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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6974 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the yeast B complex at average resolution of 3.9 angstrom | ||||||||||||
マップデータ | cryo-EM structure of the spliceosomal B complex | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | spliceosome (スプライセオソーム) / assembly / B complex / SPLICING | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maintenance of RNA location / RES complex / spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / maturation of 5S rRNA / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / snoRNA splicing / Lsm1-7-Pat1 complex / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / U6 snRNP / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing ...maintenance of RNA location / RES complex / spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / maturation of 5S rRNA / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / snoRNA splicing / Lsm1-7-Pat1 complex / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / U6 snRNP / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / positive regulation of RNA binding / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / box C/D methylation guide snoRNP complex / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / P-body assembly / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / U4 snRNA binding / SMN-Sm protein complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / commitment complex / U4 snRNP / U2 snRNP / poly(U) RNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / U1 snRNP / U3 snoRNA binding / U2-type prespliceosome / tRNA processing / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA 3'-splice site recognition / mRNA 5'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / mRNA export from nucleus / pre-mRNA intronic binding / maturation of SSU-rRNA / U1 snRNA binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / maturation of LSU-rRNA / catalytic step 2 spliceosome / small-subunit processome / P-body / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / metallopeptidase activity / cytosolic large ribosomal subunit / RNA helicase activity / nucleic acid binding / ヘリカーゼ / response to xenobiotic stimulus / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / 核小体 / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Shi Y / Bai R | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Structures of the fully assembled spliceosome before activation. 著者: Rui Bai / Ruixue Wan / Chuangye Yan / Jianlin Lei / Yigong Shi / 要旨: The precatalytic spliceosome (B complex) is preceded by the pre-B complex. Here we report the cryo-electron microscopy structures of the pre-B and B complexes at average resolutions of 3.3 to 4.6 ...The precatalytic spliceosome (B complex) is preceded by the pre-B complex. Here we report the cryo-electron microscopy structures of the pre-B and B complexes at average resolutions of 3.3 to 4.6 and 3.9 angstroms, respectively. In the pre-B complex, the duplex between the 5' splice site (5'SS) and U1 small nuclear RNA (snRNA) is recognized by Yhc1, Luc7, and the Sm ring. In the B complex, U1 small nuclear ribonucleoprotein is dissociated, the 5'-exon-5'SS sequences are translocated near U6 snRNA, and three B-specific proteins may orient the precursor messenger RNA. In both complexes, U6 snRNA is anchored to loop I of U5 snRNA, and the duplex between the branch point sequence and U2 snRNA is recognized by the SF3b complex. Structural analysis reveals the mechanism of assembly and activation for the yeast spliceosome. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6974.map.gz | 227.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6974-v30.xml emd-6974.xml | 69.3 KB 69.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6974.png | 170.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-6974.cif.gz | 18.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6974 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6974 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6974.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cryo-EM structure of the spliceosomal B complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.338 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : yeast fully assembled spliceosomal B complex before activation
+超分子 #1: yeast fully assembled spliceosomal B complex before activation
+分子 #1: Pre-mRNA-splicing factor 8
+分子 #2: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4
+分子 #3: Pre-mRNA-processing factor 31
+分子 #4: Pre-mRNA-splicing factor 6
+分子 #5: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3
+分子 #6: Spliceosomal protein DIB1
+分子 #7: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
+分子 #8: Pre-mRNA-splicing factor SNU114
+分子 #9: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8
+分子 #10: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
+分子 #11: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
+分子 #12: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
+分子 #13: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
+分子 #14: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
+分子 #15: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
+分子 #18: 66 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component
+分子 #19: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
+分子 #20: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
+分子 #21: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
+分子 #22: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
+分子 #23: Small nuclear ribonucleoprotein E
+分子 #24: Small nuclear ribonucleoprotein F
+分子 #25: Small nuclear ribonucleoprotein G
+分子 #27: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
+分子 #29: U2 snRNP component HSH155
+分子 #30: Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1
+分子 #31: Pre-mRNA-splicing factor RSE1
+分子 #32: Protein HSH49
+分子 #33: Pre-mRNA-splicing factor RDS3
+分子 #34: RDS3 complex subunit 10
+分子 #35: U2 snRNP component IST3
+分子 #36: Pre-mRNA-splicing factor CWC26
+分子 #37: Pre-mRNA leakage protein 1
+分子 #39: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
+分子 #40: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
+分子 #41: Pre-mRNA-splicing factor PRP9
+分子 #42: Pre-mRNA-splicing factor PRP21
+分子 #43: Pre-mRNA-splicing factor PRP11
+分子 #44: 23 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component
+分子 #45: Pre-mRNA-splicing factor 38
+分子 #46: Pre-mRNA-splicing factor SPP381
+分子 #16: U6 snRNA
+分子 #17: U5 snRNA
+分子 #26: U4 snRNA
+分子 #28: Pre-mRNA
+分子 #38: U2 snRNA
+分子 #47: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #48: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 342588 |