA LRTIASAERR GKRQVLIRPS SKVVVKFLQV MQKHGYIGEF EIIDDHRAGK IVVNLNGRLN KCGAICPRFD CATTDYEKW MKNILPSRQF GFVVLTTSLG IMDHEEARSR NTGGKVLGFF Y

+
分子 #11: ribosomal protein S8e

分子名称: ribosomal protein S8e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 25.038346 KDa
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MGIVRSRLHK RKITGGKTKI HRKRMKAELG RLPANTRLGA RRVSPVRARG GNFKIRALRL DTGNFAWASE AIAHRVRLLD VVYNATSNE LVRTKTLVKN CIVAVDAAPF KRWYAKHYGI DLDADRKTTK AAAAAEKKGR KSVHAAADKY DVNKASPKLQ R EWIRRRRN HRVEKAIADQ LREGRVLARI TSRPGQSGRA DGILLEGAEL QFYLKRLEKK KK

+
分子 #12: ribosomal protein S9

分子名称: ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 16.718586 KDa
配列文字列:
MPADKSYALK QVQTFGKKKT AIAVATVTKA AQCNIKVNGV PLQQILPDTL RAKIMEAITV VGSKYYSRLR IDVAVHGGGQ VSQAYAARQ AIAKGLIAFF QKYHNEVEKA ALKDKFLAYD KFLLIADPRR CEPKKWGRHS ARTRFTKSYR

+
分子 #13: ribosomal protein S10

分子名称: ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 13.049076 KDa
配列文字列:
MDYPKKTQAA PAEGQTVRLT ITSRNAKAVE SVTSQLLMRA RDEKVTIHGP VRLPTRTLKI TTRKTPCGNG TNTWDTFELK IYKRIIDLH APTEQVKKIT SFTMESGVDV SITILDR

+
分子 #14: ribosomal protein S10e

分子名称: ribosomal protein S10e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 17.43291 KDa
配列文字列:
MWCARTRTGS HSHHPTQPGS PIDCAEAAPR RMSTYVPKPS RDNVYRFFFT EGVIACKKDR MGTWTGTLGG NTFTVPCIQV MQLMRSLKS RNLIKEQYAW RHYYWTLNDE GIAYMRSYLH LAPSAMPNTQ KPSSVNFEKV TEGRGRGRGR GGRG

+
分子 #15: ribosomal protein S11

分子名称: ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 15.609088 KDa
配列文字列:
MSKKQEVKAY GPNVKKGDLV YGVVHIYASF NDTFVHVTDT SGRETYVKVT GGMKVKADRD ESSPYAAMMA AQDVVARCKE CGINALHVK MRAVGGVRTK SPGPGAQAAL RALARAGMKI GRIEDVTPIP TDSTRRKGSR RGRRL

+
分子 #16: ribosomal protein S12

分子名称: ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 15.952654 KDa
配列文字列:
MTKTNGQNAA RKLVRLRRRN RWADKGWKRA HTFAAKKANP FGGSSHAKGI VLEKIGVGAK QPNSAIRKCV RVQLIKNDKK IIAFVPNDG CLHFIEENDE VLVSGFGRSG HAVGDIPGVR FKIVKVSSVG LYALYRQKKE KPRN

+
分子 #17: ribosomal protein S12e

分子名称: ribosomal protein S12e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 15.611837 KDa
配列文字列:
MAEETVRVEV PAVEENVVVD VAPESLEDAV RIVIQKALEA NGLVRGLSEV ARTLDCKTAH MCILADDCED EEYKKLVTAL AKQGNIDLI NVEEREKLAQ WAGLVRRDVA GEVTKTLKCS SVAIRDFGER TKALDYLLSQ LH

+
分子 #18: ribosomal protein S13

分子名称: ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 17.443436 KDa
配列文字列:
MSLTLIPDHF QHIVRLLNTN VEGKRKVPFA LRMVKGVGIR FAYLVCKKAG IDVERRAGTL TAEELEKIAE IIADPAKFKI PDWFLNRQR DPKTGKTEHL SSSMVDTRLR EDLERLKKIR AHRGVRHAYG LRVRGQHTCT TGRHGKTVGV SRGK

+
分子 #19: ribosomal protein S14

分子名称: ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 6.696929 KDa
配列文字列:
MGHLDQWRSR QKIGMGKGAR CCVICSNQKA LIRKYELNVC RQCFRENAEH IGFTKLR

+
分子 #20: ribosomal protein S15

分子名称: ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 17.45574 KDa
配列文字列:
MVRMHGNGRG KASSALPYRR TPPAWLKIAS RNVVKMVCKS SRKGMMPSQI GMELRDSMGI AQVKNVTGRK ILRILKHSGL APEIPEDLY FLVKRATQMR KHLERHTTDR DTKYRLILVE SRIHRLARYY KRVKQLPPTW KYESSTASAM VA

+
分子 #21: ribosomal protein S17

分子名称: ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 19.985369 KDa
配列文字列:
MSAAPQYYHA HQVDATIQHQ KAYQRQTAVN ENMHRSSRKH VNKSGHIRYA KKIGLGFKTP AKALNGKYID RKCPFTSNVV IRGRILRGI VHSTKMHRTI VIRRNYLHFI KKYQRYQKRH KSLAVHCSPA FDPKQGDEVV VGQCRPLSKT IRYNVLEVVS K SAADKMGK KFAKN

+
分子 #22: ribosomal protein S17e

分子名称: ribosomal protein S17e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 16.521465 KDa
配列文字列:
MGKIRTKTVK RASRQVVEKY YSKLNFDFYQ NKRVIMDVTI AESKKLKNKI AGYTTHIMKR LARGPVRGIS LKLQEEERER RMDHAPATS DVDKAIQSGV SVDKRTMQML QRLEIGVPRR VKRADAAVAK VKAAPRRRQQ KSSK

+
分子 #23: ribosomal protein S19

分子名称: ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 17.528463 KDa
配列文字列:
MASNITAERY EQLKKERTFH KFTYRGLEID PLLALSEEEF RALVHARARR NMNRHVDRRP PVLLKRLREA KKHVKVGEKP KAVKTHLRD VVITPEMVGS VVAIYNGHQF NAVEIKGEMI GHYLGEFSMS YRPVLHGRPG VGATHSSRFI PIK

+
分子 #24: ribosomal protein S19e

分子名称: ribosomal protein S19e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 20.188588 KDa
配列文字列:
MYSPARMSFI RRVTNPSCIM AALKNKIHRI GKRKGASLKD VSAWRWIKTA ARHFKQEGKI FVPNCTEIMK SSHGRERAPQ NPDWYYIRC AAVLRAIYLR PGVGYGGLSK RFGNKKNYGS RPEHTVTSST GPLHWACKSL TKLGLVEPGA QSGQRLTRKG H KFADSLAF QVQIRKFGAS K

+
分子 #25: ribosomal protein S21e

分子名称: ribosomal protein S21e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 16.669115 KDa
配列文字列:
MATIGMFNEE GENVDLYIPR KCHATNTLIE AHDHAAVQIS IANVGPNGVI NGTTTTLCIA GYLRSQGESD HAINHITIDR GIMRIKTGK PKRVSKSKSK KPTAGAAGQK GARPPAQKGA RPSGQKGARP PAQKGARPPA QKGARPPAQK GAAPARKNRA

+
分子 #26: ribosomal protein S24e

分子名称: ribosomal protein S24e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 15.808882 KDa
配列文字列:
MVFQKKKAEV CIRTSQFKVN KLLNRKQFIV EVNHPHWCGT VPTQLIRKKL ATLYKVPDAS QVSLFGFKTK FGGGKTTGFG LIYDDLASL KRFEPNYRKT RMGFGKARLP ARKSVKERRN RNKKLRGKAK GKQVAKKK

+
分子 #27: ribosomal protein S25e

分子名称: ribosomal protein S25e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 13.071399 KDa
配列文字列:
MPPKAGQTKK AKMEAANKGA KKTTKKWSKG QSREALQNAV MFDKETYDKL RSEVPKYKLI TPSIISDRLK IAVSIAAAGL KQLCREKLI RLVSCSSKTR VYTRIVQAAP AEAAAAAPAA E

+
分子 #28: ribosomal protein S26e

分子名称: ribosomal protein S26e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 12.794251 KDa
配列文字列:
MTTKRRNHGR SKPAHSRGRV KPIHCFNCGR LTPKDKAVGR FVVRRMLDAA SARDVAEASP VYGANFPMPK LYMKQRFCIA CAIHSRTVR ARPVGNRKIR YTRKVPFRPA GKK

+
分子 #29: ribosomal protein S27e

分子名称: ribosomal protein S27e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 9.819463 KDa
配列文字列:
MGFFDADLSY PTVRTERMKH KRRRLVQGPN SYFMDVSCPR CRQVTVVYSH ATTSVECKGC SKKLCRPTGG KALLVEGCGY RRKPDH

+
分子 #30: ribosomal protein S28e

分子名称: ribosomal protein S28e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 9.763191 KDa
配列文字列:
MADSKKDNKK TEEVVTQGTD QAQVGLIIKV LGRTGSRGNV TQVRVRLMAE AGSPDYNRTI VRNVKGPCKE NDMLSLMETE REARRLR

+
分子 #31: ribosomal protein S30e

分子名称: ribosomal protein S30e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 7.394894 KDa
配列文字列:
MGKIHGSLAR AGKVKNQTPK VAKQEKPKQP RGRALKRLKY TRRFLSKTVK PGEKVHMNKQ PPGKAG

+
分子 #32: ribosomal protein S31e

分子名称: ribosomal protein S31e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 17.015727 KDa
配列文字列:
MQIFIKNAAG RSVAVRVSAE DTVASLKAQA NVTQGNLFFA GMCLAEEETL AAYGLSKEST VDVVIPVEGG KGKKKKKRIF TKPKKPTHR HKLEKMRALK YFKVTENDDG SYKVERTRQD CPHPQCGAGV YMAQHKDRQY CGKCHLTYKA ESK

+
分子 #33: LACK1

分子名称: LACK1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 34.459523 KDa
配列文字列: MNYEGHLRGH RGWVTSLACP EQAESYIKVV STSRDGTAIA WKANADRHSV DSDYGLPSHR LEGHTGFVSC VSLAHATDYA LTASWDRSI RMWDLRNGQS QRKFLKHTKD VLAVAFSPDD RLIVSAGRDN VVRVWNVAGD CMHEFLRDGH KDWVSSICFS P SLEHPIVV ...文字列:
MNYEGHLRGH RGWVTSLACP EQAESYIKVV STSRDGTAIA WKANADRHSV DSDYGLPSHR LEGHTGFVSC VSLAHATDYA LTASWDRSI RMWDLRNGQS QRKFLKHTKD VLAVAFSPDD RLIVSAGRDN VVRVWNVAGD CMHEFLRDGH KDWVSSICFS P SLEHPIVV SGSWDNTIKV WNVNGGKCER TLKGHSNYVS TVTVSPDGSL CASGGKDGVA LLWDLSTGEQ LFKINVESPI NQ IAFSPNR FWMCVATEKS LSVYDLESKT VIAELTPDGA KPSECISIAW SADGNTLYSG HKDNLIRVWS ISDAE

+
分子 #34: ribosomal RNA 18S

分子名称: ribosomal RNA 18S / タイプ: rna / ID: 34 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 710.287438 KDa
配列文字列: GAUCUGG(OMU)UG AUUCUGC(OMC)AG UAGUCAU(A2M)UG CU(OMU)GUUU(OMC)AA GGACUUAGCC AUGCAUGCCU CAGAAUCAC UGCAUUUGCA GGAAUCUGCG CAUGGCUC(A2M)U UACAUCAGAC GUAAU(OMC)UGCC GCAAAAAUCU UGC GGUUUC ...文字列:
GAUCUGG(OMU)UG AUUCUGC(OMC)AG UAGUCAU(A2M)UG CU(OMU)GUUU(OMC)AA GGACUUAGCC AUGCAUGCCU CAGAAUCAC UGCAUUUGCA GGAAUCUGCG CAUGGCUC(A2M)U UACAUCAGAC GUAAU(OMC)UGCC GCAAAAAUCU UGC GGUUUC CGCAAAAUUG GAUAACUUGG CGAAACGCCA AGCUAAUACA UGAACCAACC GGGUGUUCUC CACUCCAGAC GGUG GGCAA CCAUCGUCGU GAGACGCCCA GCGAAUGAAU GACAGUAAAA CCAAUGCCUU CACUGGCAGU AACACCCAGC AGUGU UGAC UCAAUUCAUU CCGUGCGAAA GCCGGCUUGU UCCGGCGUCU UUUGACGAAC AACUGCCCUA UCAGCUGGUG AUGGCC GUG UAGUGGACUG CCAUGGCGUU GACGGGAGCG GGGGAUUAGG GUUCGAUUCC GGAGAGGGAG CCUGAGAAAU AGCUACC AC UUCUACGGAG GGCAGCAGGC GCGC(A2M)AAUUG CCCAAUGUCA AAACAAAACG AUGA(OMG)GCAGC GAAAAGAAAU AGAGUUGUC AGUCCAUUUG GAUUGUCAUU UCAAUGGGGG AUAUUUAAAC CCAUCCAAUA UCGAGUAACA AUUGGAGGAC A AGUCUGGU GCCAGCACCC GCGGUAAUUC CAGCUCCAAA AGCGUAUAUU AAUGCUGU(OMU)G CUGUU(A2M)AAGG GUUC GUAGU UGAACUGUGG GCUGUGCAGG UUUGUUCCUG GUCGUCCCGU CCAUGUCGGA UUUGGUGACC CAGGCCCUUG CAGCC CGUG AACAUUCAAA GAAACAAGAA ACACGGGAGU GGUUCCUUUC CUGAUUUACG CAUGUCAUGC AUGCCAGGGG GCGUCC GUG AUUUUUUACU GUGACUAAAG AAGCGUGACU AAAGCAGUCA UUUGACUUGA AUUAGAAAGC AUGGGAUAAC AA(A2M) GGAGCA GCCUCUAGGC UACCGUUUCG GCUUUUGUUG GUUUUAAAGG UCUAUUGGAG AUUAUGGAGC UGUGCGACAA GUGC UUUCC CAUCGCAACC UCGGUUCGGU GUGUGGCGCC UUUGAGGGGU UUAGUGCGUC CGGUACGAGC UCCGGUUCGU CCGGC CGUA ACGCCUUUUC AACUCACGGC CUCUAGGAAU GAAGGAGGGU AGUUCGGGGG AGAACGUACU GGGGCGUCAG AGGUGA AAU UCUUAGACCG CACCAAGACG AACUACAGCG AAGGCAUUCU UCAAGGAUAC CUUCCUCAAU CAAGAACCAA AGUGUGG AG AUCGAAGAUG AUUAGAGACC AUUGUAGUCC ACACUGCAAA CGAUGACACC CAUGAAUUGG GGAUCUUAUG GGCCGGCC U GCGGCAGGGU UUACCCUGUG UCAGCACCGC GCCCGCUUUU ACCACCUUAC GUAUCUUUUC UAUUCGGCCU UUACCGGCC ACCCACGGGA AUAUCCUCAG CACGUUUUCU GUUUUUUCAC GCGAAAGCUU UGAGGUUACA GUCUCAGGGG G(OMG)AGUA CGU UCGCAA(OMG)AGU GAAACUUAAA GAAAUUGACG GAAUGGCACC ACAAGACGUG GAGCGUGCGG UUUAAUU(M1Y)G AC(C4J)(5MC)AACAC(OMG) GGGAACUUUA CCAGAUCCGG ACAGGAUGAG GAUUGACAGA UUGAGUGUUC UUUCUCGA U UCCCUGAAUG G(OMU)G(OMG)UGCAUG GCCGCUUUUG GUCGGUG(OMG)AG UGAUUUGUUU GGUUGAUUCC GUCAACG GA CGAGAUCCAA GCUGCCCAGU AGAAUUCAGA AUUGCCCAUA GGAUAGCAAA CUCAUCGGCG GGUUUUACCC AACGGUGG G CCGCAUUCGG UCGAAUUCU(OMU) CUCUGCGGGA UUCCUUUGUA AUUGCACAAG GUGAAAUUUU GGGCAACAGC A (OMG)GUC(OMU)GUG AUGCUCCUCA AUGUUCUGGG CGACACGC(OMG)(OMC) ACUACAAUGU CAGUGAGAAC AAGAAA AAC GACUUUUGUC GAACCUACUU GAUCAAAAGA GUGGGGAAAC CCCGGAAUCA CAUAGACUCA CUUGGGACCG AGGAUUG CA AUUA(OMU)UGGUC GCGCAACGAG (7MG)AAUGUCUCG UAGGCGCAGC UCAUCA(A2M)ACU GUGCCGAUUA CGUCCC UGC CAUU(OMU)GUACA CACCG(4OC)C(5MC)GU CGUUGUUUCC GAUGAUGGUG CAAUACAGGU GAUCGGACAG GCGGU GUUU UAUCCGCCCG AAAGUUCACC GAUAUUU(OMC)UU CAAUAGAG(OMG)A AGCAAAAGUC GUAACAAGGU AGCUGUAG G UG(MA6)(MA6)CCUGCA GCUGGAUCAU UU

+
分子 #35: tRNA-Phe

分子名称: tRNA-Phe / タイプ: rna / ID: 35 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 24.599748 KDa
配列文字列:
GCGCGGAUAG CUCAGUCGGU AGAGCAGGGG AUUGAA(MIA)AUC CCCGUGUCCU UGGUUCGAUU CCGAGUCCGC GCACCA

+
分子 #36: P-site tRNA

分子名称: P-site tRNA / タイプ: rna / ID: 36 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 24.786785 KDa
配列文字列:
CGCGGGGUGG AGCAGCCUGG UAGCUCGUCG GGCUCAUAAC CCGAAGAUCG UCGGUUCAAA UCCGGCCCCC GCAACCA

+
分子 #37: E-site tRNA

分子名称: E-site tRNA / タイプ: rna / ID: 37 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 24.485539 KDa
配列文字列:
GCGCGGAUAG CUCAGUCGGU AGAGCAGGGG AUUGAAAAUC CCCGUGUCCU UGGUUCGAUU CCGAGUCCGC GCACCA

+
分子 #38: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 38 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 4.085501 KDa
配列文字列:
CACCAUGUUC AAA

+
分子 #39: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 24 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #40: PAROMOMYCIN

分子名称: PAROMOMYCIN / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 6 / 式: PAR
分子量理論値: 615.628 Da
Chemical component information

ChemComp-PAR:
PAROMOMYCIN / パロモマイシン / Antimicrobial, 薬剤*YM / パロモマイシン

+
分子 #41: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 262 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 141028

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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