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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3776 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo EM structure of the bacterial disaggregase ClpB (BAP form, DWB mutant), in the ATPgammaS state, bound to the model substrate casein | ||||||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / protein unfolding / cellular response to heat / protein refolding / response to heat / response to oxidative stress / ATP hydrolysis activity / ATP binding ...endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / protein unfolding / cellular response to heat / protein refolding / response to heat / response to oxidative stress / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Bos taurus (ウシ) | ||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Deville C / Carroni M / Franke KB / Topf M / Bukau B / Mogk A / Saibil HR | ||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, ドイツ, スウェーデン, 9件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2017 タイトル: Structural pathway of regulated substrate transfer and threading through an Hsp100 disaggregase. 著者: Célia Deville / Marta Carroni / Kamila B Franke / Maya Topf / Bernd Bukau / Axel Mogk / Helen R Saibil / 要旨: Refolding aggregated proteins is essential in combating cellular proteotoxic stress. Together with Hsp70, Hsp100 chaperones, including ClpB, form a powerful disaggregation machine that threads ...Refolding aggregated proteins is essential in combating cellular proteotoxic stress. Together with Hsp70, Hsp100 chaperones, including ClpB, form a powerful disaggregation machine that threads aggregated polypeptides through the central pore of tandem adenosine triphosphatase (ATPase) rings. To visualize protein disaggregation, we determined cryo-electron microscopy structures of inactive and substrate-bound ClpB in the presence of adenosine 5'--(3-thiotriphosphate), revealing closed AAA+ rings with a pronounced seam. In the substrate-free state, a marked gradient of resolution, likely corresponding to mobility, spans across the AAA+ rings with a dynamic hotspot at the seam. On the seam side, the coiled-coil regulatory domains are locked in a horizontal, inactive orientation. On the opposite side, the regulatory domains are accessible for Hsp70 binding, substrate targeting, and activation. In the presence of the model substrate casein, the polypeptide threads through the entire pore channel and increased nucleotide occupancy correlates with higher ATPase activity. Substrate-induced domain displacements indicate a pathway of regulated substrate transfer from Hsp70 to the ClpB pore, inside which a spiral of loops contacts the substrate. The seam pore loops undergo marked displacements, along with ordering of the regulatory domains. These asymmetric movements suggest a mechanism for ATPase activation and substrate threading during disaggregation. | ||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3776.map.gz | 59.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3776-v30.xml emd-3776.xml | 21.9 KB 21.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3776_fsc.xml | 9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3776.png | 39.2 KB | ||
マスクデータ | emd_3776_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_3776_half_map_1.map.gz emd_3776_half_map_2.map.gz | 49.6 MB 49.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3776 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3776 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3776_validation.pdf.gz | 438.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3776_full_validation.pdf.gz | 437.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3776_validation.xml.gz | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3776 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3776 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3776.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.37 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_3776_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_3776_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_3776_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : ClpB homo hexamer bound to the model substract casein
全体 | 名称: ClpB homo hexamer bound to the model substract casein |
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要素 |
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-超分子 #1: ClpB homo hexamer bound to the model substract casein
超分子 | 名称: ClpB homo hexamer bound to the model substract casein タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 570 KDa |
-超分子 #2: ClpB homo hexamer bound to the model substract casein
超分子 | 名称: ClpB homo hexamer bound to the model substract casein タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #3: ClpB homo hexamer bound to the model substract casein
超分子 | 名称: ClpB homo hexamer bound to the model substract casein タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
-分子 #1: ClpB (BAP form, double walker B mutant)
分子 | 名称: ClpB (BAP form, double walker B mutant) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MRLDRLTNKF QLALADAQSL ALGHDNQFIE PLHLMSALLN QEGGSVSPLL TSAGINAGQL RTDINQALNR LPQVEGTGGD VQPSQDLVRV LNLCDKLAQK RGDNFISSEL FVLAALESRG TLADILKAAG ATTANITQAI EQMRGGESVN DQGAEDQRQA LKKYTIDLTE ...文字列: MRLDRLTNKF QLALADAQSL ALGHDNQFIE PLHLMSALLN QEGGSVSPLL TSAGINAGQL RTDINQALNR LPQVEGTGGD VQPSQDLVRV LNLCDKLAQK RGDNFISSEL FVLAALESRG TLADILKAAG ATTANITQAI EQMRGGESVN DQGAEDQRQA LKKYTIDLTE RAEQGKLDPV IGRDEEIRRT IQVLQRRTKN NPVLIGEPGV GKTAIVEGLA QRIINGEVPE GLKGRRVLAL DMGALVAGAK YRGEFEERLK GVLNDLAKQE GNVILFIDQL HTMVGAGKAD GAMDAGNMLK PALARGELHC VGATTLDEYR QYIEKDAALE RRFQKVFVAE PSVEDTIAIL RGLKERYELH HHVQITDPAI VAAATLSHRY IADRQLPDKA IDLIDEAASS IRMQIDSKPE ELDRLDRRII QLKLEQQALM KESDEASKKR LDMLNEELSD KERQYSELEE EWKAEKASLS GTQTIKAELE QAKIAIEQAR RVGDLARMSE LQYGKIPELE KQLEAATQLE GKTMRLLRNK VTDAEIAEVL ARWTGIPVSR MMESEREKLL RMEQELHHRV IGQNEAVDAV SNAIRRSRAG LADPNRPIGS FLFLGPTGVG KTELCKALAN FMFDSDEAMV RIDMSEFMEK HSVSRLVGAP PGYVGYEEGG YLTEAVRRRP YSVILLDQVE KAHPDVFNIL LQVLDDGRLT DGQGRTVDFR NTVVIMTSNL GVRETERKSI GLIHQDNSTD AMEEIKKIFR PEFINRIDEV VVFHPLGEQH IASIAQIQLK RLYKRLEERG YEIHISDEAL KLLSENGYDP VYGARPLKRA IQQQIENPLA QQILSGELVP GKVIRLEVNE DRIVAVQH |
-分子 #2: Alpha casein
分子 | 名称: Alpha casein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
配列 | 文字列: MKLLILTCLV AVALARPKHP IKHQGLPQEV LNENLLRFFV APFPEVFGKE KVNELSKDIG SESTEDQAM EDIKQMEAES ISSSEEIVPN SVEQKHIQKE DVPSERYLGY LEQLLRLKKY K VPQLEIVP NSAEERLHSM KEGIHAQQKE PMIGVNQELA YFYPELFRQF ...文字列: MKLLILTCLV AVALARPKHP IKHQGLPQEV LNENLLRFFV APFPEVFGKE KVNELSKDIG SESTEDQAM EDIKQMEAES ISSSEEIVPN SVEQKHIQKE DVPSERYLGY LEQLLRLKKY K VPQLEIVP NSAEERLHSM KEGIHAQQKE PMIGVNQELA YFYPELFRQF YQLDAYPSGA WY YVPLGTQ YTDAPSFSDI PNPIGSENSE KTTMPLW |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Lacey carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: blot force 0, blot time 3. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 100000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-5ofo: |