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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4615 | |||||||||
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タイトル | Dps-DNA crystal structure determined in vitro | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Chesnokov YM / Kamyshinsky RA / Orekhov AS / Vasiliev AL | |||||||||
資金援助 | ロシア, 1件
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引用 | ジャーナル: FEBS Lett / 年: 2019 タイトル: Protective Dps-DNA co-crystallization in stressed cells: an in vitro structural study by small-angle X-ray scattering and cryo-electron tomography. 著者: Liubov A Dadinova / Yurii M Chesnokov / Roman A Kamyshinsky / Ivan A Orlov / Maxim V Petoukhov / Andrey A Mozhaev / Ekaterina Yu Soshinskaya / Vassili N Lazarev / Valentin A Manuvera / Anton ...著者: Liubov A Dadinova / Yurii M Chesnokov / Roman A Kamyshinsky / Ivan A Orlov / Maxim V Petoukhov / Andrey A Mozhaev / Ekaterina Yu Soshinskaya / Vassili N Lazarev / Valentin A Manuvera / Anton S Orekhov / Alexander L Vasiliev / Eleonora V Shtykova / 要旨: Under severe or prolonged stress, bacteria produce a nonspecific DNA-binding protein (Dps), which effectively protects DNA against damaging agents both in vitro and in vivo by forming intracellular ...Under severe or prolonged stress, bacteria produce a nonspecific DNA-binding protein (Dps), which effectively protects DNA against damaging agents both in vitro and in vivo by forming intracellular biocrystals. The phenomenon of protective crystallization of DNA in living cells has been intensively investigated during the last two decades; however, the results of studies are somewhat contradictory, and up to now, there has been no direct determination of a Dps-DNA crystal structure. Here, we report the in vitro analysis of the vital process of Dps-DNA co-crystallization using two complementary structural methods: synchrotron small-angle X-ray scattering in solution and cryo-electron tomography. Importantly, for the first time, the DNA in the co-crystals was visualized, and the lattice parameters of the crystalline Dps-DNA complex were determined. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4615.map.gz | 1.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4615-v30.xml emd-4615.xml | 17 KB 17 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4615_fsc.xml | 3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4615.png | 202.4 KB | ||
マスクデータ | emd_4615_msk_1.map | 2 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_4615_half_map_1.map.gz emd_4615_half_map_2.map.gz | 1.4 MB 1.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4615 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4615 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4615.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_4615_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_4615_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_4615_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Dps-DNA co-crystal
全体 | 名称: Dps-DNA co-crystal |
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要素 |
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-超分子 #1: Dps-DNA co-crystal
超分子 | 名称: Dps-DNA co-crystal / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Dps protein and DNA were mixed in the concentrations corresponding to the Dps/DNA ratio 1Dps dodecamer/60 bp of DNA. A ring vector pcDNA-hIRR-GFP 9900 bp was used as DNA sample. |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET-dps |
分子量 | 理論値: 224 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
濃度 | 3.1 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.026 kPa / 詳細: Pelco EasiGlow ( 25 mA) | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blotting for 1.5 seconds. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率(補正後): 37837 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 倍率(公称値): 18000 |
特殊光学系 | 球面収差補正装置: Cs image corrector (CEOS, Germany) |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 1.02 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |