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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6747 | |||||||||
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タイトル | RNA Polymerase II elongation complex bound with Spt4/5 and TFIIS | |||||||||
マップデータ | consensus map after sharpening | |||||||||
試料 |
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キーワード | transcription / complex / TRANSCRIPTION-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / regulation of septum digestion after cytokinesis / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / DSIF complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RPB4-RPB7 complex / transcription elongation factor activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / termination of RNA polymerase II transcription ...: / regulation of septum digestion after cytokinesis / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / DSIF complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RPB4-RPB7 complex / transcription elongation factor activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase III transcription / termination of RNA polymerase I transcription / RNA polymerase III activity / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase II complex binding / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / chromosome, centromeric region / RNA polymerase II activity / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / positive regulation of translational initiation / translation elongation factor activity / RNA polymerase II, core complex / pericentric heterochromatin / translation initiation factor binding / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / single-stranded DNA binding / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / mRNA binding / nucleotide binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Komagataella pastoris (菌類) / Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.83 Å | |||||||||
データ登録者 | Ehara H / Yokoyama T | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: Structure of the complete elongation complex of RNA polymerase II with basal factors. 著者: Haruhiko Ehara / Takeshi Yokoyama / Hideki Shigematsu / Shigeyuki Yokoyama / Mikako Shirouzu / Shun-Ichi Sekine / 要旨: In the early stage of transcription, eukaryotic RNA polymerase II (Pol II) exchanges initiation factors with elongation factors to form an elongation complex for processive transcription. Here we ...In the early stage of transcription, eukaryotic RNA polymerase II (Pol II) exchanges initiation factors with elongation factors to form an elongation complex for processive transcription. Here we report the structure of the Pol II elongation complex bound with the basal elongation factors Spt4/5, Elf1, and TFIIS. Spt4/5 (the Spt4/Spt5 complex) and Elf1 modify a wide area of the Pol II surface. Elf1 bridges the Pol II central cleft, completing a "DNA entry tunnel" for downstream DNA. Spt4 and the Spt5 NGN and KOW1 domains encircle the upstream DNA, constituting a "DNA exit tunnel." The Spt5 KOW4 and KOW5 domains augment the "RNA exit tunnel," directing the exiting nascent RNA. Thus, the elongation complex establishes a completely different transcription and regulation platform from that of the initiation complexes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6747.map.gz | 2.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6747-v30.xml emd-6747.xml | 43.2 KB 43.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_6747_fsc.xml | 6.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_6747.png | 167.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-6747.cif.gz | 10.4 KB | ||
その他 | emd_6747_additional_1.map.gz emd_6747_additional_2.map.gz emd_6747_additional_3.map.gz emd_6747_additional_4.map.gz | 16.9 MB 16.9 MB 16.9 MB 16.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6747 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6747 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6747_validation.pdf.gz | 433.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6747_full_validation.pdf.gz | 433.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6747_validation.xml.gz | 9.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_6747_validation.cif.gz | 11.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6747 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6747 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6747.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | consensus map after sharpening | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.533 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: consensus map before sharpening
ファイル | emd_6747_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | consensus map before sharpening | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: class 1 before sharpening
ファイル | emd_6747_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | class 1 before sharpening | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: class 2 before sharpening
ファイル | emd_6747_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | class 2 before sharpening | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: class 3 before sharpening
ファイル | emd_6747_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | class 3 before sharpening | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : RNA polymerase II elongation complex bound with Spt4/5 and TFIIS
+超分子 #1: RNA polymerase II elongation complex bound with Spt4/5 and TFIIS
+超分子 #2: RNA polymerase II
+超分子 #3: Spt4/5 and TFIIS
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core
+分子 #4: RNA polymerase II subunit B32
+分子 #5: RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III
+分子 #6: RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III
+分子 #7: RNA polymerase II subunit
+分子 #8: RNA polymerase subunit ABC14.5, common to RNA polymerases I, II, ...
+分子 #9: DNA-directed RNA polymerase subunit
+分子 #10: RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, I...
+分子 #11: RNA polymerase II subunit B12.5
+分子 #12: RNA polymerase subunit, found in RNA polymerase complexes I, II, ...
+分子 #16: General transcription elongation factor TFIIS
+分子 #17: Transcription elongation factor SPT4
+分子 #18: Protein that forms a complex with Spt4p
+分子 #13: RNA (30-MER)
+分子 #14: DNA (48-MER)
+分子 #15: DNA (48-MER)
+分子 #19: ZINC ION
+分子 #20: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 3607 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Model fitting was done with Chimera and Coot. Well-ordered regions were also refined with phenix.real_space_refine. |
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得られたモデル | PDB-5xon: |