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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6486 | |||||||||
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タイトル | Mechanisms of Ribosome Stalling by SecM at Multiple Elongation Steps | |||||||||
マップデータ | Cryo EM reconstruction of SecM-Pro-RNC ( ribosomal-nascent-peptide-complex) with 50S-tRNA mask | |||||||||
試料 |
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キーワード | electron microscopy / single particle analysis / ribosome stalling | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis ...stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translation regulator activity / four-way junction DNA binding / translational termination / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / ribosomal large subunit assembly / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / periplasmic space / tRNA binding / molecular adaptor activity / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang J / Pan XJ / Yan KG / Sun S / Gao N / Sui SF | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2015 タイトル: Mechanisms of ribosome stalling by SecM at multiple elongation steps. 著者: Jun Zhang / Xijiang Pan / Kaige Yan / Shan Sun / Ning Gao / Sen-Fang Sui / 要旨: Regulation of translating ribosomes is a major component of gene expression control network. In Escherichia coli, ribosome stalling by the C-terminal arrest sequence of SecM regulates the SecA- ...Regulation of translating ribosomes is a major component of gene expression control network. In Escherichia coli, ribosome stalling by the C-terminal arrest sequence of SecM regulates the SecA-dependent secretion pathway. Previous studies reported many residues of SecM peptide and ribosome exit tunnel are critical for stalling. However, the underlying molecular mechanism is still not clear at the atomic level. Here, we present two cryo-EM structures of the SecM-stalled ribosomes at 3.3-3.7 Å resolution, which reveal two different stalling mechanisms at distinct elongation steps of the translation cycle: one is due to the inactivation of ribosomal peptidyl-transferase center which inhibits peptide bond formation with the incoming prolyl-tRNA; the other is the prolonged residence of the peptidyl-RNA at the hybrid A/P site which inhibits the full-scale tRNA translocation. These results demonstrate an elegant control of translation cycle by regulatory peptides through a continuous, dynamic reshaping of the functional center of the ribosome. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6486.map.gz | 117.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6486-v30.xml emd-6486.xml | 16.4 KB 16.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_6486_fsc.xml | 11.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_6486.tif | 126.3 KB | ||
マスクデータ | emd_6486_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6486 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6486 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6486_validation.pdf.gz | 457.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6486_full_validation.pdf.gz | 456.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6486_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6486 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6486 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6486.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo EM reconstruction of SecM-Pro-RNC ( ribosomal-nascent-peptide-complex) with 50S-tRNA mask | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-セグメンテーションマップ: This mask represent the large subunit with A/P-tRNA and P/E-tRNA
注釈 | This mask represent the large subunit with A/P-tRNA and P/E-tRNA | ||||||||||||
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ファイル | emd_6486_msk_1.map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SecM-Pro-RNC(ribosome-nascent-peptide-complex) complex with 50S mask
全体 | 名称: SecM-Pro-RNC(ribosome-nascent-peptide-complex) complex with 50S mask |
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要素 |
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-超分子 #1000: SecM-Pro-RNC(ribosome-nascent-peptide-complex) complex with 50S mask
超分子 | 名称: SecM-Pro-RNC(ribosome-nascent-peptide-complex) complex with 50S mask タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 2.3 MDa |
-超分子 #1: SecM-Pro-RNC with 50S mask
超分子 | 名称: SecM-Pro-RNC with 50S mask / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: SecM-Pro-stalled RNC with 50S mask / 組換発現: Yes / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Escherichia coli MG1655 / 組換プラスミド: pET21 |
分子量 | 理論値: 2.3 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 詳細: 20mM HEPES, 50mM KOAc, 6mM Mg[OAc]2, 1mM DTT, 500 ug/ml chloramphenicol,0.05% Nikkol,0.5% pill/ml Complete EDTA-free Protease inhibitor cocktail,0.1 U/ml RNasin and 125mM sucrose |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 1.5 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法 #1
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
日付 | 2014年5月8日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 4 µm / 実像数: 3908 / 平均電子線量: 16 e/Å2 詳細: Every image is the average of 14 frames recorded by the direct electron detector |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 37878 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #2
Microscopy ID | 2 |
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顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
日付 | 2014年6月16日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 4 µm / 実像数: 3908 / 平均電子線量: 16 e/Å2 詳細: Every image is the average of 14 frames recorded by the direct electron detector |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 37878 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #3
Microscopy ID | 3 |
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顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
日付 | 2014年8月30日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 4 µm / 実像数: 3908 / 平均電子線量: 16 e/Å2 詳細: Every image is the average of 14 frames recorded by the direct electron detector |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 37878 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |