+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6445 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Atomic structure of a non-enveloped virus reveals pH sensors for a coordinated process of cell entry | |||||||||
マップデータ | The whole map of BTV virion at pH 3.4 without imposing a reverse B-factor to boost high frequency signals | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Non-enveloped virus (ウイルス) / cell entry / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / pH sensor | |||||||||
生物種 | Bluetongue virus 1 (ブルータング) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang X / Patel A / Celma C / Roy P / Zhou ZH | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016 タイトル: Atomic model of a nonenveloped virus reveals pH sensors for a coordinated process of cell entry. 著者: Xing Zhang / Avnish Patel / Cristina C Celma / Xuekui Yu / Polly Roy / Z Hong Zhou / 要旨: Viruses sense environmental cues such as pH to engage in membrane interactions for cell entry during infection, but how nonenveloped viruses sense pH is largely undefined. Here, we report both high- ...Viruses sense environmental cues such as pH to engage in membrane interactions for cell entry during infection, but how nonenveloped viruses sense pH is largely undefined. Here, we report both high- and low-pH structures of bluetongue virus (BTV), which enters cells via a two-stage endosomal process. The receptor-binding protein VP2 possesses a zinc finger that may function to maintain VP2 in a metastable state and a conserved His866, which senses early-endosomal pH. The membrane-penetration protein VP5 has three domains: dagger, unfurling and anchoring. Notably, the β-meander motif of the anchoring domain contains a histidine cluster that can sense late-endosomal pH and also possesses four putative membrane-interaction elements. Exposing BTV to low pH detaches VP2 and dramatically refolds the dagger and unfurling domains of VP5. Our biochemical and structure-guided-mutagenesis studies support these coordinated pH-sensing mechanisms. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6445.map.gz | 117.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-6445-v30.xml emd-6445.xml | 8.6 KB 8.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6445.jpg | 45.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6445 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6445 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6445.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 500 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | The whole map of BTV virion at pH 3.4 without imposing a reverse B-factor to boost high frequency signals | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.89 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : BTV virion at pH 3.4 without imposing a reverse B-factor to boost...
全体 | 名称: BTV virion at pH 3.4 without imposing a reverse B-factor to boost high frequency signals |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: BTV virion at pH 3.4 without imposing a reverse B-factor to boost...
超分子 | 名称: BTV virion at pH 3.4 without imposing a reverse B-factor to boost high frequency signals タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
---|
-超分子 #1: Bluetongue virus 1
超分子 | 名称: Bluetongue virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 35327 / 生物種: Bluetongue virus 1 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
---|---|
宿主 | 生物種: Capra hircus (ヤギ) / 別称: VERTEBRATES |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 800 Å / T番号(三角分割数): 13 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 3.4 / 詳細: citrate buffer |
---|---|
グリッド | 詳細: thin carbon on a lacey holey carbon support film |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
日付 | 2011年5月11日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 350 / ビット/ピクセル: 32 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: each particle |
---|---|
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Frealign / 使用した粒子像数: 4503 |