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万見
- EMDB-5754: Maximizing the potential of electron cryomicroscopy data collecte... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5754
タイトルMaximizing the potential of electron cryomicroscopy data collected using direct detectors
マップデータReconstruction of mature STIV virion
試料
  • 試料: Mature Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus
  • ウイルス: Sulfolobus turreted icosahedral virus (ウイルス)
キーワードElectron microscopy (電子顕微鏡) / Direct detectors / Near-atomic resolution / Sulfolobus turreted icosahedral virus
生物種Sulfolobus turreted icosahedral virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å
データ登録者Veesler D / Campbell MG / Cheng A / Fu CY / Murez Z / Johnson JE / Potter CS / Carragher B
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2013
タイトル: Maximizing the potential of electron cryomicroscopy data collected using direct detectors.
著者: David Veesler / Melody G Campbell / Anchi Cheng / Chi-Yu Fu / Zachary Murez / John E Johnson / Clinton S Potter / Bridget Carragher /
要旨: Single-particle electron cryomicroscopy is undergoing a technical revolution due to the recent developments of direct detectors. These new recording devices detect electrons directly (i.e. without ...Single-particle electron cryomicroscopy is undergoing a technical revolution due to the recent developments of direct detectors. These new recording devices detect electrons directly (i.e. without conversion into light) and feature significantly improved detective quantum efficiencies and readout rates as compared to photographic films or CCDs. We evaluated here the potential of one such detector (Gatan K2 Summit) to enable the achievement of near-atomic resolution reconstructions of biological specimens when coupled to a widely used, mid-range transmission electron microscope (FEI TF20 Twin). Compensating for beam-induced motion and stage drift provided a 4.4Å resolution map of Sulfolobus turreted icosahedral virus (STIV), which we used as a test particle in this study. Several motion correction and dose fractionation procedures were explored and we describe their influence on the resolution of the final reconstruction. We also compared the quality of this data to that collected with a FEI Titan Krios microscope equipped with a Falcon I direct detector, which provides a benchmark for data collected using a high-end electron microscope.
履歴
登録2013年9月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年3月19日-
マップ公開2014年3月19日-
更新2014年3月19日-
現状2014年3月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_5754.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5754.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of mature STIV virion
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.21 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.28681743 - 0.33031565
平均 (標準偏差)-0.00033474 (±0.01979297)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-512-512-512
サイズ102410241024
Spacing102410241024
セルA=B=C: 1239.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.211.211.21
M x/y/z102410241024
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1239.0401239.0401239.040
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-512-512-512
NC/NR/NS102410241024
D min/max/mean-0.2870.330-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mature Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus

全体名称: Mature Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus
要素
  • 試料: Mature Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus
  • ウイルス: Sulfolobus turreted icosahedral virus (ウイルス)

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超分子 #1000: Mature Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus

超分子名称: Mature Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: icosahedral / Number unique components: 1
分子量理論値: 75 MDa

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超分子 #1: Sulfolobus turreted icosahedral virus

超分子名称: Sulfolobus turreted icosahedral virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 269145 / 生物種: Sulfolobus turreted icosahedral virus / Sci species strain: YNPRC179 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: 2-2-12 / 別称: ARCHAEA
分子量理論値: 75 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 730 Å

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 3.5
詳細: 23 mM KH2PO4, 19 mM (NH4)2SO4, 1 mM MgSO4, 2 mM CaCl2
グリッド詳細: plasma cleaned C-flat holey carbon grids (CF-1.2/1.3, Protochips)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 94 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: Vitrification was carried out at room temperature. / 手法: Blot for 3 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 41322 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.45 µm
試料ステージ試料ホルダー: Nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度平均: 90 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 41322 times magnification
日付2012年11月30日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 754 / 平均電子線量: 22 e/Å2
詳細: Every movie is composed of sixteen frames recorded by the direct electron detector.
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Frealign
詳細: The final reconstruction was computed using the first ten frames of each movie and sharpened with a negative temperature factor of 650 A^2.
使用した粒子像数: 4446
詳細The final reconstruction was sharpened with a negative temperature factor of 650 A^2.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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