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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6720 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of mammalian respiratory complex I | |||||||||
マップデータ | This map was obtained by sub-region refinement. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Sus scrofa (ブタ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.62 Å | |||||||||
データ登録者 | Gu J / Wu M / Yang M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2016 タイトル: Structure of Mammalian Respiratory Supercomplex IIIIIV. 著者: Meng Wu / Jinke Gu / Runyu Guo / Yushen Huang / Maojun Yang / 要旨: The mammalian respiratory chain complexes assemble into supercomplexes (SCs) and reside in the inner mitochondrial membrane to transfer electrons and establish the proton gradient for complex V to ...The mammalian respiratory chain complexes assemble into supercomplexes (SCs) and reside in the inner mitochondrial membrane to transfer electrons and establish the proton gradient for complex V to synthesize ATP. The precise arrangement of SCs is largely unknown. Here, we report a 4.0-Å cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the major SC in porcine heart, the 1.7-MDa SCIIIIIV. The complex III (CIII) dimer and complex IV (CIV) bind at the same side of the L-shaped complex I (CI). Several accessory or supernumerary subunits of CI, such as NDUFA11, NDUFB4, NDUFB8, and NDUFB9, directly contribute to the oligomerization of CI, CIII, and CIV. COX7C and COX7A of CIV attach CIV to the concave surface formed by CIII and the distal end of membrane arm of CI. The structure suggests a possible mechanism by which electrons are transferred from NADH to cytochrome c and provides a platform for future functional dissection of respiration. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6720.map.gz | 22.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6720-v30.xml emd-6720.xml | 8.9 KB 8.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6720.png | 24 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6720 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6720 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6720_validation.pdf.gz | 78.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6720_full_validation.pdf.gz | 77.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6720_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6720 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6720 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6720.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This map was obtained by sub-region refinement. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Mammalian respiratory complex I
全体 | 名称: Mammalian respiratory complex I |
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要素 |
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-超分子 #1: Mammalian respiratory complex I
超分子 | 名称: Mammalian respiratory complex I / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Respiratory complex I from Sus scrofa. |
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由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
分子量 | 実験値: 1.0 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 1.25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |