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- EMDB-4504: Cryo-EM Atomic Structure of Broad Bean Stain Virus (BBSV) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4504
タイトルCryo-EM Atomic Structure of Broad Bean Stain Virus (BBSV)
マップデータsharpened map
試料
  • ウイルス: Broad bean stain virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Large coat-protein subunit
    • タンパク質・ペプチド: Small coat-protein subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


transport of virus in host, cell to cell / host cell plasmodesma / T=3 icosahedral viral capsid / membrane => GO:0016020 / GTP binding / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Large coat protein / RNA2 polyprotein / Large coat protein / Small coat protein / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein M
類似検索 - 構成要素
生物種Broad bean stain virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Lecorre F / Lai Jee Him J / Blanc S / Zeddam J-L / Trapani S / Bron P
資金援助New Caledonia, フランス, 3件
OrganizationGrant number国
Government of New CaledoniaNew Caledonia
France BioImaging (FBI)ANR-10-INBS-04-01 フランス
French Infrastructure for Integrated Structural BiologyANR-10-INBS-05 フランス
引用ジャーナル: Virology / 年: 2019
タイトル: The cryo-electron microscopy structure of Broad Bean Stain Virus suggests a common capsid assembly mechanism among comoviruses.
著者: François Lecorre / Joséphine Lai-Kee-Him / Stéphane Blanc / Jean-Louis Zeddam / Stefano Trapani / Patrick Bron /
要旨: The Broad bean stain virus (BBSV) is a member of the genus Comovirus infecting Fabaceae. The virus is transmitted through seed and by plant weevils causing severe and widespread disease worldwide. ...The Broad bean stain virus (BBSV) is a member of the genus Comovirus infecting Fabaceae. The virus is transmitted through seed and by plant weevils causing severe and widespread disease worldwide. BBSV has a bipartite, positive-sense, single-stranded RNA genome encapsidated in icosahedral particles. We present here the cryo-electron microscopy reconstruction of the BBSV and an atomic model of the capsid proteins refined at 3.22 Å resolution. We identified residues involved in RNA/capsid interactions revealing a unique RNA genome organization. Inspection of the small coat protein C-terminal domain highlights a maturation cleavage between Leu567 and Leu568 and interactions of the C-terminal stretch with neighbouring small coat proteins within the capsid pentameric turrets. These interactions previously proposed to play a key role in the assembly of the Cowpea mosaic virus suggest a common capsid assembly mechanism throughout all comovirus species.
履歴
登録2018年12月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月9日-
マップ公開2019年5月1日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6qcc
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6qcc
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4504.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4504.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.11 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.045 / ムービー #1: 0.045
最小 - 最大-0.202414 - 0.29871136
平均 (標準偏差)0.00017448509 (±0.013553439)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 555.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.111.111.11
M x/y/z500500500
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z555.000555.000555.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS500500500
D min/max/mean-0.2020.2990.000

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添付データ

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_4504_additional.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_4504_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_4504_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Broad bean stain virus

全体名称: Broad bean stain virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Broad bean stain virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Large coat-protein subunit
    • タンパク質・ペプチド: Small coat-protein subunit

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超分子 #1: Broad bean stain virus

超分子名称: Broad bean stain virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 593572 / 生物種: Broad bean stain virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Vicia faba (ソラマメ)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 300.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Large coat-protein subunit

分子名称: Large coat-protein subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Broad bean stain virus (ウイルス)
分子量理論値: 41.247977 KDa
配列文字列: MDVDLFKLSL DDTSSVKGSL LDTRFAQVRV VIPKAMAGGN ELLNSNLYDI LVVDNNFRAA AALAHTHIIE GQIKCVCTIN LPENTGCCL ALCVNSSNRG QFSTDIYTIG SQDRMLWNPA CSKNSTFTFN PNPCGTGWSL EFLRRTKFHI SVVCVSGWSA Q PQTDLVMT ...文字列:
MDVDLFKLSL DDTSSVKGSL LDTRFAQVRV VIPKAMAGGN ELLNSNLYDI LVVDNNFRAA AALAHTHIIE GQIKCVCTIN LPENTGCCL ALCVNSSNRG QFSTDIYTIG SQDRMLWNPA CSKNSTFTFN PNPCGTGWSL EFLRRTKFHI SVVCVSGWSA Q PQTDLVMT MDFFVANVPC VPRIYNLGSP GQTLWLNRWM GKLSFGQGVS NDIKSMPLAI GGGAGAKDSI LMNMTNAYLS LW RYFHGDL VFEVNKMSSP YIKSTVTFFI GFGGVSFQPE LEDFPNKLVQ FSEVQEKIEL KFTRAEFLTA WSTQVDPAAQ LAN DGCPYL YAMVHDSTAS TIVGDFNLGV TLTRIENFAG IGCNPGIQGA RLLGSAIATP Q

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分子 #2: Small coat-protein subunit

分子名称: Small coat-protein subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Broad bean stain virus (ウイルス)
分子量理論値: 23.589662 KDa
配列文字列: NAVVRSSPGI YSNCFSLRAP LKPDGPKSFT CDLMGGGVVT DGDTGWQVTV RNTPVSNLLR TAAWKRGTVH VQVVLAGASV KRSDWDSTV QIFLRQSMAT SSYDAKIWDI CQPGAAMLEF SFDVVGPNSG FEMWDSNWAS QTSWFLEFLI SNPAQNTLFE V NLRLDENF ...文字列:
NAVVRSSPGI YSNCFSLRAP LKPDGPKSFT CDLMGGGVVT DGDTGWQVTV RNTPVSNLLR TAAWKRGTVH VQVVLAGASV KRSDWDSTV QIFLRQSMAT SSYDAKIWDI CQPGAAMLEF SFDVVGPNSG FEMWDSNWAS QTSWFLEFLI SNPAQNTLFE V NLRLDENF SVAGTTLMPP FVLDRVSVAR PLLGKQTKTV ARSARVVRET KEASESP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM / 構成要素 - 式: K2HPO4/KH2PO4 / 構成要素 - 名称: Phosphateリン酸塩
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: blot for 1 second before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-9 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2899 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 / 詳細: 1494 images were retained for 3D reconstruction
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 35663
CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
Gctf (ver. 1.06)CTF calculation
RELION (ver. 3.0-beta-2)CTF correction
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Generated by RELION
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-2)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-2)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-2) / 使用した粒子像数: 17233
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1ny7

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6qcc:
Cryo-EM Atomic Structure of Broad Bean Stain Virus (BBSV)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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