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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4298 | |||||||||
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タイトル | Class 2 : distorted nucleosome | |||||||||
マップデータ | Class 2 : distorted nucleosome | |||||||||
試料 |
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キーワード | nucleosome / cryo EM / nucleosome sliding / chromatin remodeling / GENE REGULATION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Bilokapic S / Halic M | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Structural rearrangements of the histone octamer translocate DNA. 著者: Silvija Bilokapic / Mike Strauss / Mario Halic / 要旨: Nucleosomes, the basic unit of chromatin, package and regulate expression of eukaryotic genomes. Nucleosomes are highly dynamic and are remodeled with the help of ATP-dependent remodeling factors. ...Nucleosomes, the basic unit of chromatin, package and regulate expression of eukaryotic genomes. Nucleosomes are highly dynamic and are remodeled with the help of ATP-dependent remodeling factors. Yet, the mechanism of DNA translocation around the histone octamer is poorly understood. In this study, we present several nucleosome structures showing histone proteins and DNA in different organizational states. We observe that the histone octamer undergoes conformational changes that distort the overall nucleosome structure. As such, rearrangements in the histone core α-helices and DNA induce strain that distorts and moves DNA at SHL 2. Distortion of the nucleosome structure detaches histone α-helices from the DNA, leading to their rearrangement and DNA translocation. Biochemical assays show that cross-linked histone octamers are immobilized on DNA, indicating that structural changes in the octamer move DNA. This intrinsic plasticity of the nucleosome is exploited by chromatin remodelers and might be used by other chromatin machineries. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4298.map.gz | 11.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4298-v30.xml emd-4298.xml | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4298.png | 128.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-4298.cif.gz | 5.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4298 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4298 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4298_validation.pdf.gz | 229.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4298_full_validation.pdf.gz | 228.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4298_validation.xml.gz | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4298 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4298 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4298.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Class 2 : distorted nucleosome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Class 1 : Canonical nucleosome
全体 | 名称: Class 1 : Canonical nucleosome |
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要素 |
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-超分子 #1: Class 1 : Canonical nucleosome
超分子 | 名称: Class 1 : Canonical nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 200 KDa |
-超分子 #2: Class 1 : Canonical nucleosome
超分子 | 名称: Class 1 : Canonical nucleosome / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
-超分子 #3: Class 1 : Canonical nucleosome
超分子 | 名称: Class 1 : Canonical nucleosome / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-分子 #1: histone H3
分子 | 名称: histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 11.560538 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: KPHRYRPGTV ALREIRRYQK STELLIRKLP FQRLVREIAQ DFKTDLRFQS SAVMALQEAS EAYLVALFED TNLCAIHAKR VTIMPKDIQ LARRIRGER |
-分子 #2: Histone H4
分子 | 名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 9.704396 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: HRKVLRDNIQ GITKPAIRRL ARRGGVKRIS GLIYEETRGV LKVFLENVIR DAVTYTEHAK RKTVTAMDVV YALKRQGRTL YGFGG UniProtKB: Histone H4 |
-分子 #3: Histone H2A
分子 | 名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 12.082128 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: KTRAKAKTRS SRAGLQFPVG RVHRLLRKGN YAERVGAGAP VYLAAVLEYL TAEILELAGN AARDNKKTRI IPRHLQLAVR NDEELNKLL GRVTIAQGGV LPNIQSVLLP K UniProtKB: Histone H2A |
-分子 #4: Histone H2B
分子 | 名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 10.635226 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: RKTRKESYAI YVYKVLKQVH PDTGISSKAM SIMNSFVNDV FERIAGEASR LAHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAV TKYTSA UniProtKB: Histone H2B |
-分子 #5: DNA (147-MER)
分子 | 名称: DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 45.604047 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列: (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG) |
-分子 #6: DNA (147-MER)
分子 | 名称: DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 45.145754 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC) ...文字列: (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC) (DC)(DT)(DG)(DT) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 100.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 58000 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |