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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5651 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure pentaketide-ACP4-PikAIII/C209A/delta ACP5 | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of the 5th module from the pikromycin biosynthetic pathway (PikAIII) lacking the ACP domain with an N-terminal fusion to the ACP domain from module 4 of the pikromycin pathway (ACP4). The ACP4 domain was loaded with the pentaketide intermediate. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Type I polyketide synthase module | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 10-deoxymethynolide synthase / narbonolide synthase / macrolide biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Streptomyces venezuelae (バクテリア) / unidentified (未定義) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Dutta S / Whicher JR / Hansen DA / Hale WA / Chemler JA / Narayan AR / Hakansson K / Sherman DH / Smith JL / Skiniotis G | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2014 タイトル: Structure of a modular polyketide synthase. 著者: Somnath Dutta / Jonathan R Whicher / Douglas A Hansen / Wendi A Hale / Joseph A Chemler / Grady R Congdon / Alison R H Narayan / Kristina Håkansson / David H Sherman / Janet L Smith / Georgios Skiniotis / 要旨: Polyketide natural products constitute a broad class of compounds with diverse structural features and biological activities. Their biosynthetic machinery, represented by type I polyketide synthases ...Polyketide natural products constitute a broad class of compounds with diverse structural features and biological activities. Their biosynthetic machinery, represented by type I polyketide synthases (PKSs), has an architecture in which successive modules catalyse two-carbon linear extensions and keto-group processing reactions on intermediates covalently tethered to carrier domains. Here we used electron cryo-microscopy to determine sub-nanometre-resolution three-dimensional reconstructions of a full-length PKS module from the bacterium Streptomyces venezuelae that revealed an unexpectedly different architecture compared to the homologous dimeric mammalian fatty acid synthase. A single reaction chamber provides access to all catalytic sites for the intramodule carrier domain. In contrast, the carrier from the preceding module uses a separate entrance outside the reaction chamber to deliver the upstream polyketide intermediate for subsequent extension and modification. This study reveals for the first time, to our knowledge, the structural basis for both intramodule and intermodule substrate transfer in polyketide synthases, and establishes a new model for molecular dissection of these multifunctional enzyme systems. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5651.map.gz | 14.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5651-v30.xml emd-5651.xml | 12.7 KB 12.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_5651.gif 80_5651.gif | 37.2 KB 2.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5651 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5651 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5651.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of the 5th module from the pikromycin biosynthetic pathway (PikAIII) lacking the ACP domain with an N-terminal fusion to the ACP domain from module 4 of the pikromycin pathway (ACP4). The ACP4 domain was loaded with the pentaketide intermediate. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : pentaketide-ACP4-PikAIII/C209A/delta ACP5
全体 | 名称: pentaketide-ACP4-PikAIII/C209A/delta ACP5 |
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要素 |
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-超分子 #1000: pentaketide-ACP4-PikAIII/C209A/delta ACP5
超分子 | 名称: pentaketide-ACP4-PikAIII/C209A/delta ACP5 / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: Sample was not frozen prior to loading on the grid. The sample was monodisperse. 集合状態: Dimer / Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 348 KDa / 理論値: 348 KDa / 手法: Gel filtration chromatography. |
-分子 #1: PikAIII
分子 | 名称: PikAIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces venezuelae (バクテリア) |
分子量 | 実験値: 348 KDa / 理論値: 348 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET28b |
配列 | UniProtKB: Narbonolide/10-deoxymethynolide synthase PikA3, module 5 |
-分子 #2: pentaketide
分子 | 名称: pentaketide / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 50 mM HEPES, 100mM NaCl |
グリッド | 詳細: Glow-discharged Quantifoil R2/200 mesh grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 89 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 手法: Blot for 1.5-2.0 seconds before plunging (3 microliter sample). |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 66964 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Oxford holder / 試料ホルダーモデル: OTHER |
温度 | 最低: 89 K / 最高: 89 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 135,000 times magnification |
日付 | 2012年3月3日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 365 / 平均電子線量: 22 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each micrograph |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN1, EMAN2 / 使用した粒子像数: 43946 |
詳細 | The particles were selected manually. |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
-原子モデル構築 3
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |