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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4467
タイトルCryo-EM structure of the APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2delD1-Cks2 complex (with the D1 box mutated)
マップデータ
試料APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2delD1-Cks2 complex (with the D1 box mutated):
Apc1 / Apc2 / Apc3 / Apc4 / Apc5 / Apc6 / Apc7 / Apc8 / Apc10 / Apc11 ...Apc1 / Apc2 / Apc3 / Apc4 / Apc5 / Apc6 / Apc7 / Apc8 / Apc10 / Apc11 / Apc12 / Apc13 / Apc15 / Apc16 / Cdc20 / Cdk2Cyclin-dependent kinase 2 / Cyclin A2 / Cks2
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Zhang S / Barford D
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_1021/6 英国
Cancer Research UKC576/A14109 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2019
タイトル: Cyclin A2 degradation during the spindle assembly checkpoint requires multiple binding modes to the APC/C.
著者: Suyang Zhang / Thomas Tischer / David Barford /
要旨: The anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) orchestrates cell cycle progression by controlling the temporal degradation of specific cell cycle regulators. Although cyclin A2 and cyclin B1 are ...The anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) orchestrates cell cycle progression by controlling the temporal degradation of specific cell cycle regulators. Although cyclin A2 and cyclin B1 are both targeted for degradation by the APC/C, during the spindle assembly checkpoint (SAC), the mitotic checkpoint complex (MCC) represses APC/C's activity towards cyclin B1, but not cyclin A2. Through structural, biochemical and in vivo analysis, we identify a non-canonical D box (D2) that is critical for cyclin A2 ubiquitination in vitro and degradation in vivo. During the SAC, cyclin A2 is ubiquitinated by the repressed APC/C-MCC, mediated by the cooperative engagement of its KEN and D2 boxes, ABBA motif, and the cofactor Cks. Once the SAC is satisfied, cyclin A2 binds APC/C-Cdc20 through two mutually exclusive binding modes, resulting in differential ubiquitination efficiency. Our findings reveal that a single substrate can engage an E3 ligase through multiple binding modes, affecting its degradation timing and efficiency.
履歴
登録2018年12月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月11日-
マップ公開2019年9月11日-
更新2019年9月11日-
現状2019年9月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4467.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å
1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å
1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.014 / ムービー #1: 0.014
最小 - 最大-0.030694736 - 0.0687824
平均 (標準偏差)0.00020766846 (±0.0020995238)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 440.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z440.000440.000440.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0120.0450.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2delD1-Cks2 complex (with the D1 box mutated)

全体名称: APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2delD1-Cks2 complex (with the D1 box mutated)
構成要素数: 19

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構成要素 #1: タンパク質, APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2delD1-Cks2 complex (with the D1 b...

タンパク質名称: APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2delD1-Cks2 complex (with the D1 box mutated)
組換発現: No
分子量理論値: 1.3 MDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: unidentified baculovirus (バキュロウイルス科)

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構成要素 #2: タンパク質, Apc1

タンパク質名称: Apc1 / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: unidentified baculovirus (バキュロウイルス科)

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構成要素 #3: タンパク質, Apc2

タンパク質名称: Apc2 / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: unidentified baculovirus (バキュロウイルス科)

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構成要素 #4: タンパク質, Apc3

タンパク質名称: Apc3 / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: unidentified baculovirus (バキュロウイルス科)

+
構成要素 #5: タンパク質, Apc4

タンパク質名称: Apc4 / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: unidentified baculovirus (バキュロウイルス科)

+
構成要素 #6: タンパク質, Apc5

タンパク質名称: Apc5 / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: unidentified baculovirus (バキュロウイルス科)

+
構成要素 #7: タンパク質, Apc6

タンパク質名称: Apc6 / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: unidentified baculovirus (バキュロウイルス科)

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構成要素 #8: タンパク質, Apc7

タンパク質名称: Apc7 / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: unidentified baculovirus (バキュロウイルス科)

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構成要素 #9: タンパク質, Apc8

タンパク質名称: Apc8 / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: unidentified baculovirus (バキュロウイルス科)

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構成要素 #10: タンパク質, Apc10

タンパク質名称: Apc10 / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: unidentified baculovirus (バキュロウイルス科)

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構成要素 #11: タンパク質, Apc11

タンパク質名称: Apc11 / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: unidentified baculovirus (バキュロウイルス科)

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構成要素 #12: タンパク質, Apc12

タンパク質名称: Apc12 / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: unidentified baculovirus (バキュロウイルス科)

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構成要素 #13: タンパク質, Apc13

タンパク質名称: Apc13 / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: unidentified baculovirus (バキュロウイルス科)

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構成要素 #14: タンパク質, Apc15

タンパク質名称: Apc15 / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: unidentified baculovirus (バキュロウイルス科)

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構成要素 #15: タンパク質, Apc16

タンパク質名称: Apc16 / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: unidentified baculovirus (バキュロウイルス科)

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構成要素 #16: タンパク質, Cdc20

タンパク質名称: Cdc20 / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: unidentified baculovirus (バキュロウイルス科)

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構成要素 #17: タンパク質, Cdk2

タンパク質名称: Cdk2Cyclin-dependent kinase 2 / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

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構成要素 #18: タンパク質, Cyclin A2

タンパク質名称: Cyclin A2 / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

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構成要素 #19: タンパク質, Cks2

タンパク質名称: Cks2 / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 0.15 mg/mL / 緩衝液: 20mM Hepes, 150mM NaCl, 0.5mM TCEP / pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 28 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラ検出器: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 61415
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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