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万見
- EMDB-3967: In situ cryo-electron tomogram from Chlamydomonas reinhardtii of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3967
タイトルIn situ cryo-electron tomogram from Chlamydomonas reinhardtii of the cellular environment around the nuclear envelope
マップデータCryo-electron tomogram of Chlamydomonas reinhardtii nuclear membrane
試料
  • 細胞: Whole Chlamydomonas cells
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Albert S / Schaffer M / Beck F / Mosalaganti S / Asano S / Thomas HF / Plitzko J / Beck M / Baumeister W / Engel BD
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017
タイトル: Proteasomes tether to two distinct sites at the nuclear pore complex.
著者: Sahradha Albert / Miroslava Schaffer / Florian Beck / Shyamal Mosalaganti / Shoh Asano / Henry F Thomas / Jürgen M Plitzko / Martin Beck / Wolfgang Baumeister / Benjamin D Engel /
要旨: The partitioning of cellular components between the nucleus and cytoplasm is the defining feature of eukaryotic life. The nuclear pore complex (NPC) selectively gates the transport of macromolecules ...The partitioning of cellular components between the nucleus and cytoplasm is the defining feature of eukaryotic life. The nuclear pore complex (NPC) selectively gates the transport of macromolecules between these compartments, but it is unknown whether surveillance mechanisms exist to reinforce this function. By leveraging in situ cryo-electron tomography to image the native cellular environment of , we observed that nuclear 26S proteasomes crowd around NPCs. Through a combination of subtomogram averaging and nanometer-precision localization, we identified two classes of proteasomes tethered via their Rpn9 subunits to two specific NPC locations: binding sites on the NPC basket that reflect its eightfold symmetry and more abundant binding sites at the inner nuclear membrane that encircle the NPC. These basket-tethered and membrane-tethered proteasomes, which have similar substrate-processing state frequencies as proteasomes elsewhere in the cell, are ideally positioned to regulate transcription and perform quality control of both soluble and membrane proteins transiting the NPC.
履歴
登録2017年11月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年11月15日-
マップ公開2017年11月22日-
更新2018年11月28日-
現状2018年11月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3967.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3967.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 762.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Cryo-electron tomogram of Chlamydomonas reinhardtii nuclear membrane
ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.68 Å
密度
最小 - 最大-112. - 109.
平均 (標準偏差)2.7339582 (±10.788662)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00232
サイズ928928464
Spacing928928464
セルA: 12695.04 Å / B: 12695.04 Å / C: 6347.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z13.6813.6813.68
M x/y/z928928464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z12695.04012695.0406347.520
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00232
NC/NR/NS928928464
D min/max/mean-112.000109.0002.734

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Whole Chlamydomonas cells

全体名称: Whole Chlamydomonas cells
要素
  • 細胞: Whole Chlamydomonas cells

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超分子 #1: Whole Chlamydomonas cells

超分子名称: Whole Chlamydomonas cells / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Grown suspended in TAP media, with normal atmosphere aeration and constant light
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: mat3-4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: TAP media
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blotted for 10 seconds with 10 blot force before plunging..
詳細The cells were frozen onto grids, then thinned using cryo-focused ion beam milling.
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.03 nA / 集束イオンビーム - Dose rate: 2 / 集束イオンビーム - 時間: 2400 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 80 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 5000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 100
集束イオンビーム - 詳細: Starting curent: 0.5 nA, Final current: 0.03 nA. The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FEI Scios DB-FIB. This is not in a list of ...集束イオンビーム - 詳細: Starting curent: 0.5 nA, Final current: 0.03 nA. The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FEI Scios DB-FIB. This is not in a list of allowed values set(['DB235', 'OTHER']) so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 42000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
詳細: Images were collected in movie mode at 12 frames per second
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 詳細: This is a bin4 (twice binned) tomogram. / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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