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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4897 | |||||||||
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タイトル | MinCD filament from Pseudomonas aeruginosa | |||||||||
マップデータ | Pseudomonas aeruginosa MinCD filament | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of cell septum assembly / negative regulation of cell division / division septum assembly / cell morphogenesis / cytoplasmic side of plasma membrane / 細胞分裂 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Szewczak-Harris A / Wagstaff J / Lowe J | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: FEBS Lett / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM structure of the MinCD copolymeric filament from Pseudomonas aeruginosa at 3.1 Å resolution. 著者: Andrzej Szewczak-Harris / James Wagstaff / Jan Löwe / 要旨: Positioning of the division site in many bacterial species relies on the MinCDE system, which prevents the cytokinetic Z-ring from assembling anywhere but the mid-cell, through an oscillatory ...Positioning of the division site in many bacterial species relies on the MinCDE system, which prevents the cytokinetic Z-ring from assembling anywhere but the mid-cell, through an oscillatory diffusion-reaction mechanism. MinD dimers bind to membranes and, via their partner MinC, inhibit the polymerization of cell division protein FtsZ into the Z-ring. MinC and MinD form polymeric assemblies in solution and on cell membranes. Here, we report the high-resolution cryo-EM structure of the copolymeric filaments of Pseudomonas aeruginosa MinCD. The filaments consist of three protofilaments made of alternating MinC and MinD dimers. The MinCD protofilaments are almost completely straight and assemble as single protofilaments on lipid membranes, which we also visualized by cryo-EM. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4897.map.gz | 394.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4897-v30.xml emd-4897.xml | 11.9 KB 11.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4897_fsc.xml | 17 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4897.png | 231.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4897 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4897 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4897.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Pseudomonas aeruginosa MinCD filament | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.827 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : MinCD Filament
全体 | 名称: MinCD Filament |
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要素 |
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-超分子 #1: MinCD Filament
超分子 | 名称: MinCD Filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: MinC
分子 | 名称: MinC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 15.107273 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: KDSAPRKPAE EPSPSVGEAR PEPAKAEEKP AEPVSRPTKV VKTPVRGGMQ IYAAGGDLIV LAAVSPGAEL LADGNIHVYG PMRGRALAG VKGDATARIF CQQLAAELVS IAGNYKVAED LRRSPQWGKA VHVSLSGDVL NITRL |
-分子 #2: Site-determining protein
分子 | 名称: Site-determining protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 29.705143 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAKILVVTSG KGGVGKTTTS AAIGTGLALR GFKTVIVDFD VGLRNLDLIM GCERRVVYDF VNVVNGEATL TQALIKDKRL ENLHVLAAS QTRDKDALTK EGVEKVMAEL RKDFEYIICD SPAGIEKGAH LAMYFADEAI VVTNPEVSSV RDSDRMLGLL A SKSQRAEK ...文字列: MAKILVVTSG KGGVGKTTTS AAIGTGLALR GFKTVIVDFD VGLRNLDLIM GCERRVVYDF VNVVNGEATL TQALIKDKRL ENLHVLAAS QTRDKDALTK EGVEKVMAEL RKDFEYIICD SPAGIEKGAH LAMYFADEAI VVTNPEVSSV RDSDRMLGLL A SKSQRAEK GEEPIKEHLL LTRYNPERVT KGEMLSVDDV EEILAIRLLG VIPESQAVLK ASNQGVPVIL DEQSDAGQAY SD AVDRLLG KEIPHRFLDV QKKGFLQRLF GGRE |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 11 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 11 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 実像数: 3050 / 平均電子線量: 38.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-6riq: |