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- EMDB-6994: The asymmetric cryo-EM reconstruction of filamentous bacteriophage IKe -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6994
タイトルThe asymmetric cryo-EM reconstruction of filamentous bacteriophage IKe
マップデータThe asymmetric reconstruction of filamentous bacteriophage IKe
試料
  • ウイルス: Filamentous phage (ファージ)
    • Other: The asymmetric reconstruction of filamentous bacteriophage IKe, including major coat protein shell and inner DNA core.
生物種Filamentous phage (ファージ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Xu JW / Dayan N / Goldbourt A / Xiang Y
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0501100 中国
National Natural Science Foundation of China31470721 中国
National Basic Research Program of China (973 Program)2015CB910102 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Cryo-electron microscopy structure of the filamentous bacteriophage IKe.
著者: Jingwei Xu / Nir Dayan / Amir Goldbourt / Ye Xiang /
要旨: The filamentous bacteriophage IKe infects cells bearing IncN pili. We report the cryo-electron microscopy structure of the micrometer-long IKe viral particle at a resolution of 3.4 Å. The major ...The filamentous bacteriophage IKe infects cells bearing IncN pili. We report the cryo-electron microscopy structure of the micrometer-long IKe viral particle at a resolution of 3.4 Å. The major coat protein [protein 8 (p8)] consists of 47 residues that fold into a ∼68-Å-long helix. An atomic model of the coat protein was built. Five p8 helices in a horizontal layer form a pentamer, and symmetrically neighboring p8 layers form a right-handed helical cylinder having a rise per pentamer of 16.77 Å and a twist of 38.52°. The inner surface of the capsid cylinder is positively charged and has direct interactions with the encapsulated circular single-stranded DNA genome, which has an electron density consistent with an unusual left-handed helix structure. Similar to capsid structures of other filamentous viruses, strong capsid packing in the IKe particle is maintained by hydrophobic residues. Despite having a different length and large sequence differences from other filamentous phages, π-π interactions were found between Tyr9 of one p8 and Trp29 of a neighboring p8 in IKe that are similar to interactions observed in phage M13, suggesting that, despite sequence divergence, overall structural features are maintained.
履歴
登録2018年7月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月15日-
マップ公開2019年2月27日-
更新2020年1月1日-
現状2020年1月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6994.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6994.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The asymmetric reconstruction of filamentous bacteriophage IKe
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.057654694 - 0.13232106
平均 (標準偏差)0.0005113882 (±0.005149029)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 312.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.31.31.3
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z312.000312.000312.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-51-35-11
NX/NY/NZ11110799
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.0580.1320.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Filamentous phage

全体名称: Filamentous phage (ファージ)
要素
  • ウイルス: Filamentous phage (ファージ)
    • Other: The asymmetric reconstruction of filamentous bacteriophage IKe, including major coat protein shell and inner DNA core.

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超分子 #1: Filamentous phage

超分子名称: Filamentous phage / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12420 / 生物種: Filamentous phage / Sci species strain: IKe / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: A527
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 64.0 Å

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分子 #1: The asymmetric reconstruction of filamentous bacteriophage IKe, i...

分子名称: The asymmetric reconstruction of filamentous bacteriophage IKe, including major coat protein shell and inner DNA core.
タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Filamentous phage (ファージ) / 株: IKe
配列文字列:
AEPNAATNYA TEAMDSLKTQ AIDLISQTWP VVTTVVVAGL VIRLFKKFSS KAV

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Tris at pH 7.5, 10 mM MgCl2, 100 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2hi5

最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 16.77 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 38.52 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
詳細: The asymmetric reconstruction of filamentous bacteriophage IKe. The five equivalent orientation positions are generated after helical reconstruction (EMD-6993). The capsid density subtracted ...詳細: The asymmetric reconstruction of filamentous bacteriophage IKe. The five equivalent orientation positions are generated after helical reconstruction (EMD-6993). The capsid density subtracted images are performed no sampling 3D classification. The best particle with high likelihood value are used for asymmetric reconstruction, which including outer helical shell and inner DNA core.
使用した粒子像数: 53784

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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