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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4372 | |||||||||
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タイトル | Ribosome subtomogram average obtained for control yeast cells | |||||||||
マップデータ | Ribosome subtomogram average obtained for control yeast cells | |||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Pfeffer S / Engel BD / Schaffer M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2018 タイトル: mTORC1 Controls Phase Separation and the Biophysical Properties of the Cytoplasm by Tuning Crowding. 著者: M Delarue / G P Brittingham / S Pfeffer / I V Surovtsev / S Pinglay / K J Kennedy / M Schaffer / J I Gutierrez / D Sang / G Poterewicz / J K Chung / J M Plitzko / J T Groves / C Jacobs-Wagner ...著者: M Delarue / G P Brittingham / S Pfeffer / I V Surovtsev / S Pinglay / K J Kennedy / M Schaffer / J I Gutierrez / D Sang / G Poterewicz / J K Chung / J M Plitzko / J T Groves / C Jacobs-Wagner / B D Engel / L J Holt / 要旨: Macromolecular crowding has a profound impact on reaction rates and the physical properties of the cell interior, but the mechanisms that regulate crowding are poorly understood. We developed ...Macromolecular crowding has a profound impact on reaction rates and the physical properties of the cell interior, but the mechanisms that regulate crowding are poorly understood. We developed genetically encoded multimeric nanoparticles (GEMs) to dissect these mechanisms. GEMs are homomultimeric scaffolds fused to a fluorescent protein that self-assemble into bright, stable particles of defined size and shape. By combining tracking of GEMs with genetic and pharmacological approaches, we discovered that the mTORC1 pathway can modulate the effective diffusion coefficient of particles ≥20 nm in diameter more than 2-fold by tuning ribosome concentration, without any discernable effect on the motion of molecules ≤5 nm. This change in ribosome concentration affected phase separation both in vitro and in vivo. Together, these results establish a role for mTORC1 in controlling both the mesoscale biophysical properties of the cytoplasm and biomolecular condensation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4372.map.gz | 7.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4372-v30.xml emd-4372.xml | 11.2 KB 11.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4372.png | 92.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4372 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4372 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4372_validation.pdf.gz | 254.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4372_full_validation.pdf.gz | 253.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4372_validation.xml.gz | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4372 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4372 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4372.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Ribosome subtomogram average obtained for control yeast cells | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.42 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cytosolic 80S ribosome
全体 | 名称: Cytosolic 80S ribosome |
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要素 |
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-超分子 #1: Cytosolic 80S ribosome
超分子 | 名称: Cytosolic 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 10 seconds blot time, blot force 10. |
詳細 | Cytosolic 80S ribosomes imaged in control yeast cells thinned by focused ion beam milling |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 6.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用したサブトモグラム数: 36974 |
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抽出 | トモグラム数: 14 / 使用した粒子像数: 36974 / 手法: template matching + cross-correlation cutoff / ソフトウェア - 名称: PyTom |
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: PyTom |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |