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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42188 | |||||||||
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タイトル | Eastern equine encephalitis virus (PE-6) VLP (asymmetric unit) | |||||||||
マップデータ | EEEV PE-6 VLP focused reconstruction | |||||||||
試料 |
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キーワード | virus (ウイルス) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 ...T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å | |||||||||
データ登録者 | Adams LJ / Fremont DH | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2024 タイトル: Structural and functional basis of VLDLR usage by Eastern equine encephalitis virus. 著者: Lucas J Adams / Saravanan Raju / Hongming Ma / Theron Gilliland / Douglas S Reed / William B Klimstra / Daved H Fremont / Michael S Diamond / 要旨: The very-low-density lipoprotein receptor (VLDLR) comprises eight LDLR type A (LA) domains and supports entry of distantly related alphaviruses, including Eastern equine encephalitis virus (EEEV) and ...The very-low-density lipoprotein receptor (VLDLR) comprises eight LDLR type A (LA) domains and supports entry of distantly related alphaviruses, including Eastern equine encephalitis virus (EEEV) and Semliki Forest virus (SFV). Here, by resolving multiple cryo-electron microscopy structures of EEEV-VLDLR complexes and performing mutagenesis and functional studies, we show that EEEV uses multiple sites (E1/E2 cleft and E2 A domain) to engage more than one LA domain simultaneously. However, no single LA domain is necessary or sufficient to support efficient EEEV infection. Whereas all EEEV strains show conservation of two VLDLR-binding sites, the EEEV PE-6 strain and a few other EEE complex members feature a single amino acid substitution that enables binding of LA domains to an additional site on the E2 B domain. These structural and functional analyses informed the design of a minimal VLDLR decoy receptor that neutralizes EEEV infection and protects mice from lethal challenge. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42188.map.gz | 63.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42188-v30.xml emd-42188.xml | 18.9 KB 18.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_42188_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_42188.png | 47.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-42188.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_42188_additional_1.map.gz emd_42188_half_map_1.map.gz emd_42188_half_map_2.map.gz | 33.1 MB 62.3 MB 62.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42188 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42188 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ufaMC 8ufbC 8ufcC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42188.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | EEEV PE-6 VLP focused reconstruction | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.081 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: EEEV PE-6 VLP focused reconstruction (unsharpened map)
ファイル | emd_42188_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | EEEV PE-6 VLP focused reconstruction (unsharpened map) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: EEEV PE-6 VLP focused reconstruction (half map B)
ファイル | emd_42188_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | EEEV PE-6 VLP focused reconstruction (half map B) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: EEEV PE-6 VLP focused reconstruction (half map A)
ファイル | emd_42188_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | EEEV PE-6 VLP focused reconstruction (half map A) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Eastern equine encephalitis virus
全体 | 名称: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Eastern equine encephalitis virus
超分子 | 名称: Eastern equine encephalitis virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / NCBI-ID: 11021 / 生物種: Eastern equine encephalitis virus / Sci species strain: PE-6 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes |
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-分子 #1: E1 protein
分子 | 名称: E1 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) 株: PE-6 |
分子量 | 理論値: 47.93518 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: YEHTAVMPNK VGIPYKALVE RPGYAPVHLQ IQLVNTRIIP STNLEYITCK YKTKVPSPVV KCCGATQCTS KPHPDYQCQV FSGVYPFMY GGAYCFCDTE NTQMSEAYVE RSEECSIDHA KAYKVHTGTV QAMVNITYGS VSWRSADVYV NGETPAKIGD A KLIIGPLS ...文字列: YEHTAVMPNK VGIPYKALVE RPGYAPVHLQ IQLVNTRIIP STNLEYITCK YKTKVPSPVV KCCGATQCTS KPHPDYQCQV FSGVYPFMY GGAYCFCDTE NTQMSEAYVE RSEECSIDHA KAYKVHTGTV QAMVNITYGS VSWRSADVYV NGETPAKIGD A KLIIGPLS SAWSPFDNKV VVYGHEVYNY DFPEYGTGKA GSFGDLQSRT STSNDLYANT NLKLQRPQAG IVHTPFTQVP SG FERWKKD KGAPLNDVAP FGCSIALEPL RAENCAVGSI PISIDIPDAA FTRISETPTV SDLECKITEC TYAFDFGGIA TVA YKSSKA GNCPIHSPSG VAVIKENDVT LAESGSFTFH FSTANIHPAF KLQVCTSAVT CKGDCKPPKD HIVDYAAQHT ESFT SAISA TAWSWIKVLV GGTSAFIVLG LIATAVVALV LFFHRH UniProtKB: Structural polyprotein |
-分子 #2: E2 protein
分子 | 名称: E2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) 株: PE-6 |
分子量 | 理論値: 46.378191 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DLDTHFTQYK LARPYIADCP NCGHSRCDSP IAIEEVRGDA HAGVIRIQTS AMFGLKTDGV DLAYMSFMNG KTQKSIKIDN LHVRTSAPC SLVSHHGYYI LAQCPPGDTV TVGFHDGPNR HTCTVAHKVE FRPVGREKYR HPPEHGVELP CNRYTHKRAD Q GHYVEMHQ ...文字列: DLDTHFTQYK LARPYIADCP NCGHSRCDSP IAIEEVRGDA HAGVIRIQTS AMFGLKTDGV DLAYMSFMNG KTQKSIKIDN LHVRTSAPC SLVSHHGYYI LAQCPPGDTV TVGFHDGPNR HTCTVAHKVE FRPVGREKYR HPPEHGVELP CNRYTHKRAD Q GHYVEMHQ PGLVADHSLL SIHSAKVKIT VPSGAQVKYY CKCPDVRKGI TSSDHTTTCT DVKQCRAYLI DNKKWVYNSG RL PRGEGDT FKGKLHVPFV PVKAKCIATL APEPLVEHKH RTLILHLHPD HPTLLTTRSL GSDANPTRQW IERPTTVNFT VTG EGLEYT WGNHPPKRVW AQESGEGNPH GWPHEVVVYY YNRYPLTTII GLCTCVAIIM VSCVTSVWLL CRTRNLCITP YKLA PNAQV PILLALLCC UniProtKB: Structural polyprotein |
-分子 #3: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) 株: PE-6 |
分子量 | 理論値: 16.540656 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DKTFPIMLNG QVNGYACVVG GRVFKPLHVE GRIDNEQLAA IKLKKASIYD LEYGDVPQCM KSDTLQYTSD KPPGFYNWHH GAVQYENNR FTVPRGVGGK GDSGRPILDN KGRVVAIVLG GVNEGSRTAL SVVTWNQKGV TVKDTPEGSE PW UniProtKB: Structural polyprotein |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 37.93 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |