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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4467 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2delD1-Cks2 complex (with the D1 box mutated) | |||||||||
マップデータ | unsharpened map | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang S / Barford D | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Cyclin A2 degradation during the spindle assembly checkpoint requires multiple binding modes to the APC/C. 著者: Suyang Zhang / Thomas Tischer / David Barford / 要旨: The anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) orchestrates cell cycle progression by controlling the temporal degradation of specific cell cycle regulators. Although cyclin A2 and cyclin B1 are ...The anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) orchestrates cell cycle progression by controlling the temporal degradation of specific cell cycle regulators. Although cyclin A2 and cyclin B1 are both targeted for degradation by the APC/C, during the spindle assembly checkpoint (SAC), the mitotic checkpoint complex (MCC) represses APC/C's activity towards cyclin B1, but not cyclin A2. Through structural, biochemical and in vivo analysis, we identify a non-canonical D box (D2) that is critical for cyclin A2 ubiquitination in vitro and degradation in vivo. During the SAC, cyclin A2 is ubiquitinated by the repressed APC/C-MCC, mediated by the cooperative engagement of its KEN and D2 boxes, ABBA motif, and the cofactor Cks. Once the SAC is satisfied, cyclin A2 binds APC/C-Cdc20 through two mutually exclusive binding modes, resulting in differential ubiquitination efficiency. Our findings reveal that a single substrate can engage an E3 ligase through multiple binding modes, affecting its degradation timing and efficiency. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4467.map.gz | 194.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4467-v30.xml emd-4467.xml | 37.6 KB 37.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4467_fsc.xml | 14.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4467.png | 56.1 KB | ||
その他 | emd_4467_additional.map.gz emd_4467_additional_1.map.gz emd_4467_half_map_1.map.gz emd_4467_half_map_2.map.gz | 16.9 MB 16.9 MB 194.5 MB 194.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4467 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4467 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4467_validation.pdf.gz | 455 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4467_full_validation.pdf.gz | 454.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4467_validation.xml.gz | 19.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4467 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4467 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4467.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: sharpened map with a B factor -50
ファイル | emd_4467_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | sharpened map with a B factor -50 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: sharpened map with a B factor -50
ファイル | emd_4467_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | sharpened map with a B factor -50 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halfmap1
ファイル | emd_4467_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | halfmap1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halfmap2
ファイル | emd_4467_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | halfmap2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2delD1-Cks2 complex (with the D1 box mutated)
+超分子 #1: APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2delD1-Cks2 complex (with the D1 box mutated)
+分子 #1: Apc1
+分子 #2: Apc2
+分子 #3: Apc3
+分子 #4: Apc4
+分子 #5: Apc5
+分子 #6: Apc6
+分子 #7: Apc7
+分子 #8: Apc8
+分子 #9: Apc10
+分子 #10: Apc11
+分子 #11: Apc12
+分子 #12: Apc13
+分子 #13: Apc15
+分子 #14: Apc16
+分子 #15: Cdc20
+分子 #16: Cdk2
+分子 #17: Cyclin A2
+分子 #18: Cks2
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.15 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20mM Hepes, 150mM NaCl, 0.5mM TCEP |
グリッド | モデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 28.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |