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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4060 | |||||||||
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タイトル | Negative Stain electron microscopy of GIF:IL2 complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Ovis aries (ヒツジ) / Orf virus (オルフウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Kandiah E / Gutsche I | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016 タイトル: Structural basis of GM-CSF and IL-2 sequestration by the viral decoy receptor GIF. 著者: Jan Felix / Eaazhisai Kandiah / Steven De Munck / Yehudi Bloch / Gydo C P van Zundert / Kris Pauwels / Ann Dansercoer / Katka Novanska / Randy J Read / Alexandre M J J Bonvin / Bjorn ...著者: Jan Felix / Eaazhisai Kandiah / Steven De Munck / Yehudi Bloch / Gydo C P van Zundert / Kris Pauwels / Ann Dansercoer / Katka Novanska / Randy J Read / Alexandre M J J Bonvin / Bjorn Vergauwen / Kenneth Verstraete / Irina Gutsche / Savvas N Savvides / 要旨: Subversion of the host immune system by viruses is often mediated by molecular decoys that sequester host proteins pivotal to mounting effective immune responses. The widespread mammalian pathogen ...Subversion of the host immune system by viruses is often mediated by molecular decoys that sequester host proteins pivotal to mounting effective immune responses. The widespread mammalian pathogen parapox Orf virus deploys GIF, a member of the poxvirus immune evasion superfamily, to antagonize GM-CSF (granulocyte macrophage colony-stimulating factor) and IL-2 (interleukin-2), two pleiotropic cytokines of the mammalian immune system. However, structural and mechanistic insights into the unprecedented functional duality of GIF have remained elusive. Here we reveal that GIF employs a dimeric binding platform that sequesters two copies of its target cytokines with high affinity and slow dissociation kinetics to yield distinct complexes featuring mutually exclusive interaction footprints. We illustrate how GIF serves as a competitive decoy receptor by leveraging binding hotspots underlying the cognate receptor interactions of GM-CSF and IL-2, without sharing any structural similarity with the cytokine receptors. Our findings contribute to the tracing of novel molecular mimicry mechanisms employed by pathogenic viruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4060.map.gz | 456.6 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4060-v30.xml emd-4060.xml | 9.4 KB 9.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4060.png | 72.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4060 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4060 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4060_validation.pdf.gz | 198.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4060_full_validation.pdf.gz | 197.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4060_validation.xml.gz | 4.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4060 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4060 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4060.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of GIF:IL2
全体 | 名称: Complex of GIF:IL2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of GIF:IL2
超分子 | 名称: Complex of GIF:IL2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Ovine cytokine Interleukin-2 is complexed with orf virus decoy receptor GIF. |
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由来(天然) | 生物種: Ovis aries (ヒツジ) |
-超分子 #2: Ovine cytokine Interleukin-2
超分子 | 名称: Ovine cytokine Interleukin-2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Ovis aries (ヒツジ) |
組換発現 | 生物種: HEK293T (ヒト) / 組換プラスミド: pHLsec |
-超分子 #3: Orf virus decoy receptor GIF.
超分子 | 名称: Orf virus decoy receptor GIF. / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Orf virus (オルフウイルス) |
組換発現 | 生物種: HEK293T (ヒト) / 組換プラスミド: pHLsec |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate 詳細: Negatively stained EM specimens were prepared using a carbon-sandwich technique and 2% (w/v) uranyl-acetate stain. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 1200EXII |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / 平均電子線量: 10.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率(公称値): 40000 |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL In silico モデル: Ab-inition 3D reconstruction using VIPER |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 24324 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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