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- PDB-5t16: Crystal structure of yeast RNase III (Rnt1p) complexed with a non... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t16
タイトルCrystal structure of yeast RNase III (Rnt1p) complexed with a non-hydrolyzable RNA substrate analog
要素
  • (Ribonuclease 3) x 2
  • RNA substrate analog
キーワードhydrolase/rna / Rnt1p / RNase III / substrate-loaded complex / hydrolase-rna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


box C/D sno(s)RNA processing / box H/ACA sno(s)RNA processing / regulation of fungal-type cell wall organization / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / U1 snRNA 3'-end processing / U5 snRNA 3'-end processing / U4 snRNA 3'-end processing / ribonuclease III / ribonuclease III activity / termination of RNA polymerase II transcription ...box C/D sno(s)RNA processing / box H/ACA sno(s)RNA processing / regulation of fungal-type cell wall organization / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / U1 snRNA 3'-end processing / U5 snRNA 3'-end processing / U4 snRNA 3'-end processing / ribonuclease III / ribonuclease III activity / termination of RNA polymerase II transcription / rRNA transcription / rRNA processing / double-stranded RNA binding / chromatin organization / nucleolus / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease III, N-terminal domain / Rnt1/Pac1, double-stranded RNA binding domain, fungi / Ribonuclease III N-terminal domain / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif ...Ribonuclease III, N-terminal domain / Rnt1/Pac1, double-stranded RNA binding domain, fungi / Ribonuclease III N-terminal domain / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Ribonuclease 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.783 Å
データ登録者Song, H. / Ji, X.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: The Functional Cycle of Rnt1p: Five Consecutive Steps of Double-Stranded RNA Processing by a Eukaryotic RNase III.
著者: Song, H. / Fang, X. / Jin, L. / Shaw, G.X. / Wang, Y.X. / Ji, X.
#1: ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2014
タイトル: Structure of a eukaryotic RNase III postcleavage complex reveals a double-ruler mechanism for substrate selection.
著者: Liang, Y.H. / Lavoie, M. / Comeau, M.A. / Abou Elela, S. / Ji, X.
履歴
登録2016年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月15日Group: Database references
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease 3
B: Ribonuclease 3
C: Ribonuclease 3
D: Ribonuclease 3
E: Ribonuclease 3
F: Ribonuclease 3
G: RNA substrate analog
H: RNA substrate analog
I: Ribonuclease 3
J: Ribonuclease 3
K: Ribonuclease 3
L: Ribonuclease 3
M: Ribonuclease 3
N: Ribonuclease 3
O: RNA substrate analog
P: RNA substrate analog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)282,11626
ポリマ－281,49516
非ポリマー62110
水6,449358
1
A: Ribonuclease 3
B: Ribonuclease 3
C: Ribonuclease 3
D: Ribonuclease 3
E: Ribonuclease 3
F: Ribonuclease 3
G: RNA substrate analog
H: RNA substrate analog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,99612
ポリマ－140,7478
非ポリマー2484
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29690 Å2
ΔGint-217 kcal/mol
Surface area58550 Å2
手法PISA
2
I: Ribonuclease 3
J: Ribonuclease 3
K: Ribonuclease 3
L: Ribonuclease 3
M: Ribonuclease 3
N: Ribonuclease 3
O: RNA substrate analog
P: RNA substrate analog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,12014
ポリマ－140,7478
非ポリマー3726
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30490 Å2
ΔGint-206 kcal/mol
Surface area58710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.037, 164.065, 176.855
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ribonuclease 3 / Ribonuclease III / RNase III


分子量: 31481.312 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 184-499 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RNT1, YMR239C, YM9408.01C, YM9959.21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02555, ribonuclease III
#2: タンパク質
Ribonuclease 3 / Ribonuclease III / RNase III


分子量: 13975.908 Da / 分子数: 8 / 断片: unp residues 41-199 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RNT1, YMR239C, YM9408.01C, YM9959.21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02555, ribonuclease III
#3: RNA鎖
RNA substrate analog


分子量: 10940.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M di ammonium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月6日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→38.99 Å / Num. obs: 86174 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.5 % / Net I/σ(I): 6.79
反射 シェル解像度: 2.78→2.9 Å / 冗長度: 3.8 % / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2376: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OOG

4oog


解像度: 2.783→38.985 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2653 995 1.15 %
Rwork0.2259 --
obs0.2263 86174 98.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.783→38.985 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16286 2884 40 358 19568
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7828-2.92950.44641260.379211044X-RAY DIFFRACTION89
2.9295-3.1130.39721520.34412201X-RAY DIFFRACTION99
3.113-3.35320.31771370.287912311X-RAY DIFFRACTION100
3.3532-3.69040.30711480.24812354X-RAY DIFFRACTION100
3.6904-4.22390.24621380.201912412X-RAY DIFFRACTION100
4.2239-5.31950.25351470.18712415X-RAY DIFFRACTION100
5.3195-38.98910.18431470.178412442X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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