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- EMDB-3915: Substrate processing state 26S proteasome (SPS2) -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 3915
タイトルSubstrate processing state 26S proteasome (SPS2)
マップデータin situ reconstruction of Rat proteasome in substrate processing states 2
試料Substrate processing state 26S proteasome (SPS2)
  • (Proteasome subunit alpha type- ...プロテアソーム) x 7
  • (Proteasome subunit beta type- ...プロテアソーム) x 7
  • 26S proteasome subunit S5a
  • (Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, ...) x 5
  • (Proteasome 26S subunit, ...) x 2
  • RCG28037
  • (26S proteasome non-ATPase regulatory subunit ...) x 4
  • (26S proteasome regulatory subunit ...) x 5
機能・相同性26S Proteasome regulatory subunit 4 / Proteasome subunit alpha2 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / CSN8/PSMD8/EIF3K / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha5 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 7/8 / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha4 ...26S Proteasome regulatory subunit 4 / Proteasome subunit alpha2 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / CSN8/PSMD8/EIF3K / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha5 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 7/8 / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha4 / Proteasome subunit Rpn10 / Proteasome subunit beta 6 / Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome subunit alpha 7 / Proteasome subunit beta 1 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome subunit beta 7 / 26S Proteasome regulatory subunit 7 / 26S Proteasome regulatory subunit 6A / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rpn11/EIF3F, C-terminal / 26S proteasome regulatory subunit 8 / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / AAA+ ATPase domain / Ubiquitin interacting motif / ATPase, AAA-type, core / ATPase, AAA-type, conserved site / 26S proteasome regulatory subunit P45-like / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit Rpn12 / DSS1/SEM1 / Armadillo-like helical / 26S proteasome regulatory subunit, C-terminal / Proteasome beta subunit, C-terminal / Armadillo-type fold / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit beta 4 / 26S proteasome regulatory complex, non-ATPase subcomplex, Rpn2/Psmd1 subunit / 26S proteasome regulatory complex, non-ATPase subcomplex, Rpn1 subunit / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7/COP9 signalosome complex subunit 1 / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome B-type subunit / 26S Proteasome regulatory subunit 6B / 26S proteasome regulatory subunit 10B / Proteasome/cyclosome repeat / AAA-protein family signature. / Proteasome subunit A N-terminal signature / 26S proteasome subunit RPN7 / Proteasome beta subunits C terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / von Willebrand factor type A domain / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome beta-type subunits signature. / Proteasome regulatory subunit C-terminal / VWFA domain profile. / MPN domain profile. / PCI domain profile. / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome beta-type subunit profile. / Activation of NF-kappaB in B cells / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / CSN8/PSMD8/EIF3K family / DSS1/SEM1 family / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 1 / von Willebrand factor A-like domain superfamily / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 3 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 6 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 11 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 13 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 14 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / MPN domain / Ubiquitin interaction motif / Proteasome subunit alpha 3 / Proteasome subunit beta 5 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12/COP9 signalosome complex subunit 4 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / Proteasome subunit / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / PCI domain / Proteasome/cyclosome repeat / von Willebrand factor, type A / Proteasome, subunit alpha/beta / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / CDT1 association with the CDC6:ORC:origin complex / Proteasome component (PCI) domain / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Degradation of GLI1 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Hedgehog 'on' state / Regulation of RAS by GAPs / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / MAPK6/MAPK4 signaling / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / Metalloprotease DUBs
機能・相同性情報
由来Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Rat (クマネズミ属) / Norway Rat (ドブネズミ)
実験手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 12.8Å分解能
データ登録者Guo Q / Lehmer C / Martinez-Sanchez A / Rudack T / Beck F / Hartmann H / Hipp MS / Hartl FU / Edbauer D / Baumeister W / Fernandez-Busnadiego R
引用ジャーナル: Cell / : 2018
タイトル: In Situ Structure of Neuronal C9orf72 Poly-GA Aggregates Reveals Proteasome Recruitment.
著者: Qiang Guo / Carina Lehmer / Antonio Martínez-Sánchez / Till Rudack / Florian Beck / Hannelore Hartmann / Manuela Pérez-Berlanga / Frédéric Frottin / Mark S Hipp / F Ulrich Hartl / Dieter Edbauer / Wolfgang Baumeister / Rubén Fernández-Busnadiego
要旨: Protein aggregation and dysfunction of the ubiquitin-proteasome system are hallmarks of many neurodegenerative diseases. Here, we address the elusive link between these phenomena by employing ...Protein aggregation and dysfunction of the ubiquitin-proteasome system are hallmarks of many neurodegenerative diseases. Here, we address the elusive link between these phenomena by employing cryo-electron tomography to dissect the molecular architecture of protein aggregates within intact neurons at high resolution. We focus on the poly-Gly-Ala (poly-GA) aggregates resulting from aberrant translation of an expanded GGGGCC repeat in C9orf72, the most common genetic cause of amyotrophic lateral sclerosis and frontotemporal dementia. We find that poly-GA aggregates consist of densely packed twisted ribbons that recruit numerous 26S proteasome complexes, while other macromolecules are largely excluded. Proximity to poly-GA ribbons stabilizes a transient substrate-processing conformation of the 26S proteasome, suggesting stalled degradation. Thus, poly-GA aggregates may compromise neuronal proteostasis by driving the accumulation and functional impairment of a large fraction of cellular proteasomes.
構造検証レポートPDB-ID: 6epe

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年10月11日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2017年12月20日 / マップ公開: 2018年2月7日 / 最新の更新: 2018年2月21日

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構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_3915.map.gz (map file in CCP4 format, 2917 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
90 pix
3.42 Å/pix.
= 307.8 Å
90 pix
3.42 Å/pix.
= 307.8 Å
90 pix
3.42 Å/pix.
= 307.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.42 Å
密度
表面のレベル:0.4 (by author), 0.4 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.3624924 - 0.74848866
平均 (標準偏差)-0.0053123855 (0.16168733)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions909090
Origin-44.0-44.0-44.0
Limit45.045.045.0
Spacing909090
セルA=B=C: 307.80002 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.423.423.42
M x/y/z909090
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z307.800307.800307.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-128-128-128
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-44-44-44
NC/NR/NS909090
D min/max/mean-0.3620.748-0.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Substrate processing state 26S proteasome (SPS2)

全体名称: Substrate processing state 26S proteasome (SPS2)
詳細: in situ proteasome structure generated by subtomogram averaging
構成要素数: 33

+
構成要素 #1: タンパク質, Substrate processing state 26S proteasome (SPS2)

タンパク質名称: Substrate processing state 26S proteasome (SPS2)
詳細: in situ proteasome structure generated by subtomogram averaging
組換発現: No
由来生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

+
構成要素 #2: タンパク質, Proteasome subunit alpha type-6

タンパク質名称: Proteasome subunit alpha type-6プロテアソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 27.432459 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #3: タンパク質, Proteasome subunit alpha type-2

タンパク質名称: Proteasome subunit alpha type-2プロテアソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 25.955549 kDa
由来生物種: Norway Rat (ドブネズミ)

+
構成要素 #4: タンパク質, Proteasome subunit alpha type-4

タンパク質名称: Proteasome subunit alpha type-4プロテアソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 29.53983 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #5: タンパク質, Proteasome subunit alpha type-7

タンパク質名称: Proteasome subunit alpha type-7プロテアソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 28.369439 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #6: タンパク質, Proteasome subunit alpha type-5

タンパク質名称: Proteasome subunit alpha type-5プロテアソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 26.41685 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #7: タンパク質, Proteasome subunit alpha type-1

タンパク質名称: Proteasome subunit alpha type-1プロテアソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 29.557541 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #8: タンパク質, Proteasome subunit alpha type-3

タンパク質名称: Proteasome subunit alpha type-3プロテアソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 28.456275 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #9: タンパク質, Proteasome subunit beta type-6

タンパク質名称: Proteasome subunit beta type-6プロテアソーム / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 25.309576 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #10: タンパク質, Proteasome subunit beta type-7

タンパク質名称: Proteasome subunit beta type-7プロテアソーム / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 29.963461 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #11: タンパク質, Proteasome subunit beta type-3

タンパク質名称: Proteasome subunit beta type-3PSMB3 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 22.988895 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #12: タンパク質, Proteasome subunit beta type-2

タンパク質名称: Proteasome subunit beta type-2PSMB2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 22.941381 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #13: タンパク質, Proteasome subunit beta type-5

タンパク質名称: Proteasome subunit beta type-5PSMB5 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 28.615408 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #14: タンパク質, Proteasome subunit beta type-1

タンパク質名称: Proteasome subunit beta type-1PSMB1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 26.511301 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #15: タンパク質, Proteasome subunit beta type-4

タンパク質名称: Proteasome subunit beta type-4PSMB4 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 29.226248 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #16: タンパク質, 26S proteasome subunit S5a

タンパク質名称: 26S proteasome subunit S5a / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 40.775629 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #17: タンパク質, Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 14

タンパク質名称: Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 14
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 34.620023 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #18: タンパク質, Proteasome 26S subunit, non-ATPase 8

タンパク質名称: Proteasome 26S subunit, non-ATPase 8 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 39.932082 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #19: タンパク質, RCG28037

タンパク質名称: RCG28037 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 8.284611 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #20: タンパク質, 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2

タンパク質名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 100.300547 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #21: タンパク質, 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1

タンパク質名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 105.870117 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #22: タンパク質, Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 3

タンパク質名称: Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 3
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 60.77818 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #23: タンパク質, Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 12

タンパク質名称: Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 12
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 53.011246 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #24: タンパク質, 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11

タンパク質名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 47.526688 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #25: タンパク質, Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 6

タンパク質名称: Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 6
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 45.658398 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #26: タンパク質, Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 7...

タンパク質名称: Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 7 (Predicted)
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 36.551824 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #27: タンパク質, 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 13

タンパク質名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 13 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 42.867223 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #28: タンパク質, 26S proteasome regulatory subunit 7

タンパク質名称: 26S proteasome regulatory subunit 7 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 48.640727 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #29: タンパク質, 26S proteasome regulatory subunit 4

タンパク質名称: 26S proteasome regulatory subunit 4 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 49.260504 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #30: タンパク質, 26S proteasome regulatory subunit 6B

タンパク質名称: 26S proteasome regulatory subunit 6B / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 47.468223 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #31: タンパク質, Proteasome 26S subunit, ATPase 6

タンパク質名称: Proteasome 26S subunit, ATPase 6 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 45.867027 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #32: タンパク質, 26S proteasome regulatory subunit 6A

タンパク質名称: 26S proteasome regulatory subunit 6A / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 49.611824 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

+
構成要素 #33: タンパク質, 26S proteasome regulatory subunit 8

タンパク質名称: 26S proteasome regulatory subunit 8 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 45.694047 kDa
由来生物種: Rat (クマネズミ属)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 細胞 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7
支持膜The grid was coated with C prior to use
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: OTHER / 温度: 298 K / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 1.8 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 42000.0 X (公称値) / Cs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 5000.0 - 7000.0 nm
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
カメラディテクター: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像解析

解析実験手法: サブトモグラム平均法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / サブトモグラムの数: 3482 / クラス平均の数: 4
3次元再構成ソフトウェア: RELION / 分解能: 12.8 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF

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原子モデル構築

モデリング #1精密化のプロトコル: flexible
得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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