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- EMDB-5419: Sulfolobus solfataricus methylation-guide sRNP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5419
タイトルSulfolobus solfataricus methylation-guide sRNP
マップデータProjection matching single particle reconstruction of Sulfolobus solfataricus methylation-guide sRNP, 26 Angstrom resolution
試料
  • 試料: Sulfolobus solfataricus methylation-guide sRNP
  • タンパク質・ペプチド: ribonucleoprotein核タンパク質
キーワードarchaea (古細菌) / box C/D sRNP / single particle EM / rRNA modification / RNA-protein complex / non-coding RNA (ノンコーディングRNA)
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 26.0 Å
データ登録者Bower-Phipps KR / Taylor DW / Wang HW / Baserga SJ
引用ジャーナル: RNA / : 2012
タイトル: The box C/D sRNP dimeric architecture is conserved across domain Archaea.
著者: Kathleen R Bower-Phipps / David W Taylor / Hong-Wei Wang / Susan J Baserga /
要旨: Box C/D small (nucleolar) ribonucleoproteins [s(no)RNPs] catalyze RNA-guided 2'-O-ribose methylation in two of the three domains of life. Recent structural studies have led to a controversy over ...Box C/D small (nucleolar) ribonucleoproteins [s(no)RNPs] catalyze RNA-guided 2'-O-ribose methylation in two of the three domains of life. Recent structural studies have led to a controversy over whether box C/D sRNPs functionally assemble as monomeric or dimeric macromolecules. The archaeal box C/D sRNP from Methanococcus jannaschii (Mj) has been shown by glycerol gradient sedimentation, gel filtration chromatography, native gel analysis, and single-particle electron microscopy (EM) to adopt a di-sRNP architecture, containing four copies of each box C/D core protein and two copies of the Mj sR8 sRNA. Subsequently, investigators used a two-stranded artificial guide sRNA, CD45, to assemble a box C/D sRNP from Sulfolobus solfataricus with a short RNA methylation substrate, yielding a crystal structure of a mono-sRNP. To more closely examine box C/D sRNP architecture, we investigate the role of the omnipresent sRNA loop as a structural determinant of sRNP assembly. We show through sRNA mutagenesis, native gel electrophoresis, and single-particle EM that a di-sRNP is the near exclusive architecture obtained when reconstituting box C/D sRNPs with natural or artificial sRNAs containing an internal loop. Our results span three distantly related archaeal species--Sulfolobus solfataricus, Pyrococcus abyssi, and Archaeoglobus fulgidus--indicating that the di-sRNP architecture is broadly conserved across the entire archaeal domain.
履歴
登録2012年5月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年6月5日-
マップ公開2012年7月9日-
更新2012年7月9日-
現状2012年7月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5419.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Projection matching single particle reconstruction of Sulfolobus solfataricus methylation-guide sRNP, 26 Angstrom resolution
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.7 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.0 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-4.397295 - 14.74745083
平均 (標準偏差)0.0 (±0.9999997)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 345.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.72.72.7
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z345.600345.600345.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-4.39714.747-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Sulfolobus solfataricus methylation-guide sRNP

全体名称: Sulfolobus solfataricus methylation-guide sRNP
要素
  • 試料: Sulfolobus solfataricus methylation-guide sRNP
  • タンパク質・ペプチド: ribonucleoprotein核タンパク質

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超分子 #1000: Sulfolobus solfataricus methylation-guide sRNP

超分子名称: Sulfolobus solfataricus methylation-guide sRNP / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: Four copies of each box C/D core protein could be docked in this map.
Number unique components: 1
分子量理論値: 371 KDa

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分子 #1: ribonucleoprotein

分子名称: ribonucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: box C/D sRNP / 組換発現: Yes / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Sulfolobus solfataricus (古細菌)
分子量理論値: 371 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20mM HEPES, 500mM NaCl, 1.5mM MgCl2
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 2% uranyl formate
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
詳細low-dose conditions
日付2011年6月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 20 e/Å2

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 6149

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:
ソフトウェア名称: Chimera, Situs
精密化空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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