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- EMDB-40553: Cryo-EM structure of the Hermes transposase bound to two right-en... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40553
タイトルCryo-EM structure of the Hermes transposase bound to two right-ends of its DNA transposon.
マップデータ
試料
  • 複合体: Two right-end Hermes transpososome
    • タンパク質・ペプチド: Hermes transposase
    • DNA: DNA (55-MER)
    • DNA: DNA (46-MER)
    • DNA: DNA (8-MER)
キーワードtransposase / transpososome / BED domain / protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) / RECOMBINATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid metabolic process / protein dimerization activity / DNA binding / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Hermes trasposase, DNA-binding domain / Hermes transposase DNA-binding domain / HAT, C-terminal dimerisation domain / hAT family C-terminal dimerisation region / BED zinc finger / Zinc finger, BED-type / Zinc finger BED-type profile. / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Hermes transposase
類似検索 - 構成要素
生物種Musca domestica (イエバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.1 Å
データ登録者Lannes L / Dyda F
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK036153-16 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Zinc-finger BED domains drive the formation of the active Hermes transpososome by asymmetric DNA binding.
著者: Laurie Lannes / Christopher M Furman / Alison B Hickman / Fred Dyda /
要旨: The Hermes DNA transposon is a member of the eukaryotic hAT superfamily, and its transposase forms a ring-shaped tetramer of dimers. Our investigation, combining biochemical, crystallography and cryo- ...The Hermes DNA transposon is a member of the eukaryotic hAT superfamily, and its transposase forms a ring-shaped tetramer of dimers. Our investigation, combining biochemical, crystallography and cryo-electron microscopy, and in-cell assays, shows that the full-length Hermes octamer extensively interacts with its transposon left-end through multiple BED domains of three Hermes protomers contributed by three dimers explaining the role of the unusual higher-order assembly. By contrast, the right-end is bound to no BED domains at all. Thus, this work supports a model in which Hermes multimerizes to gather enough BED domains to find its left-end among the abundant genomic DNA, facilitating the subsequent interaction with the right-end.
履歴
登録2023年4月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月2日-
マップ公開2023年8月2日-
更新2023年8月2日-
現状2023年8月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40553.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40553.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 93 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.01967928 - 0.044755302
平均 (標準偏差)0.00022606127 (±0.002215481)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ290290290
Spacing290290290
セルA=B=C: 249.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: half-maps processed with DeepEMhancer.

ファイルemd_40553_additional_1.map
注釈half-maps processed with DeepEMhancer.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_40553_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_40553_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Two right-end Hermes transpososome

全体名称: Two right-end Hermes transpososome
要素
  • 複合体: Two right-end Hermes transpososome
    • タンパク質・ペプチド: Hermes transposase
    • DNA: DNA (55-MER)
    • DNA: DNA (46-MER)
    • DNA: DNA (8-MER)

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超分子 #1: Two right-end Hermes transpososome

超分子名称: Two right-end Hermes transpososome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Hermes transposase tetramer of dimers complex bound to two transposon right-end DNAs. The complex was obtained by mixing the purified protein and the DNA.
由来(天然)生物種: Musca domestica (イエバエ)
分子量理論値: 627 KDa

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分子 #1: Hermes transposase

分子名称: Hermes transposase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Musca domestica (イエバエ)
分子量理論値: 70.21057 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEKMDNLEVK AKINQGLYKI TPRHKGTSFI WNVLADIQKE DDTLVEGWVF CRKCEKVLKY TTRQTSNLCR HKCCASLKQS RELKTVSAD CKKEAIEKCA QWVVRDCRPF SAVSGSGFID MIKFFIKVGA EYGEHVNVEE LLPSPITLSR KVTSDAKEKK A LISREIKS ...文字列:
MEKMDNLEVK AKINQGLYKI TPRHKGTSFI WNVLADIQKE DDTLVEGWVF CRKCEKVLKY TTRQTSNLCR HKCCASLKQS RELKTVSAD CKKEAIEKCA QWVVRDCRPF SAVSGSGFID MIKFFIKVGA EYGEHVNVEE LLPSPITLSR KVTSDAKEKK A LISREIKS AVEKDGASAT IDLWTDNYIK RNFLGVTLHY HENNELRDLI LGLKSLDFER STAENIYKKL KAIFSQFNVE DL SSIKFVT DRGANVVKSL ANNIRINCSS HLLSNVLENS FEETPELNMP ILACKNIVKY FKKANLQHRL RSSLKSECPT RWN STYTML RSILDNWESV IQILSEAGET QRIVHINKSI IQTMVNILDG FERIFKELQT CSSPSLCFVV PSILKVKEIC SPDV GDVAD IAKLKVNIIK NVRIIWEENL SIWHYTAFFF YPPALHMQQE KVAQIKEFCL SKMEDLELIN RMSSFNELSA TQLNQ SDSN SHNSIDLTSH SKDISTTSFF FPQLTQNNSR EPPVCPSDEF EFYRKEIVIL SEDFKVMEWW NLNSKKYPKL SKLALS LLS IPASSAASER TFSLAGNIIT EKRNRIGQQT VDSLLFLNSF YKNFCKLDI

UniProtKB: Hermes transposase

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分子 #2: DNA (55-MER)

分子名称: DNA (55-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Musca domestica (イエバエ)
分子量理論値: 16.909779 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG) (DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG) (DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA) (DG) (DT)(DT)(DC)(DT)(DC) ...文字列:
(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG) (DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG) (DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA) (DG) (DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG) (DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)

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分子 #3: DNA (46-MER)

分子名称: DNA (46-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Musca domestica (イエバエ)
分子量理論値: 14.197199 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC) (DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DC) (DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT) (DA) (DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)

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分子 #4: DNA (8-MER)

分子名称: DNA (8-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Musca domestica (イエバエ)
分子量理論値: 2.162448 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
0.3 mMC9H15O6PTCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The complex was formed in vitro by mixing the purified protein with the DNA and further purified by size exclusion chromatography.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9500 / 平均露光時間: 1.66 sec. / 平均電子線量: 48.7 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2920000
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6dx0


詳細: PDB ID 8EB5 and 4D1Q were also used.
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: The 3D reconstruction is not representative of the complex in solution. The Hermes tranposase forms a tetramer of dimers assembled in a ring like shape. Only the Hermes dimers interacting ...詳細: The 3D reconstruction is not representative of the complex in solution. The Hermes tranposase forms a tetramer of dimers assembled in a ring like shape. Only the Hermes dimers interacting with the DNAs have been partially reconstructed. Their BED domains did not show any density.
使用した粒子像数: 53656
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6dx0

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4d1q

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8eb5

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8sjd:
Cryo-EM structure of the Hermes transposase bound to two right-ends of its DNA transposon.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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