English [日本語]
- EMDB-5314: Structures of the RNA-guided surveillance complex from a bacteria... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

データがありません

-
基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 5314
タイトルStructures of the RNA-guided surveillance complex from a bacterial immune system
マップデータreconstructed density of the E. coli cascade complex at 8 Angstroms resolution
試料E. coli Cascade complex:
Cascade
キーワードCascade / bacterial immune system / CRISPR (CRISPR) / RNA-guided / ribo-nucleoprotein / ssRNA (リボ核酸)
由来Escherichia coli (大腸菌)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 8.8Å分解能
データ登録者Wiedenheft B / Lander GC / Zhou K / Jore MM / Brouns SJJ / van der Oost J / Doudna JA / Nogales E
引用ジャーナル: Nature / : 2011
タイトル: Structures of the RNA-guided surveillance complex from a bacterial immune system.
著者: Blake Wiedenheft / Gabriel C Lander / Kaihong Zhou / Matthijs M Jore / Stan J J Brouns / John van der Oost / Jennifer A Doudna / Eva Nogales
要旨: Bacteria and archaea acquire resistance to viruses and plasmids by integrating short fragments of foreign DNA into clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPRs). These ...Bacteria and archaea acquire resistance to viruses and plasmids by integrating short fragments of foreign DNA into clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPRs). These repetitive loci maintain a genetic record of all prior encounters with foreign transgressors. CRISPRs are transcribed and the long primary transcript is processed into a library of short CRISPR-derived RNAs (crRNAs) that contain a unique sequence complementary to a foreign nucleic-acid challenger. In Escherichia coli, crRNAs are incorporated into a multisubunit surveillance complex called Cascade (CRISPR-associated complex for antiviral defence), which is required for protection against bacteriophages. Here we use cryo-electron microscopy to determine the subnanometre structures of Cascade before and after binding to a target sequence. These structures reveal a sea-horse-shaped architecture in which the crRNA is displayed along a helical arrangement of protein subunits that protect the crRNA from degradation while maintaining its availability for base pairing. Cascade engages invading nucleic acids through high-affinity base-pairing interactions near the 5' end of the crRNA. Base pairing extends along the crRNA, resulting in a series of short helical segments that trigger a concerted conformational change. This conformational rearrangement may serve as a signal that recruits a trans-acting nuclease (Cas3) for destruction of invading nucleic-acid sequences.
日付登録: 2011年6月9日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2011年6月13日 / マップ公開: 2011年9月12日 / 最新の更新: 2013年7月17日

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

-
マップデータ

ファイルemd_5314.map.gz (map file in CCP4 format, 11665 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
144 pix
2.3 Å/pix.
= 331.2 Å
144 pix
2.3 Å/pix.
= 331.2 Å
144 pix
2.3 Å/pix.
= 331.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.3 Å
密度
表面のレベル:2.0 (by author), 2 (ムービー #1)
最小 - 最大-13.26109219 - 19.55530930
平均 (標準偏差)0.03946149 (0.45303169)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions144144144
Origin-72-72-72
Limit717171
Spacing144144144
セルA=B=C: 331.19998 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.32.32.3
M x/y/z144144144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z331.200331.200331.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-72-72-72
NC/NR/NS144144144
D min/max/mean-13.26119.5550.039

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 E. coli Cascade complex

全体名称: E. coli Cascade complex / 詳細: The sample was monodisperse. / 構成要素数: 1 / オリゴマーの状態: one asymmetric complex
分子量理論値: 405 kDa / 実験値: 405 kDa / 測定法: Theoretical

-
構成要素 #1: 細胞要素, Cascade

細胞要素名称: Cascade / 別称: Cascade / オリゴマーの状態: Monomer / 組換発現: Yes / 個数: 1
分子量理論値: 405 kDa / 実験値: 405 kDa
由来生物種: Escherichia coli (大腸菌) / : K12
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)
外部リンク遺伝子オントロジー: defense response to virus

-
実験情報

-
試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 1.2 mg/ml / 緩衝液: 25 mM HEPES, 100 mM KCl, 1 mM TCEP / pH: 7.5
支持膜200 mesh Cu grid
急速凍結装置: FEI VITROBOT / 凍結剤: ETHANE / 温度: 78 K / 湿度: 95 %
実験手法: 4 microliter aliquot of purified sample placed onto C-flat that had been glow-discharged in a nitrogen atmosphere for 60 sec using an Edwards Carbon Evaporator. The grids were blotted for 3 seconds using a blotting offset of -1.
詳細: Vitrification instrument: Vitrobot. blotting at 4 degrees C

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TECNAI F20 / 日付: 2010年9月17日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 120 kV / 照射量: 20 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 100000 X (公称値) / Cs: 2.2 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 800 - 2500 nm
試料ホルダホルダ: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
モデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 温度: 78 K ( 78 - 78 K)
カメラディテクター: GENERIC GATAN (4k x 4k)

-
画像取得

画像取得デジタル画像の数: 2370

-
画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 275573
詳細: From an initial set of 498137 automatically selected particles. Pre-processed with Appion.
想定した対称性: C1 (非対称)
3次元再構成アルゴリズム: Projection matching / ソフトウェア: EMAN2 SPARX / CTF補正: whole micrograph / 分解能: 8.8 Å / 分解能の算定法: FSC 0.5

+
万見について

-
お知らせ

-
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

-
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

+
2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

+
2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

+
2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る