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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 6535
タイトルStructure of the eukaryotic replicative CMG helicase and pumpjack motion
マップデータStructure of CMG with "Flat" Mcm2-7 ring
試料Saccharomyces cerevisiae CMG complex:
CMG complex
キーワードCMG helicase / Cryo-EM (低温電子顕微鏡法)
機能・相同性AAA+ ATPase domain / DNA replication licensing factor Mcm7 / MCM domain / CDC45 family / GINS complex, subunit Psf1 / DNA replication complex GINS protein Psf2 / DNA replication licensing factor Mcm2 / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm5 ...AAA+ ATPase domain / DNA replication licensing factor Mcm7 / MCM domain / CDC45 family / GINS complex, subunit Psf1 / DNA replication complex GINS protein Psf2 / DNA replication licensing factor Mcm2 / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm5 / DNA replication licensing factor Mcm6 / GINS complex subunit Sld5 / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / GINS complex, subunit Psf3 / Nucleic acid-binding, OB-fold / Mini-chromosome maintenance, conserved site / GINS subunit, domain A / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / MCM N-terminal domain / Mini-chromosome maintenance protein / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / MCM OB domain / GINS, helical bundle-like domain superfamily / MCM P-loop domain / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / Mini-chromosome maintenance protein 2 / GINS complex protein / MCM N-terminal domain / Switching of origins to a post-replicative state / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / MCM OB domain / MCM family signature. / Activation of the pre-replicative complex / MCM family domain profile. / CDC45-like protein / Orc1 removal from chromatin / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / MCM complex binding / negative regulation of ATP-dependent DNA helicase activity / MCM core complex / CMG complex / nuclear DNA replication / regulation of chromatin silencing at telomere / negative regulation of chromatin silencing at telomere / MCM complex / establishment of chromatin silencing / mitotic DNA replication initiation / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / regulation of DNA-dependent DNA replication initiation / nuclear pre-replicative complex / DNA replication preinitiation complex / 3'-5' DNA helicase activity / single-stranded DNA-dependent ATPase activity / double-strand break repair via break-induced replication / nuclear replication fork / DNA strand elongation involved in DNA replication / replication fork protection complex / chromatin silencing at silent mating-type cassette / DNA duplex unwinding / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA helicase activity / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / chromatin silencing at telomere / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / ヘリカーゼ / helicase activity / chromosome, telomeric region / single-stranded DNA binding / DNA-dependent DNA replication / nuclear chromosome, telomeric region / cellular response to DNA damage stimulus / chromatin binding / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor MCM6 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / Cell division control protein 45 / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA replication complex GINS protein PSF1
機能・相同性情報
由来Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 4.7Å分解能
データ登録者Yuan Z / Bai L / Sun J / Georgescu RE / Liu J / O'Donnell ME / Li H
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / : 2016
タイトル: Structure of the eukaryotic replicative CMG helicase suggests a pumpjack motion for translocation.
著者: Zuanning Yuan / Lin Bai / Jingchuan Sun / Roxana Georgescu / Jun Liu / Michael E O'Donnell / Huilin Li
構造検証レポートPDB-ID: 3jc5

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2015年11月23日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2016年2月10日 / マップ公開: 2016年2月10日 / 最新の更新: 2016年4月27日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: : PDB-3jc5
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_6535.map.gz (map file in CCP4 format, 65537 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
256 pix
1.01 Å/pix.
= 258.56 Å
256 pix
1.01 Å/pix.
= 258.56 Å
256 pix
1.01 Å/pix.
= 258.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.01 Å
密度
表面のレベル:0.018 (by emdb), 0.015 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.02877966 - 0.06427838
平均 (標準偏差)0.00066107 (0.00432134)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions256256256
Origin000
Limit255255255
Spacing256256256
セルA=B=C: 258.56 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.011.011.01
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z258.560258.560258.560
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0290.0640.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Saccharomyces cerevisiae CMG complex

全体名称: Saccharomyces cerevisiae CMG complex / 構成要素数: 1
分子量理論値: 700 kDa

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構成要素 #1: タンパク質, CMG complex

タンパク質名称: CMG complex / 別称: CMG / 組換発現: Yes / 個数: 1
分子量理論値: 700 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(合成)発現系: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 0.6 mg/ml
緩衝液: 20 mM Tris acetate, 40 mM potassium glutamate, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA
支持膜400 mesh holey carbon C-flat grid, glow-discharged in air
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 実験手法: Blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2015年8月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 50 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 29000 X (公称値), 49505 X (実測値) / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 1500 - 3500 nm
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
カメラディテクター: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 8000

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画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 178530
詳細: All steps, including automatic particle picking, 2D classification, 3D classification, and 3D refinement were performed in Relion 1.4.
3次元再構成ソフトウェア: Relion_1.4 / CTF補正: CTFFIND4 / 分解能: 4.7 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143, gold-standard

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原子モデル構築

モデリング #1ソフトウェア: Chimera / 精密化のプロトコル: rigid body / 精密化に使用した空間: REAL
利用したPDBモデル: 2Q9Q
得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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