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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6410 | |||||||||
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タイトル | Structure of PhnGHIJK complex from Escherichia coli | |||||||||
マップデータ | PhnGHIJK complex from Escherichia coli | |||||||||
試料 |
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キーワード | PhnGHIJK | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Yang K / Ren Z / Raushel FM / Zhang J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2016 タイトル: Structures of the Carbon-Phosphorus Lyase Complex Reveal the Binding Mode of the NBD-like PhnK. 著者: Kailu Yang / Zhongjie Ren / Frank M Raushel / Junjie Zhang / 要旨: The carbon-phosphorus (C-P) lyase complex is essential for the metabolism of unactivated phosphonates to phosphate in bacteria. Using single-particle cryo-electron microscopy, we determined two ...The carbon-phosphorus (C-P) lyase complex is essential for the metabolism of unactivated phosphonates to phosphate in bacteria. Using single-particle cryo-electron microscopy, we determined two structures of the C-P lyase core complex PhnG2H2I2J2, with or without PhnK. PhnG2H2I2J2 is a two-fold symmetric hetero-octamer. Its two PhnJ subunits provide two identical binding sites for PhnK. Only one PhnK binds to PhnG2H2I2J2 due to steric hindrance. PhnK is homologous to the nucleotide-binding domain (NBD) of ATP-binding cassette transporters. The α helices 3 and 4 of PhnK bind to α helix 6 and a loop (residues 227-230) of PhnJ, in a different mode from the binding of NBDs to their transmembrane partners. Moreover, binding of PhnK exposes the active site residue, Gly32 of PhnJ, located near the interface between PhnJ and PhnH. This structural information provides a basis for further deciphering of the reaction mechanism of the C-P lyase. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6410.map.gz | 154.7 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6410-v30.xml emd-6410.xml | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_6410_fsc.xml | 2.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_6410.png | 98.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6410 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6410 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6410.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 825.2 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | PhnGHIJK complex from Escherichia coli | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : PhnGHIJK complex from Escherichia coli
全体 | 名称: PhnGHIJK complex from Escherichia coli |
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要素 |
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-超分子 #1000: PhnGHIJK complex from Escherichia coli
超分子 | 名称: PhnGHIJK complex from Escherichia coli / タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: Two PhnG, two PhnH, two PhnI, two PhnJ, one PhnK Number unique components: 5 |
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分子量 | 理論値: 248 KDa |
-分子 #1: PhnG
分子 | 名称: PhnG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BW5328 |
分子量 | 理論値: 18.7 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Rosetta2 (DE3) pLysS cells (Novagen) / 組換プラスミド: pET-28b |
-分子 #2: PhnH
分子 | 名称: PhnH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BW5328 |
分子量 | 理論値: 20.9 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Rosetta2 (DE3) pLysS cells (Novagen) / 組換プラスミド: pET-28b |
-分子 #3: PhnI
分子 | 名称: PhnI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BW5328 |
分子量 | 理論値: 38.9 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Rosetta2 (DE3) pLysS cells (Novagen) / 組換プラスミド: pET-28b |
-分子 #4: PhnJ
分子 | 名称: PhnJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BW5328 |
分子量 | 理論値: 31.7 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Rosetta2 (DE3) pLysS cells (Novagen) / 組換プラスミド: pET-28b |
-分子 #5: PhnK
分子 | 名称: PhnK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BW5328 |
分子量 | 理論値: 27.8 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Rosetta2 (DE3) pLysS cells (Novagen) / 組換プラスミド: pET-28b |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8.5 / 詳細: 50 mM HEPES, 150 mM NaCl, 2 mM TCEP |
グリッド | 詳細: C-Flat 200 mesh 1.2/1.3 holey carbon grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 91 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 5 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法 #1
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 33333 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 25000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Nitrogen-cooled / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
温度 | 最低: 77 K / 最高: 105 K / 平均: 100 K |
Microscopy ID | 1 |
詳細 | Counting mode with a dose rate of 10 e/(pixel^2*s), 0.2 s/frame |
日付 | 2014年11月14日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 967 / 平均電子線量: 22 e/Å2 詳細: Every image is the average of twenty-five or fifty frames recorded by the direct electron detector. |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #2
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 33333 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 25000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Nitrogen-cooled / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
温度 | 最低: 77 K / 最高: 105 K / 平均: 100 K |
Microscopy ID | 2 |
詳細 | Counting mode with a dose rate of 10 e/(pixel^2*s), 0.2 s/frame |
日付 | 2014年11月29日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 967 / 平均電子線量: 44 e/Å2 詳細: Every image is the average of twenty-five or fifty frames recorded by the direct electron detector. |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #3
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 33333 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 25000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Nitrogen-cooled / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
温度 | 最低: 77 K / 最高: 105 K / 平均: 100 K |
Microscopy ID | 3 |
詳細 | Counting mode with a dose rate of 10 e/(pixel^2*s), 0.2 s/frame |
日付 | 2014年12月14日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 967 / 平均電子線量: 44 e/Å2 詳細: Every image is the average of twenty-five or fifty frames recorded by the direct electron detector. |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |