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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4750 | ||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure and molecular model of squid hemocyanin (Todarodes pacificus , TpH) | ||||||||||||
マップデータ | CryoEM map of Todarodes pacificus hemocyanin (TpH) | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | oxygen transporter / mollusc / hemocyanin / copper / symmetry mismatch / OXYGEN TRANSPORT | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Todarodes pacificus (イカ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Tanaka Y / Kato S | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: IUCrJ / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM reveals the asymmetric assembly of squid hemocyanin. 著者: Yoshikazu Tanaka / Sanae Kato / Markus Stabrin / Stefan Raunser / Takashi Matsui / Christos Gatsogiannis / 要旨: The oxygen transporter of molluscs, hemocyanin, consists of long pearl-necklace-like subunits of several globular domains. The subunits assemble in a complex manner to form cylindrical decamers. ...The oxygen transporter of molluscs, hemocyanin, consists of long pearl-necklace-like subunits of several globular domains. The subunits assemble in a complex manner to form cylindrical decamers. Typically, the first six domains of each subunit assemble together to form the cylinder wall, while the C-terminal domains form a collar that fills or caps the cylinder. During evolution, various molluscs have been able to fine-tune their oxygen binding by deleting or adding C-terminal domains and adjusting their inner-collar architecture. However, squids have duplicated one of the wall domains of their subunits instead. Here, using cryo-EM and an optimized refinement protocol implemented in , this work tackled the symmetry-mismatched structure of squid hemocyanin, revealing the precise effect of this duplication on its quaternary structure and providing a potential model for its structural evolution. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4750.map.gz | 24.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4750-v30.xml emd-4750.xml | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4750.png | 283.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-4750.cif.gz | 7.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4750 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4750 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4750_validation.pdf.gz | 420.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4750_full_validation.pdf.gz | 420 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4750_validation.xml.gz | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_4750_validation.cif.gz | 8.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4750 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4750 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4750.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM map of Todarodes pacificus hemocyanin (TpH) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.14 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Squid Hemocyanin
全体 | 名称: Squid Hemocyanin |
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要素 |
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-超分子 #1: Squid Hemocyanin
超分子 | 名称: Squid Hemocyanin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: TpH is a decamer of a 400 kDa subunit. Each subunit is composed by 8 paralogous O2 binding functional units (A,B,C,D,D*,E,F,G). The ten subunits of TpH acquire 4 different overall conformations. |
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由来(天然) | 生物種: Todarodes pacificus (イカ) |
分子量 | 理論値: 3.8 MDa |
-分子 #1: Hemocyanin subunit 1
分子 | 名称: Hemocyanin subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Todarodes pacificus (イカ) |
分子量 | 理論値: 379.741188 KDa |
配列 | 文字列: NLLRKNVDTL TPDEILNLQV SLRAMQDDEG ASGYQAISAY HGEPADCKAA DGSTIVCCLH GMPTFPMWHR LYLVQFEQAL VAHGSTLGI PYWDWTKPMT QLPELVQHPL FIDPTGKKAK KNVFYSGEIK FENKVTARAV DARLYQASQE GQKNFLLEGV L NALEQEDF ...文字列: NLLRKNVDTL TPDEILNLQV SLRAMQDDEG ASGYQAISAY HGEPADCKAA DGSTIVCCLH GMPTFPMWHR LYLVQFEQAL VAHGSTLGI PYWDWTKPMT QLPELVQHPL FIDPTGKKAK KNVFYSGEIK FENKVTARAV DARLYQASQE GQKNFLLEGV L NALEQEDF CHFEVQLEVA HNPIHYLVGG RFTHSMSSLE YTSYDPLFFL HHSNVERHFA LWQALQKHRG LPTRPNCGLN LF HSPMEPF GRDTNPFAIT KDNSKASSLF DYEHLGYAFD DLSLNGMTIE ELEALLKQRR SGARAFANFR LGGIKTSANV RIK LCIPTE DKRQSDNCDN DAGQFFILGG TNEMPWNFAF PYLHEITDTV LSLGLALDSN YYVTAEVTAI NGTLMPTQTI PRPI VTYIP PQGFKDVNMV NMDTSSLRFR KDISSLTTEE EYELRVAMER FMSDKSINGY QALAEFHGLP AKCPRPDALN RVACC IHGM ATFPHWHRLV VMQFENALFT RGSPIGVPYW DWTKPFTALP SLLADETYVD PYTKETKPNP FFKAPIEFLK AGVHTS RQI DERLFKQPSK GDHGFLYDGL SLAFEQDDFC DFEVQFEVTH NSIHAWTGGS EPYSMSSLHY TSFDPMFWLH HSQVDRL WA IWQALQIQRG KPYKTYCANS EVYRPMKPFA FKSPLNNDEK TREHSVPTDV YDYQAELAYT YDTLFFGGLS IRELQRYV E EAKSKDRVFA GFLLMGIQTS ANVDLFVVAG GNEFFVGSIA VLGGSKEMTW RFDRVYKHEI TDALGALGVD MFAEYTLRV DIKDVNGTAL PPTAIPPPIV IFVPGIADAN VKFDEQHRSR KNVDSMTVSE MNALRTAMAA FAADKEVTGY QQVAAFHGST QWCPSPDAA QKYACCHHGM ATFPHWHRLI ALNFENGLRR NGWSGGLPYW DWTRPIDALP ALVLEAEYTD ANGEAKPNPF F SGAIDSIG ASTSRAPTEA LYEKPDFGKY THLANEIISA LEQEDFCDFE VQYEIAHNHI HALVGGTEAV SMASLEYSAF DP IFMLHHS NVDRIWATWQ ALQKFRGKAY NSANCAIEIL RKPMSPFSLA SDINPDAMTR EYSVPFDVFN YKKNFHYEYD TLE LNGLSI (UNK)QLSREINRR KAKNRV(UNK)VTF MLEGLKKSLL VEYFIAADGT DQKMKAGEFY VLGSENEMPW KFDRPY KSD ITYVMDAMKL HYTDKYHVEL RITDMTGAEV TDLKLVTSVI YEPGIGNFGE GRRWISPITS ASRIRKNLLD FEDGEME SL RNAFKQMADE GRYEEIASFH GVPAQCPSED GTMVHTCCLH GMPVFPHWHR LYVSLVEDEL LARGSGVAVP YWDWVEPF D ELPRLINEAT FYNSRTLQIE PNPFFKGKIS FENAETDRDT QPELFGNRYL YDHTLFVFEQ TDFCEFEVHY EVLHNTIHS WLGGRDVHSM SSLDYAAYDP VFFLHHSNVD RLWAIWQELQ RYRKLSYNEA NCALPLMNQP MRPFSNSTAN NDRLTFTNSR PNDVFDYQN VLHYKYDTLN FAGLSIPQLE RILQKNQGRD RIFAGFLLHG IKASADVRIY ICVPTGIGEE NCGNYAGIFS V LGGETEMP WQFDRLFRYE ITDELKKLGL NQNSHFRVEM ELTAVNGSKI TQKIFPNPTI IFVPSDVEFE EDTWRDVVTS AN RIRRNLK DLSKEDMFSL RAAFKRMTDD GRYEEIAAFH GLPAQCPNAD GSNIHTCCLH GMPTFPHWHR LYLSLVENEL LAR GSDVAV PYWDWIEPFD SLPGLISDET YKHPKTNEDI ENPFHHGKIS FADAVTVRKP RDQLFNNRYL YEHALFAFEH TDFC DFEVH FEVLHNSIHS WIGGPNPHSM SSLDFAAYDP IFFLHHSTVD RLWAIWQDLQ RYRKLDYNVA NCALNLLNDP MRPFN NKTA NQDHLTFTNS RPNDVFDYQN SLNYKFDSLS FSGLSIPRLD DLLESRQSHD RVFAGFWLSG IKASADVNIH ICVPIG VEH EDCDNYAGTF AVLGGETEMP WAFDRLFRYE ISDEMKKLQL TEDSKFRLTT NIIASNGSKV SNDIFPTPTV IFVPKKE RT EQVSTTKSVR GNLVRKNVDR LSLQEINSLI HALKRMQKDR SSDGFETIAS FHALPPLCPN PTAKHRHACC LHGMATFP Q WHRLYVVQFE HSLNRHGAIV GVPYWDWTYP MTEVPGLLTS EKYTDPFTGI ETFNPFNHGH ISFISPETMT TREVSEHLF EQPALGKQTW LFNNIILALE QTDYCDFEVQ FEIVHNSIHS WLGGKELYSL NHLHYAAYDP AFFLHHSNVD RLWVVWQELQ KFRGLPAYE SNCAIELMSQ PLKPFSFGAP YNLNPVTTKY SKPSDVFNYK QNFHYEYDML EMNGMSIAQL ESYIRQERQK D RVFAGFLL EGFGSSAYAT FQVCPDVGDC YEGSHFSVLG GSTEMPWAFD RLYKMEITDI LQAMDLKFDS HFTIKTKIVA HN GTELPES LLPEATIVRI PPSAQNLEVA IPLNRIRRNI NSLESRDVQN LMSALKRLKE DESDFGFQTI AGYHGSLMCP TPE APEYAC CLHGMPTFMH WHRVYLLHFE ESMRRHGASV AVPYWDWTMP SDNLPSLLGD ADYYDAWTDS VIENPFLRGH IKYE DTYTV REIQPELFAL AEGQKESTLF KDVMLMFEQE DYCDFEVQAE VIHNSIHYLI GGHQKYAMSS LMFSSFDPIF YVHHS MVDR LWAIWQELQK HRKLPHDKAY CALDQMAFPM KPFIWESNPN PTTRAVSTPS KLFDYKSLGY DYDHLNFHGM SIGQLE ALI QKQKKADRVF AGFLLHGIKI SADVHLKICI EADCQEAGVI FVLGGETEMP WHFDRNYKMD ITDVLKKRNI PPEALFE HD SKIRLEVEIK SVDGAVLDPN SLPKPSLIYA PAKGLIIQQV GEYDAGSMVR KNVNSLTPSE IENLRNALAA VQADKTDA G YQKIASFHGM PLSCQYPDGT AFACCQHGMV TFPHWHRLYM KQMEDALKAK GAKIGIPYWD WTTAFHSLPI LVTEPKNNP FHHGYIDVAD TKTTRDPRPQ LFDDPEQGDQ SFFYRQIAFA LEQRDFCDFE IQFEMGHNAI HSWVGGPSPY GMSTLHYTSY DPLFYVHHS NTDRIWAIWQ ALQKYRGLPY NSANCEINKL KKPMMPFSSE DNPNEVTKAH STGYKSFDYQ QLNYEYDNLN F HGMTIPQL EVHLKKIQEK DRVFAGFLLR AIGQSADVNF DVCRKDGECT FGGTFCVLGG DYEMPWAFDR LFLYDISKSL VH LRLDAHD DFDIKVTIMG IDGKSLPPNL LPSPTILFKP GTGKI UniProtKB: Hemocyanin subunit 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.9 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 球面収差補正装置: Microscope equipped with Cs corrector |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-24 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5092 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 56.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.0 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-6r83: |