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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5419 | |||||||||
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タイトル | Sulfolobus solfataricus methylation-guide sRNP | |||||||||
マップデータ | Projection matching single particle reconstruction of Sulfolobus solfataricus methylation-guide sRNP, 26 Angstrom resolution | |||||||||
試料 |
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キーワード | archaea / box C/D sRNP / single particle EM / rRNA modification / RNA-protein complex / non-coding RNA | |||||||||
生物種 | Sulfolobus solfataricus (古細菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 26.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Bower-Phipps KR / Taylor DW / Wang HW / Baserga SJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: RNA / 年: 2012 タイトル: The box C/D sRNP dimeric architecture is conserved across domain Archaea. 著者: Kathleen R Bower-Phipps / David W Taylor / Hong-Wei Wang / Susan J Baserga / 要旨: Box C/D small (nucleolar) ribonucleoproteins [s(no)RNPs] catalyze RNA-guided 2'-O-ribose methylation in two of the three domains of life. Recent structural studies have led to a controversy over ...Box C/D small (nucleolar) ribonucleoproteins [s(no)RNPs] catalyze RNA-guided 2'-O-ribose methylation in two of the three domains of life. Recent structural studies have led to a controversy over whether box C/D sRNPs functionally assemble as monomeric or dimeric macromolecules. The archaeal box C/D sRNP from Methanococcus jannaschii (Mj) has been shown by glycerol gradient sedimentation, gel filtration chromatography, native gel analysis, and single-particle electron microscopy (EM) to adopt a di-sRNP architecture, containing four copies of each box C/D core protein and two copies of the Mj sR8 sRNA. Subsequently, investigators used a two-stranded artificial guide sRNA, CD45, to assemble a box C/D sRNP from Sulfolobus solfataricus with a short RNA methylation substrate, yielding a crystal structure of a mono-sRNP. To more closely examine box C/D sRNP architecture, we investigate the role of the omnipresent sRNA loop as a structural determinant of sRNP assembly. We show through sRNA mutagenesis, native gel electrophoresis, and single-particle EM that a di-sRNP is the near exclusive architecture obtained when reconstituting box C/D sRNPs with natural or artificial sRNAs containing an internal loop. Our results span three distantly related archaeal species--Sulfolobus solfataricus, Pyrococcus abyssi, and Archaeoglobus fulgidus--indicating that the di-sRNP architecture is broadly conserved across the entire archaeal domain. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5419.map.gz | 5.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5419-v30.xml emd-5419.xml | 8.4 KB 8.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5419_1.png | 917 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5419 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5419 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5419_validation.pdf.gz | 78.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5419_full_validation.pdf.gz | 77.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5419_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5419 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5419 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5419.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Projection matching single particle reconstruction of Sulfolobus solfataricus methylation-guide sRNP, 26 Angstrom resolution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Sulfolobus solfataricus methylation-guide sRNP
全体 | 名称: Sulfolobus solfataricus methylation-guide sRNP |
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要素 |
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-超分子 #1000: Sulfolobus solfataricus methylation-guide sRNP
超分子 | 名称: Sulfolobus solfataricus methylation-guide sRNP / タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: Four copies of each box C/D core protein could be docked in this map. Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 371 KDa |
-分子 #1: ribonucleoprotein
分子 | 名称: ribonucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: box C/D sRNP / 組換発現: Yes / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Sulfolobus solfataricus (古細菌) |
分子量 | 理論値: 371 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20mM HEPES, 500mM NaCl, 1.5mM MgCl2 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: 2% uranyl formate |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 12 |
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詳細 | low-dose conditions |
日付 | 2011年6月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 42000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 6149 |
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-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, Situs |
精密化 | 空間: REAL |