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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6015 | |||||||||
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タイトル | Dynein motor domain in the presence of ADP, with linker at position 1モータータンパク質 | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of dynein motor domain in 100 uM ADP | |||||||||
試料 |
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キーワード | dynein (ダイニン) / lis1 / regulation mechanism (酵素) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 karyogamy / establishment of mitotic spindle localization / astral microtubule / nuclear migration along microtubule / minus-end-directed microtubule motor activity / cytoplasmic dynein complex / dynein light intermediate chain binding / spindle pole body / nuclear migration / dynein intermediate chain binding ...karyogamy / establishment of mitotic spindle localization / astral microtubule / nuclear migration along microtubule / minus-end-directed microtubule motor activity / cytoplasmic dynein complex / dynein light intermediate chain binding / spindle pole body / nuclear migration / dynein intermediate chain binding / mitotic sister chromatid segregation / establishment of mitotic spindle orientation / cytoplasmic microtubule / cytoplasmic microtubule organization / Neutrophil degranulation / mitotic spindle organization / 細胞皮質 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Toropova K / Zou S / Roberts AJ / Redwine WB / Goodman BS / Reck-Peterson SL / Leschziner AE | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2014 タイトル: Lis1 regulates dynein by sterically blocking its mechanochemical cycle. 著者: Katerina Toropova / Sirui Zou / Anthony J Roberts / William B Redwine / Brian S Goodman / Samara L Reck-Peterson / Andres E Leschziner / 要旨: Regulation of cytoplasmic dynein's motor activity is essential for diverse eukaryotic functions, including cell division, intracellular transport, and brain development. The dynein regulator Lis1 is ...Regulation of cytoplasmic dynein's motor activity is essential for diverse eukaryotic functions, including cell division, intracellular transport, and brain development. The dynein regulator Lis1 is known to keep dynein bound to microtubules; however, how this is accomplished mechanistically remains unknown. We have used three-dimensional electron microscopy, single-molecule imaging, biochemistry, and in vivo assays to help establish this mechanism. The three-dimensional structure of the dynein-Lis1 complex shows that binding of Lis1 to dynein's AAA+ ring sterically prevents dynein's main mechanical element, the 'linker', from completing its normal conformational cycle. Single-molecule experiments show that eliminating this block by shortening the linker to a point where it can physically bypass Lis1 renders single dynein motors insensitive to regulation by Lis1. Our data reveal that Lis1 keeps dynein in a persistent microtubule-bound state by directly blocking the progression of its mechanochemical cycle. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6015.map.gz | 1.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6015-v30.xml emd-6015.xml | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6015.gif 80_6015.gif | 38.6 KB 3.2 KB | ||
その他 | relion_half1_class001_unfil.map.gz relion_half2_class001_unfil.map.gz | 17 MB 17 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6015 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6015 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6015.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 21.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of dynein motor domain in 100 uM ADP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.73 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-添付マップデータ: relion half1 class001 unfil.map
ファイル | relion_half1_class001_unfil.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: relion half2 class001 unfil.map
ファイル | relion_half2_class001_unfil.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Dynein motor domain in 100 uM ADP
全体 | 名称: Dynein motor domain in 100 uM ADPモータータンパク質 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Dynein motor domain in 100 uM ADP
超分子 | 名称: Dynein motor domain in 100 uM ADP / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 361 KDa / 理論値: 361 KDa |
-分子 #1: Dynein heavy chain
分子 | 名称: Dynein heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: DYN1 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: RPY844 / 別称: Yeast / 細胞中の位置: Cytoplasmic |
分子量 | 実験値: 361 KDa / 理論値: 361 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換株: RPY844 |
配列 | UniProtKB: Dynein heavy chain, cytoplasmic |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.03 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 50 mM Tris-HCl, 150 mM potassium acetate, 2 mM magnesium acetate, 1 mM EGTA, 1 mM DTT, 100 uM ADP |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids with adsorbed protein were floated on 2% w/v uranyl formate, then sandwiched with a thin layer of carbon, blotted, and frozen in liquid nitrogen. |
グリッド | 詳細: 200 mesh C-flat grid with thin carbon support |
凍結 | 凍結剤: NITROGEN / 装置: OTHER 手法: Manually blot, wait 10-20 seconds, then manually plunge into liquid nitrogen. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
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電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 86800 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.31 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.39 µm / 倍率(公称値): 62000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
日付 | 2013年1月14日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 200 / 平均電子線量: 25 e/Å2 |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: phase flip |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION 詳細: The dataset was first 3D-classified in RELION to sort different linker positions. Particles in this map displayed a linker unshifted relative to its position in the absence of nucleotide. 使用した粒子像数: 7630 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | To compare linker positions between PDB file and EM map, only coordinates for the dynein ring (AAA1-6) were fit into the EM density. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |