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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4285 | |||||||||
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タイトル | Amphipol reconstituted UIC2 Fab complex of double EQ mutant of human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HMEQ) | |||||||||
マップデータ | Amphipol reconstituted ABCB1HMEQ-UIC2 complex | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.25 Å | |||||||||
データ登録者 | Alam A / Locher KP | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018 タイトル: Structure of a zosuquidar and UIC2-bound human-mouse chimeric ABCB1. 著者: Amer Alam / Raphael Küng / Julia Kowal / Robert A McLeod / Nina Tremp / Eugenia V Broude / Igor B Roninson / Henning Stahlberg / Kaspar P Locher / 要旨: The multidrug transporter ABCB1 (P-glycoprotein) is an ATP-binding cassette transporter that has a key role in protecting tissues from toxic insult and contributes to multidrug extrusion from cancer ...The multidrug transporter ABCB1 (P-glycoprotein) is an ATP-binding cassette transporter that has a key role in protecting tissues from toxic insult and contributes to multidrug extrusion from cancer cells. Here, we report the near-atomic resolution cryo-EM structure of nucleotide-free ABCB1 trapped by an engineered disulfide cross-link between the nucleotide-binding domains (NBDs) and bound to the antigen-binding fragment of the human-specific inhibitory antibody UIC2 and to the third-generation ABCB1 inhibitor zosuquidar. Our structure reveals the transporter in an occluded conformation with a central, enclosed, inhibitor-binding pocket lined by residues from all transmembrane (TM) helices of ABCB1. The pocket spans almost the entire width of the lipid membrane and is occupied exclusively by two closely interacting zosuquidar molecules. The external, conformational epitope facilitating UIC2 binding is also visualized, providing a basis for its inhibition of substrate efflux. Additional cryo-EM structures suggest concerted movement of TM helices from both halves of the transporters associated with closing the NBD gap, as well as zosuquidar binding. Our results define distinct recognition interfaces of ABCB1 inhibitory agents, which may be exploited for therapeutic purposes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4285.map.gz | 38 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4285-v30.xml emd-4285.xml | 8.8 KB 8.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4285.png | 100.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4285 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4285 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4285_validation.pdf.gz | 256.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4285_full_validation.pdf.gz | 255.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4285_validation.xml.gz | 5.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4285 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4285 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4285.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Amphipol reconstituted ABCB1HMEQ-UIC2 complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.336 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Amphipol reconstituted UIC2 Fab complex of double EQ mutant of hu...
全体 | 名称: Amphipol reconstituted UIC2 Fab complex of double EQ mutant of human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HMEQ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Amphipol reconstituted UIC2 Fab complex of double EQ mutant of hu...
超分子 | 名称: Amphipol reconstituted UIC2 Fab complex of double EQ mutant of human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HMEQ) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 195 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 78282 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |