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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4429 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of transcribing RNA polymerase II-nucleosome complex | |||||||||||||||
マップデータ | Pol II-NCP refinement | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Nucleosome / elongation / chromatin / RNA polymerase II / TRANSCRIPTION | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes ...RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / termination of RNA polymerase II transcription / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / termination of RNA polymerase III transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II activity / Dual incision in TC-NER / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / positive regulation of translational initiation / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II, core complex / translesion synthesis / translation initiation factor binding / DNA-templated transcription initiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / mRNA processing / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / ribosome biogenesis / peroxisome / single-stranded DNA binding / nucleic acid binding / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / protein heterodimerization activity / mRNA binding / nucleotide binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Farnung L / Vos SM | |||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Structure of transcribing RNA polymerase II-nucleosome complex. 著者: Lucas Farnung / Seychelle M Vos / Patrick Cramer / 要旨: Transcription of eukaryotic protein-coding genes requires passage of RNA polymerase II (Pol II) through nucleosomes, but it is unclear how this is achieved. Here we report the cryo-EM structure of ...Transcription of eukaryotic protein-coding genes requires passage of RNA polymerase II (Pol II) through nucleosomes, but it is unclear how this is achieved. Here we report the cryo-EM structure of transcribing Saccharomyces cerevisiae Pol II engaged with a downstream nucleosome core particle at an overall resolution of 4.4 Å. Pol II and the nucleosome are observed in a defined relative orientation that is not predicted. Pol II contacts both sides of the nucleosome dyad using its clamp head and lobe domains. Structural comparisons reveal that the elongation factors TFIIS, DSIF, NELF, SPT6, and PAF1 complex can be accommodated on the Pol II surface in the presence of the oriented nucleosome. Our results provide a starting point for analysing the mechanisms of chromatin transcription. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4429.map.gz | 96.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4429-v30.xml emd-4429.xml | 55.1 KB 55.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4429_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4429.png | 154.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-4429.cif.gz | 10.9 KB | ||
その他 | emd_4429_additional_1.map.gz emd_4429_additional_2.map.gz emd_4429_additional_3.map.gz emd_4429_additional_4.map.gz emd_4429_additional_5.map.gz emd_4429_additional_6.map.gz emd_4429_additional_7.map.gz emd_4429_half_map_1.map.gz emd_4429_half_map_2.map.gz | 97.1 MB 60.2 MB 96.3 MB 60.8 MB 97.1 MB 60.9 MB 115 MB 97.9 MB 97.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4429 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4429 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4429_validation.pdf.gz | 385.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4429_full_validation.pdf.gz | 384.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4429_validation.xml.gz | 16.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4429 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4429 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4429.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Pol II-NCP refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Multi-Body refinement, Pol II body (Half-map 1)
ファイル | emd_4429_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Multi-Body refinement, Pol II body (Half-map 1) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Multi-Body refinement, NCP body
ファイル | emd_4429_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Multi-Body refinement, NCP body | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Multi-Body refinement, Pol II body
ファイル | emd_4429_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Multi-Body refinement, Pol II body | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Multi-Body refinement, NCP body (Half-map 1)
ファイル | emd_4429_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | Multi-Body refinement, NCP body (Half-map 1) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Multi-Body refinement, Pol II body (Half-map 2)
ファイル | emd_4429_additional_5.map | ||||||||||||
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注釈 | Multi-Body refinement, Pol II body (Half-map 2) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Multi-Body refinement, NCP body (Half-map 1)
ファイル | emd_4429_additional_6.map | ||||||||||||
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注釈 | Multi-Body refinement, NCP body (Half-map 1) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Postprocessed map of Pol II-NCP refinement
ファイル | emd_4429_additional_7.map | ||||||||||||
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注釈 | Postprocessed map of Pol II-NCP refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2 of main map
ファイル | emd_4429_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 of main map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 of main map
ファイル | emd_4429_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 of main map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Complex of S. cerevisiae RNA polymerase II and X. leaves NCP
+超分子 #1: Complex of S. cerevisiae RNA polymerase II and X. leaves NCP
+超分子 #2: Complex of S. cerevisiae RNA polymerase II and X. leaves NCP
+超分子 #3: Complex of S. cerevisiae RNA polymerase II and X. leaves NCP
+超分子 #4: Complex of S. cerevisiae RNA polymerase II and X. leaves NCP
+分子 #1: Histone H3.2
+分子 #2: Histone H2A type 1
+分子 #5: Histone H4
+分子 #6: Histone H2B 1.1
+分子 #7: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
+分子 #8: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
+分子 #9: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
+分子 #10: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4
+分子 #11: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
+分子 #12: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
+分子 #13: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
+分子 #14: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
+分子 #15: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
+分子 #16: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
+分子 #17: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11
+分子 #18: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
+分子 #3: DNA (170-MER)
+分子 #4: DNA (158-MER)
+分子 #19: RNA
+分子 #20: ZINC ION
+分子 #21: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil, UltrAuFoil / 材質: GOLD |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 46.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |