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- EMDB-40586: CryoEM reconstruction of full-length Btk (class 1) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40586
タイトルCryoEM reconstruction of full-length Btk (class 1)
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: Full-length Bruton's Tyrosine Kinase
    • タンパク質・ペプチド: Full-length Bruton's Tyrosine Kinase
キーワードBruton's Tyrosine Kinase (ブルトン型チロシンキナーゼ) / ATP-binding / protein phosphorylation / TRANSFERASE (転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of B cell activation / G beta:gamma signalling through BTK / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / FCERI mediated Ca+2 mobilization / G alpha (q) signalling events / G alpha (12/13) signalling events / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / proteoglycan catabolic process / monocyte proliferation ...negative regulation of B cell activation / G beta:gamma signalling through BTK / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / FCERI mediated Ca+2 mobilization / G alpha (q) signalling events / G alpha (12/13) signalling events / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / proteoglycan catabolic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / eosinophil homeostasis / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / histamine secretion by mast cell / positive regulation of synoviocyte proliferation / negative regulation of leukocyte proliferation / neutrophil homeostasis / cellular response to molecule of fungal origin / positive regulation of type I hypersensitivity / cellular response to interleukin-7 / DAP12 signaling / negative regulation of cytokine production / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / phospholipase activator activity / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of B cell proliferation / phospholipase binding / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of B cell proliferation / cell maturation / response to organic substance / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cellular response to reactive oxygen species / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / T cell receptor signaling pathway / cytoplasmic vesicle / protein tyrosine kinase activity / response to lipopolysaccharide / 獲得免疫系 / intracellular signal transduction / 脂質ラフト / リン酸化 / 自然免疫系 / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3ドメイン ...Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3ドメイン / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase BTK
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.36 Å
データ登録者Lin DY / Andreotti AH / Juneja P
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Conformational heterogeneity of the BTK PHTH domain drives multiple regulatory states.
著者: David Yin-Wei Lin / Lauren E Kueffer / Puneet Juneja / Thomas E Wales / John R Engen / Amy H Andreotti /
要旨: Full-length Bruton's tyrosine kinase (BTK) has been refractory to structural analysis. The nearest full-length structure of BTK to date consists of the autoinhibited SH3-SH2-kinase core. Precisely ...Full-length Bruton's tyrosine kinase (BTK) has been refractory to structural analysis. The nearest full-length structure of BTK to date consists of the autoinhibited SH3-SH2-kinase core. Precisely how the BTK N-terminal domains (the Pleckstrin homology/Tec homology [PHTH] domain and proline-rich regions [PRR] contain linker) contribute to BTK regulation remains unclear. We have produced crystals of full-length BTK for the first time but despite efforts to stabilize the autoinhibited state, the diffraction data still reveal only the SH3-SH2-kinase core with no electron density visible for the PHTH-PRR segment. Cryo-electron microscopy (cryoEM) data of full-length BTK, on the other hand, provide the first view of the PHTH domain within full-length BTK. CryoEM reconstructions support conformational heterogeneity in the PHTH-PRR region wherein the globular PHTH domain adopts a range of states arrayed around the autoinhibited SH3-SH2-kinase core. On the way to activation, disassembly of the SH3-SH2-kinase core opens a new autoinhibitory site on the kinase domain for PHTH domain binding that is ultimately released upon interaction of PHTH with phosphatidylinositol (3,4,5)-trisphosphate. Membrane-induced dimerization activates BTK and we present here a crystal structure of an activation loop swapped BTK kinase domain dimer that likely represents the conformational state leading to trans-autophosphorylation. Together, these data provide the first structural elucidation of full-length BTK and allow a deeper understanding of allosteric control over the BTK kinase domain during distinct stages of activation.
履歴
登録2023年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2024年1月31日-
現状2024年1月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40586.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40586.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 219.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.45315 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.30817124 - 0.5354159
平均 (標準偏差)0.00020685597 (±0.0075367843)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ386386386
Spacing386386386
セルA=B=C: 174.91591 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_40586_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_40586_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Full-length Bruton's Tyrosine Kinase

全体名称: Full-length Bruton's Tyrosine Kinase
要素
  • 複合体: Full-length Bruton's Tyrosine Kinase
    • タンパク質・ペプチド: Full-length Bruton's Tyrosine Kinase

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超分子 #1: Full-length Bruton's Tyrosine Kinase

超分子名称: Full-length Bruton's Tyrosine Kinase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Full-length Bruton's Tyrosine Kinase

分子名称: Full-length Bruton's Tyrosine Kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Mouse full-length Btk with inhibitory mutations / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific protein-tyrosine kinase
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAAVILESIF LKRSQQKKKT SPLNFKKRLF LLTVHKLSYY EYDFERGRRG SKKGSIDVEK ITCVETVIP EKNPPPERQI PRRGEESSEM EQISIIERFP YPFQVVYDEG PLYVFSPTEE L RKRWIHQL KNVIRYNSDL VQKYHPCFWI DGQYLCCSQT AKNAMGCQIL ...文字列:
MAAVILESIF LKRSQQKKKT SPLNFKKRLF LLTVHKLSYY EYDFERGRRG SKKGSIDVEK ITCVETVIP EKNPPPERQI PRRGEESSEM EQISIIERFP YPFQVVYDEG PLYVFSPTEE L RKRWIHQL KNVIRYNSDL VQKYHPCFWI DGQYLCCSQT AKNAMGCQIL ENRNGSLKPG SS HRKTKKP LPPTPEEDQI LKKPLPPEPT AAPISTTELK KVVALYDYMP MNANDLQLRK GEE YFILEE SNLPWWRARD KNGQEGYIPS NYITEAEDSI EMYEWYSKHM TRSQAEQLLK QAGA AGGFI VRDSSKAGKY TVSVFAKSTG EPQGVIRHYV VCSTPQSQYY LAEKHLFSTI PELIN YHQH NSAGLISRLK YPVSKQNKNP PPPPGFGYGS WEIDPKDLTF LKELGTGQFG VVKYGK WRG QYDVAIRMIR EGSMSEDEFI EEAKVMMNLS HEKLVQLYGV CTKQRPIFII TEYMANG CL LNYLREMRHR FQTQQLLEMC KDVCEAMEYL ESKQFLHRDL AARNCLVNDQ GVVKVSDF G MTRYVLDDEY TSSTGSKFPV KWASPEVLMY SKFSSKSDIW AFGVLMWEIY SLGKMPYER FTNSETAEHI AQGLRLPRPH LASERVYTIM YSCWHEKADE RPSFKILLSN ILDVMDEES

UniProtKB: Tyrosine-protein kinase BTK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
20.0 mMTris(hydroxymethyl)aminomethane
150.0 mMsodium chloride塩化ナトリウム
1.0 mMDithiothreitolジチオトレイトール
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 755 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 59.0 e/Å2
詳細: Images were collected in Super-resolution made at 50 frames per second

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2268597
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 16000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2) / 使用した粒子像数: 19275
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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