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- EMDB-5123: 80S ポリオウイルス -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 5123
タイトルRNA-releasing poliovirus intermediates
マップデータthis is poliovirus in the early stage of RNA release
試料80S poliovirus:
virusウイルス
キーワードPicornavirus (ピコルナウイルス科) / poliovirus (ポリオウイルス) / intermediate / RNA release / 80S
機能・相同性Viral coat protein subunit / 3C cysteine protease (picornain 3C) / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus 2B protein / Picornavirus capsid / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A ...Viral coat protein subunit / 3C cysteine protease (picornain 3C) / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus 2B protein / Picornavirus capsid / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Poliovirus 3A protein-like / Peptidase S1, PA clan / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Picornavirus core protein 2A / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus coat protein (VP4) / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Picornavirus 2B protein / ヘリカーゼ / RNA依存性RNAポリメラーゼ / caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host translation initiation factor activity / positive stranded viral RNA replication / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / picornain 2A / pore-mediated entry of viral genome into host cell / suppression by virus of host mRNA export from nucleus / suppression by virus of host RIG-I activity / picornain 3C / endocytosis involved in viral entry into host cell / RNA-protein covalent cross-linking / host cell cytoplasmic vesicle membrane / pore formation by virus in membrane of host cell / integral to membrane of host cell / RNA helicase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / virion assembly / カプシド / RNA依存性RNAポリメラーゼ / suppression by virus of host gene expression / induction by virus of host autophagy / ion channel activity / protein complex oligomerization / viral RNA genome replication / RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / cysteine-type endopeptidase activity / DNA複製 / transcription, DNA-templated / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / RNA binding / 生体膜 / ATP binding / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
機能・相同性情報
由来poliovirus 1 mahoney (ポリオウイルス)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 10Å分解能
データ登録者Levy HC / Bostina M / Filman DJ / Hogle JM
引用ジャーナル: J. Virol. / : 2010
タイトル: Catching a virus in the act of RNA release: a novel poliovirus uncoating intermediate characterized by cryo-electron microscopy.
著者: Hazel C Levy / Mihnea Bostina / David J Filman / James M Hogle
構造検証レポートPDB-ID: 3iyb

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2009年7月16日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2009年7月31日 / マップ公開: 2010年3月10日 / 最新の更新: 2011年9月23日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: : PDB-3iyb
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデル: PDB-3iyb
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_5123.map.gz (map file in CCP4 format, 31723 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
201 pix
2.32 Å/pix.
= 466.782 Å
201 pix
2.32 Å/pix.
= 466.782 Å
201 pix
2.32 Å/pix.
= 466.782 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.3223 Å
密度
表面のレベル:2.0 (by author), 2 (ムービー #1)
最小 - 最大-40.0586 - 80.741
平均 (標準偏差)1.8502 (8.19719)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions201201201
Origin-100-100-100
Limit100100100
Spacing201201201
セルA=B=C: 466.782 Å
α=β=γ: 90 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.32229850746272.32229850746272.3222985074627
M x/y/z201201201
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z466.782466.782466.782
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS201201201
D min/max/mean-40.05980.7411.850

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 80S poliovirus

全体名称: 80S poliovirus / 詳細: native virus heat-treated at 56 degrees C / 構成要素数: 1
オリゴマーの状態: 60 promoters arranged as a icosahedron
分子量理論値: 8.3 MDa / 実験値: 8.3 MDa / 測定法: Sedimentation

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構成要素 #1: ウイルス, poliovirus 1 mahoney

ウイルス名称: poliovirus 1 mahoney / 別称: poliovirus 1 mahoney / クラス: VIRION / 中空か: Yes / エンベロープを持つか: No / 単離: SEROTYPE
分子量理論値: 8.3 MDa / 実験値: 8.3 MDa
生物種生物種: poliovirus 1 mahoney (ポリオウイルス)
由来(天然)宿主: Homo sapiens (ヒト) / 宿主のカテゴリ: VERTEBRATES
殻 #1要素名: VP1 VP2 and VP3 / 直径: 290 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子
実験手法: ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 0.2 mg/ml / 緩衝液: 20mM Tris, 50mM NaCl, 2 mM CaCl2 / pH: 7.4
支持膜200 mesh copper grids
染色not stained
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 実験手法: blot for 3 secs / 詳細: Vitrification instrument: home made plunger

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射量: 15 e/Å2 / 照射モード: OTHER
レンズ倍率: 59000 X (公称値) / 撮影モード: OTHER / デフォーカス: 900 - 3000 nm
試料ホルダホルダ: Eucentric / モデル: GATAN LIQUID NITROGEN
カメラディテクター: KODAK SO-163 FILM

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 138 / スキャナ: ZEISS SCAI / サンプリングサイズ: 7 microns

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画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法
詳細: 10,000 particle were partitioned into two distinct classes
想定した対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成アルゴリズム: PFT / ソフトウェア: PFT2, EM3DR2 / CTF補正: each micrograph / 分解能: 10 Å / 分解能の算定法: FSC 0.5

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原子モデル構築

モデリング #1ソフトウェア: INSOUT / 精密化のプロトコル: rigid body / 精密化に使用した空間: RECIPROCAL / 詳細: Protocol: Rigid Body
利用したPDBモデル: 1pov
得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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