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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3878 | |||||||||
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タイトル | The distal end of a non-contractile T6SS sheath. | |||||||||
マップデータ | The distal end of a non-contractile T6SS sheath. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Nazarov S / Basler M | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM reconstruction of Type VI secretion system baseplate and sheath distal end. 著者: Sergey Nazarov / Johannes P Schneider / Maximilian Brackmann / Kenneth N Goldie / Henning Stahlberg / Marek Basler / 要旨: The bacterial Type VI secretion system (T6SS) assembles from three major parts: a membrane complex that spans inner and outer membranes, a baseplate, and a sheath-tube polymer. The baseplate ...The bacterial Type VI secretion system (T6SS) assembles from three major parts: a membrane complex that spans inner and outer membranes, a baseplate, and a sheath-tube polymer. The baseplate assembles around a tip complex with associated effectors and connects to the membrane complex by TssK. The baseplate assembly initiates sheath-tube polymerization, which in some organisms requires TssA. Here, we analyzed both ends of isolated non-contractile sheaths by cryo-electron microscopy. Our analysis suggests that the baseplate, solved to an average 8.0 Å resolution, is composed of six subunits of TssE/F/G and the baseplate periphery is decorated by six TssK trimers. The VgrG/PAAR tip complex in the center of the baseplate is surrounded by a cavity, which may accommodate up to ~450 kDa of effector proteins. The distal end of the sheath, resolved to an average 7.5 Å resolution, shows sixfold symmetry; however, its protein composition is unclear. Our structures provide an important step toward an atomic model of the complete T6SS assembly. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3878.map.gz | 48.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3878-v30.xml emd-3878.xml | 17.4 KB 17.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3878_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3878.png | 173 KB | ||
マスクデータ | emd_3878_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_3878_additional.map.gz emd_3878_additional_1.map.gz emd_3878_half_map_1.map.gz emd_3878_half_map_2.map.gz | 59.6 MB 59.6 MB 48.4 MB 48.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3878 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3878 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3878_validation.pdf.gz | 482.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3878_full_validation.pdf.gz | 482 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3878_validation.xml.gz | 14.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3878 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3878 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3878.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The distal end of a non-contractile T6SS sheath. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.12 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_3878_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: The distal end of a non-contractile T6SS sheath. Post-processed map.
ファイル | emd_3878_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | The distal end of a non-contractile T6SS sheath. Post-processed map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: The distal end of a non-contractile T6SS sheath. Post-processed map.
ファイル | emd_3878_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | The distal end of a non-contractile T6SS sheath. Post-processed map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_3878_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_3878_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : The distal end of a non-contractile T6SS sheath.
全体 | 名称: The distal end of a non-contractile T6SS sheath. |
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要素 |
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-超分子 #1: The distal end of a non-contractile T6SS sheath.
超分子 | 名称: The distal end of a non-contractile T6SS sheath. / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: 2740-80 / Organelle: T6SS |
分子量 | 実験値: 540 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8.3 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 3 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 9202 / 平均露光時間: 16.0 sec. / 平均電子線量: 5.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |