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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3892 | |||||||||
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タイトル | State F (Rix1-TAP Rpf2-Flag) - Visualizing the assembly pathway of nucleolar pre-60S ribosomes | |||||||||
マップデータ | State F (Rix1-TAP Rpf2-Flag) - Visualizing the assembly pathway of nucleolar pre-60S ribosmes | |||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Kater L / Thoms M / Barrio-Garcia C / Cheng J / Ismail S / Ahmed YL / Bange G / Kressler D / Berninghausen O / Sinning I ...Kater L / Thoms M / Barrio-Garcia C / Cheng J / Ismail S / Ahmed YL / Bange G / Kressler D / Berninghausen O / Sinning I / Hurt E / Beckmann R | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2017 タイトル: Visualizing the Assembly Pathway of Nucleolar Pre-60S Ribosomes. 著者: Lukas Kater / Matthias Thoms / Clara Barrio-Garcia / Jingdong Cheng / Sherif Ismail / Yasar Luqman Ahmed / Gert Bange / Dieter Kressler / Otto Berninghausen / Irmgard Sinning / Ed Hurt / Roland Beckmann / 要旨: Eukaryotic 60S ribosomal subunits are comprised of three rRNAs and ∼50 ribosomal proteins. The initial steps of their formation take place in the nucleolus, but, owing to a lack of structural ...Eukaryotic 60S ribosomal subunits are comprised of three rRNAs and ∼50 ribosomal proteins. The initial steps of their formation take place in the nucleolus, but, owing to a lack of structural information, this process is poorly understood. Using cryo-EM, we solved structures of early 60S biogenesis intermediates at 3.3 Å to 4.5 Å resolution, thereby providing insights into their sequential folding and assembly pathway. Besides revealing distinct immature rRNA conformations, we map 25 assembly factors in six different assembly states. Notably, the Nsa1-Rrp1-Rpf1-Mak16 module stabilizes the solvent side of the 60S subunit, and the Erb1-Ytm1-Nop7 complex organizes and connects through Erb1's meandering N-terminal extension, eight assembly factors, three ribosomal proteins, and three 25S rRNA domains. Our structural snapshots reveal the order of integration and compaction of the six major 60S domains within early nucleolar 60S particles developing stepwise from the solvent side around the exit tunnel to the central protuberance. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3892.map.gz | 262.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3892-v30.xml emd-3892.xml | 9.3 KB 9.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3892_fsc.xml | 14.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3892.png | 69.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3892 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3892 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3892_validation.pdf.gz | 307.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3892_full_validation.pdf.gz | 306.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3892_validation.xml.gz | 14.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3892 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3892 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3892.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | State F (Rix1-TAP Rpf2-Flag) - Visualizing the assembly pathway of nucleolar pre-60S ribosmes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.084 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Large subunit biogenesis particle purified via Rix1-TAP and Rpf2-Flag
全体 | 名称: Large subunit biogenesis particle purified via Rix1-TAP and Rpf2-Flag |
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要素 |
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-超分子 #1: Large subunit biogenesis particle purified via Rix1-TAP and Rpf2-Flag
超分子 | 名称: Large subunit biogenesis particle purified via Rix1-TAP and Rpf2-Flag タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 27.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |