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- EMDB-4883: Structure of a minimal photosystem I from a green alga -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4883
タイトルStructure of a minimal photosystem I from a green alga光化学系I
マップデータ
試料
  • 複合体: Photosystem I光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
  • リガンド: x 11種
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 光化学系I / 光化学系II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...photosynthesis, light harvesting / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 光化学系I / 光化学系II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site ...Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
類似検索 - 構成要素
生物種Dunaliella salina (しおひげむし) / Green alga (しおひげむし)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Perez Boerema A / Klaiman D / Caspy I / Netzer-El SY / Amunts A / Nelson N
資金援助 イスラエル, スウェーデン, 3件
OrganizationGrant number国
Israel Science Foundation569/17 イスラエル
European Research CouncilERC-2018-StG-805230 スウェーデン
Swedish Research CouncilNT_2015-04107 スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2020
タイトル: Structure of a minimal photosystem I from the green alga Dunaliella salina.
著者: Annemarie Perez-Boerema / Daniel Klaiman / Ido Caspy / Sigal Y Netzer-El / Alexey Amunts / Nathan Nelson /
要旨: Solar energy harnessed by oxygenic photosynthesis supports most of the life forms on Earth. In eukaryotes, photosynthesis occurs in chloroplasts and is achieved by membrane-embedded macromolecular ...Solar energy harnessed by oxygenic photosynthesis supports most of the life forms on Earth. In eukaryotes, photosynthesis occurs in chloroplasts and is achieved by membrane-embedded macromolecular complexes that contain core and peripheral antennae with multiple pigments. The structure of photosystem I (PSI) comprises the core and light-harvesting (LHCI) complexes, which together form PSI-LHCI. Here we determined the structure of PSI-LHCI from the salt-tolerant green alga Dunaliella salina using X-ray crystallography and electron cryo-microscopy. Our results reveal a previously undescribed configuration of the PSI core. It is composed of only 7 subunits, compared with 14-16 subunits in plants and the alga Chlamydomonas reinhardtii, and forms the smallest known PSI. The LHCI is poorly conserved at the sequence level and binds to pigments that form new energy pathways, and the interactions between the individual Lhca1-4 proteins are weakened. Overall, the data indicate the PSI of D. salina represents a different type of the molecular organization that provides important information for reconstructing the plasticity and evolution of PSI.
履歴
登録2019年4月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月12日-
マップ公開2020年2月19日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 原子モデル: PDB-6rhz
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  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4883.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4883.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.065 Å
密度
表面レベル登録者による: 1 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-4.307253 - 14.299224
平均 (標準偏差)0.010194603 (±0.18615824)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 426.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0651.0651.065
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z426.000426.000426.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-532-20
NX/NY/NZ1019393
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-4.30714.2990.010

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_4883_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: None

ファイルemd_4883_half_map_1.map
注釈None
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: None

ファイルemd_4883_half_map_2.map
注釈None
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : Photosystem I

全体名称: Photosystem I光化学系I
要素
  • 複合体: Photosystem I光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, Lhca2
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, Lhca4
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II, PsaD光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV, PsaE光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III, PsaF光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX光化学系I
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: BETA-CAROTENEΒ-カロテン
  • リガンド: CHLOROPHYLL Aクロロフィルa
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: PHYLLOQUINONEフィロキノン
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
超分子 #1: Photosystem I

超分子名称: Photosystem I / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)

+
分子 #1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Green alga (しおひげむし)
分子量理論値: 21.30523 KDa
配列文字列: QRAGNFAPGS EPKEYLNDLP GNFNFDPLEL GKEKGTLQRY REAELIHCRW AMLGAAGCLA VEVLGLGNWY DAPLWAVTGD KPTWFGIEV PFDIATILGV EVVAMAVAEG LRNDNQDMEK RLYPGGAFDP LGFSKDPKSF EDKKLKELKN GRLAMVACLG F AGQHAATG ...文字列:
QRAGNFAPGS EPKEYLNDLP GNFNFDPLEL GKEKGTLQRY REAELIHCRW AMLGAAGCLA VEVLGLGNWY DAPLWAVTGD KPTWFGIEV PFDIATILGV EVVAMAVAEG LRNDNQDMEK RLYPGGAFDP LGFSKDPKSF EDKKLKELKN GRLAMVACLG F AGQHAATG KPILAALGDH LSSPFFNNFA TNGVSVPGV

+
分子 #2: Chlorophyll a-b binding protein, Lhca2

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, Lhca2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 22.813822 KDa
配列文字列: DRPLWSPGSE PPAWLDGSLA GDYGFDPLHL SEEPEMRKWM VQAELVHCRW AMLGVAGILF TSIGAKAGGN FPDWYDAGKE LQKNSDIPL GSLIFTELLL FGWVETKRLY DLRNPGSQGD GSFLGITDGL KGKENGYPGG LFDPMGMSKN EASFKEAKQK E VKNGRLAM ...文字列:
DRPLWSPGSE PPAWLDGSLA GDYGFDPLHL SEEPEMRKWM VQAELVHCRW AMLGVAGILF TSIGAKAGGN FPDWYDAGKE LQKNSDIPL GSLIFTELLL FGWVETKRLY DLRNPGSQGD GSFLGITDGL KGKENGYPGG LFDPMGMSKN EASFKEAKQK E VKNGRLAM LAFVGFIAQH HATHKSPIDN LLDHVADPFH VTFATNGVSI

+
分子 #3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Green alga (しおひげむし)
分子量理論値: 22.732824 KDa
配列文字列: YLDGTLPGDY GFDPLGLLDP TVSNGQGAGG FVNPRWLQYS EVIHARWAML GAAGCIAPEI LGKAGVIPAE TAVDWFRTGV IPPAGVYKD FWADPFTLFF IEVVAIQFAE LKRLQDYKNP GSQSRQYFLG LEGLFKGSDN PAYPGGPFFN FANFGKTEAE M KKLKLNEI ...文字列:
YLDGTLPGDY GFDPLGLLDP TVSNGQGAGG FVNPRWLQYS EVIHARWAML GAAGCIAPEI LGKAGVIPAE TAVDWFRTGV IPPAGVYKD FWADPFTLFF IEVVAIQFAE LKRLQDYKNP GSQSRQYFLG LEGLFKGSDN PAYPGGPFFN FANFGKTEAE M KKLKLNEI KNGRLAMLAM FGYGAQAVIT GDGPFDNLLA HLADPTGANL IT

+
分子 #4: Chlorophyll a-b binding protein, Lhca4

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, Lhca4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 23.131031 KDa
配列文字列: DRPLWYPGAT PPAHLDGSML GDYGFDPLRL GTNPDRMKWF REAELTNGRW AMAAVVGILF TDVFTSIGLV GLPKWWEAGA QTYPIDNQT LRTLAIIEFL LFGWVETKRL YDLRNPGSQG DGSFLGITDG LKGTENGYPG GIFDPLGYSK TSPEKLDELQ N GRLAMLAF ...文字列:
DRPLWYPGAT PPAHLDGSML GDYGFDPLRL GTNPDRMKWF REAELTNGRW AMAAVVGILF TDVFTSIGLV GLPKWWEAGA QTYPIDNQT LRTLAIIEFL LFGWVETKRL YDLRNPGSQG DGSFLGITDG LKGTENGYPG GIFDPLGYSK TSPEKLDELQ N GRLAMLAF LGFASTAAVN GQGPIESLQT HLADPFHVTF ATNGVSIPHF TEF

+
分子 #5: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Green alga (しおひげむし)
分子量理論値: 81.748172 KDa
配列文字列: VKIAVDRNPV ETNFEKWAKP GHFSRALAKG PNTTTWIWNL HADAHDFDNH TSDLEEISRK VFSAHFGQLG IILIWLSGMY FHGARFSNY EGWLSDPTHI KPSAQVVWPI VGQEILNGDV GGGFQGIQIT SGFFQLWRAS GITSELQLYS TAIGGLVLAA A CFFAGWFH ...文字列:
VKIAVDRNPV ETNFEKWAKP GHFSRALAKG PNTTTWIWNL HADAHDFDNH TSDLEEISRK VFSAHFGQLG IILIWLSGMY FHGARFSNY EGWLSDPTHI KPSAQVVWPI VGQEILNGDV GGGFQGIQIT SGFFQLWRAS GITSELQLYS TAIGGLVLAA A CFFAGWFH YHKAAPKLEW FQNVESMLNH HLAGLLGLGS LAWAGHQIHV SLPVNKLLDA GVDPKEIPLP HEFLLNQSII AD LYPSFSK GLAPFFTLNW AEYSDFLTFK GGLNPVTGGL WLSDTAHHHL AIAVLFLVAG HQYRTNWGIG HSIKDILESH KGP FTGNGH AGLYEILTTS WHAQLAINLA LFGSLSIIVA HHMYAMPPYP YLATDYGTQL SLFTHHMWIG GFCVVGAGAH AAIF MVRDY DPTNNYNNLL DRVIRHRDAI ISHLNWVSIF LGFHSFGLYI HNDTMSALGR PQDMFSDTAI QLQPVFAQWI QNTHF TAPQ LTAPNALAAT SLTWGGDVVA VGGKVAMMPI ALGTSDFLVH HIHAFTIHVT VLILLKGVLF ARSSRLIPDK ANLGFR FPC DGPGRGGTCQ VSAWDHVFLG LFWMYNSLSI VIFHFSWKMQ SDVWGTVTDS GVSHITGGNF AQSANTINGW LRDFLWA QS SQVIQSYGSA LSAYGLMFLG AHFVWAFSLM FLFSGRGYWQ ELIESIVWAH NKLRVAPSIQ PRALSITQGR AVGVAHYL L GGIATTWSFF LARIIAVG

+
分子 #6: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Green alga (しおひげむし)
分子量理論値: 81.327992 KDa
配列文字列: FPKFSQGLAQ DPSTRRIWYG LATAHDFESH DGMTEENLYQ KIFASHFGQL AIIFLWTSGN LFHVAWQGNF EQWVTDPIHV RPIAHAIWD PHFGQPAVEA FTRGGASGPV NIATSGVYQW WYTIGLRSNQ ELYVSSVFLA LVSAVFLFAG WLHLQPNFQP S LSWFKDAE ...文字列:
FPKFSQGLAQ DPSTRRIWYG LATAHDFESH DGMTEENLYQ KIFASHFGQL AIIFLWTSGN LFHVAWQGNF EQWVTDPIHV RPIAHAIWD PHFGQPAVEA FTRGGASGPV NIATSGVYQW WYTIGLRSNQ ELYVSSVFLA LVSAVFLFAG WLHLQPNFQP S LSWFKDAE SRLNHHLAGL FGVSSLAWTG HLVHVAIPES RGQHVGWDNF LSVLPHPQGL TPFWSGNWAA YAQNPDTASH AF GTADGSG TAILTFLGGF HPQTQSLWLS DMAHHHLAIA VLFIVAGHMY RTNFGIGHRL EAILEAHTPP AGGLGAGHKG LFH TVNNSL HFQLGLALAS VGTITSLVAQ HMYSLPPYAY LAVDFTTQAS LYTHHQYIAG FIMCGAFAHG AIFFIRDYDP EQNK GNVLA RVLDHKEAII SHLSWVSLFL GFHTLGLYVH NDVVQAFGTP EKQILIEPVF AQWIQAAQGK SLYGFDLLLA SSSSP AYSA GQSLWLPGWL EAINNNQNSL FLTIGPGDFL VHHAIALGLH TTTLILVKGA LDARGSKLMP DKKDFGYSFP CDGPGR GGT CDISAYDAFY LAVFWMLNTI GWVTFYWHWK HLTLWQGNVS QFDESSTYLM GWLRDYLWLN SSQLINGYNP FGMNSLS VW AWTFLFGHLV YATGFMFLIS WRGYWQELIE TLVWAHEKTP LANLVYWKDK PVALSIVQAR LVGLAHFSVG YIFTYAAF L IASTAGRFG

+
分子 #7: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Green alga (しおひげむし)
分子量理論値: 8.71709 KDa
配列文字列:
AHVVKIYDTC IGCTQCVRAC PLDVLEMVPW DGCKAAQMAS SPRTEDCVGC KRCETACPTD FLSVRVYLGN ESTRSLGLAY

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit II, PsaD

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II, PsaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 15.883294 KDa
配列文字列:
PWKQPELDPD TPSPIFGGST GGLLRKAQVE EFYVITWESP KEQIFEMPTG GAAIMRKGPN LLKFARKEQC MALTTQLRSK FRQTPCFYR VYADGKVQYL HPKDGVYPEK VNAGRVGVNQ NMRSIGKNVD PIKVVKFTGS EP

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit IV, PsaE

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV, PsaE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 7.297158 KDa
配列文字列:
EIGPKRGSLV KVLRPESYWY NQVGKVVSVD QSGIRYPVVV RFENQNYAGV STNNYALDEI EEVK

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit III, PsaF

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III, PsaF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 18.212902 KDa
配列文字列:
DIAGLTPCSE SKAYNKLERK ELKVLDKRLK QYEPGSAPYL ALQATKERTE NRFKTYAKQG LLCGNDGLPH LISDPGLALR FNHAGEVFI PTFGFLYVAG YIGHVGRQYI ILSKEDAKPT DKEIILDVPL ALKLAFQGWA WPLASIQELR NGSLLEKDEN I TVS

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Green alga (しおひげむし)
分子量理論値: 4.467188 KDa
配列文字列:
MKDFTTYLST APVVGLGWAI FTSGLLIEIN RFFPDPLVFS

+
分子 #12: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / ルテイン

+
分子 #13: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 4 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン / ビオラキサンチン

+
分子 #14: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 23 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン

+
分子 #15: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 134 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

+
分子 #16: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 10 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B / Chlorophyll b

+
分子 #17: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 6 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #18: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 5 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #19: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa

+
分子 #20: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン

+
分子 #21: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #22: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
3.0 mMC6H13NO5Tricine-Tris
0.05 %C22H42O10SB-DTM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 41.6 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: cryoSPARC, RELION (ver. 2.1)) / 使用した粒子像数: 132017
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5l8r

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-6rhz:
Structure of a minimal photosystem I from a green alga

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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