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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6795 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of HPV16 L1-only VLP | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Alphapapillomavirus 9 (パピローマウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 30.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Li ZH / Yan XD / Zheng QB / Gu Y / Li SW | |||||||||
引用 | ジャーナル: Vaccine / 年: 2017 タイトル: Characterization of an Escherichia coli-derived human papillomavirus type 16 and 18 bivalent vaccine. 著者: Ying Gu / Minxi Wei / Daning Wang / Zhihai Li / Minghui Xie / Huirong Pan / Ting Wu / Jun Zhang / Shaowei Li / Ningshao Xia / 要旨: Human papillomavirus (HPV) types 16 and 18 account for approximately 70% of cervical cancer worldwide. Neutralizing HPV prophylactic vaccines offer significant benefit, as they block HPV infection ...Human papillomavirus (HPV) types 16 and 18 account for approximately 70% of cervical cancer worldwide. Neutralizing HPV prophylactic vaccines offer significant benefit, as they block HPV infection and prevent subsequent disease. However, the three licensed HPV vaccines that cover these two genotypes were produced in eukaryotic cells, which is expensive, particularly for low-income countries where HPV is highest. Here, we report a new HPV16 and -18 bivalent candidate vaccine produced from Escherichia coli. We used two strategies of N-terminal truncation of HPV L1 proteins and soluble non-fusion expression to generate HPV16 and HPV18 L1-only virus-like particles (VLPs) in a scalable process. Through comprehensive characterization of the bivalent candidate vaccine, we confirm lot consistency in a pilot scale-up of 30L, 100L and 500L. Using cryo-EM 3D reconstruction, we found that HPV16 and -18VLPs present in a T=7 icosahedral arrangement, similar in shape and size to that of the native virions. This HPV16/18 bivalent vaccine shares comparable immunogenicity with the licensed vaccines. Overall, we show that the production of a HPV16/18 bivalent vaccine from an E. coli expression system is robust and scalable, with potentially good accessibility worldwide as a population-based immunization strategy. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6795.map.gz | 9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6795-v30.xml emd-6795.xml | 7.7 KB 7.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6795.png | 69.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6795 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6795 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6795_validation.pdf.gz | 78.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6795_full_validation.pdf.gz | 77.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6795_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6795 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6795 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6795.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.44 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Alphapapillomavirus 9
全体 | 名称: Alphapapillomavirus 9 (パピローマウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Alphapapillomavirus 9
超分子 | 名称: Alphapapillomavirus 9 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 337041 / 生物種: Alphapapillomavirus 9 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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Host system | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.3 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k) 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 400 |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |