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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6i84 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of transcribing RNA polymerase II-nucleosome complex | |||||||||||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / Nucleosome / elongation / chromatin / RNA polymerase II | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / termination of RNA polymerase II transcription ...RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / termination of RNA polymerase II transcription / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA-templated transcription / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / termination of RNA polymerase I transcription / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / Estrogen-dependent gene expression / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / positive regulation of translational initiation / Dual incision in TC-NER / transcription by RNA polymerase III / translesion synthesis / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / : / translation initiation factor binding / DNA-directed RNA polymerase activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription initiation / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / structural constituent of chromatin / nucleosome / peroxisome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / ribosome biogenesis / single-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||||||||
![]() | Farnung, L. / Vos, S.M. / Cramer, P. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of transcribing RNA polymerase II-nucleosome complex. 著者: Lucas Farnung / Seychelle M Vos / Patrick Cramer / ![]() 要旨: Transcription of eukaryotic protein-coding genes requires passage of RNA polymerase II (Pol II) through nucleosomes, but it is unclear how this is achieved. Here we report the cryo-EM structure of ...Transcription of eukaryotic protein-coding genes requires passage of RNA polymerase II (Pol II) through nucleosomes, but it is unclear how this is achieved. Here we report the cryo-EM structure of transcribing Saccharomyces cerevisiae Pol II engaged with a downstream nucleosome core particle at an overall resolution of 4.4 Å. Pol II and the nucleosome are observed in a defined relative orientation that is not predicted. Pol II contacts both sides of the nucleosome dyad using its clamp head and lobe domains. Structural comparisons reveal that the elongation factors TFIIS, DSIF, NELF, SPT6, and PAF1 complex can be accommodated on the Pol II surface in the presence of the oriented nucleosome. Our results provide a starting point for analysing the mechanisms of chromatin transcription. | |||||||||||||||
履歴 |
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ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1012.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 792.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 MSQVOURW
#1: タンパク質 | 分子量: 15435.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 14109.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 13655.948 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 TN
#3: DNA鎖 | 分子量: 52041.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#4: DNA鎖 | 分子量: 49537.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 7種, 7分子 ABCDGIK
#7: タンパク質 | 分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P04050, DNA-directed RNA polymerase |
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#8: タンパク質 | 分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P08518, DNA-directed RNA polymerase |
#9: タンパク質 | 分子量: 38809.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P16370 |
#10: タンパク質 | 分子量: 25451.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P20433 |
#13: タンパク質 | 分子量: 19081.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P34087 |
#15: タンパク質 | 分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P27999 |
#17: タンパク質 | 分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P38902 |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL
#11: タンパク質 | 分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P20434 |
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#12: タンパク質 | 分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P20435 |
#14: タンパク質 | 分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P20436 |
#16: タンパク質 | 分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P22139 |
#18: タンパク質 | 分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P40422 |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 P
#19: RNA鎖 | 分子量: 3137.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 2種, 9分子 


#20: 化合物 | ChemComp-ZN / #21: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 46 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 49703 / 対称性のタイプ: POINT |