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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37495 | |||||||||
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タイトル | human glycine transporter 1 in complex with PF-03463275 in outward facing conformation | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | GlyT1 / PF03463275 / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycine:sodium symporter activity / regulation of synaptic transmission, glycinergic / glycine transmembrane transporter activity / glycine import across plasma membrane / negative regulation of NMDA glutamate receptor activity / positive regulation of heme biosynthetic process / glycine transport / positive regulation of hemoglobin biosynthetic process / dense core granule / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters ...glycine:sodium symporter activity / regulation of synaptic transmission, glycinergic / glycine transmembrane transporter activity / glycine import across plasma membrane / negative regulation of NMDA glutamate receptor activity / positive regulation of heme biosynthetic process / glycine transport / positive regulation of hemoglobin biosynthetic process / dense core granule / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / synaptic transmission, glycinergic / 神経伝達物質輸送体 / parallel fiber to Purkinje cell synapse / transport across blood-brain barrier / sodium ion transmembrane transport / lateral plasma membrane / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / basal plasma membrane / synaptic vesicle membrane / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / basolateral plasma membrane / postsynaptic density / エンドソーム / apical plasma membrane / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å | |||||||||
データ登録者 | Wei Y / Zhao Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2024 タイトル: Transport mechanism and pharmacology of the human GlyT1. 著者: Yiqing Wei / Renjie Li / Yufei Meng / Tuo Hu / Jun Zhao / Yiwei Gao / Qinru Bai / Na Li / Yan Zhao / 要旨: The glycine transporter 1 (GlyT1) plays a crucial role in the regulation of both inhibitory and excitatory neurotransmission by removing glycine from the synaptic cleft. Given its close association ...The glycine transporter 1 (GlyT1) plays a crucial role in the regulation of both inhibitory and excitatory neurotransmission by removing glycine from the synaptic cleft. Given its close association with glutamate/glycine co-activated NMDA receptors (NMDARs), GlyT1 has emerged as a central target for the treatment of schizophrenia, which is often linked to hypofunctional NMDARs. Here, we report the cryo-EM structures of GlyT1 bound with substrate glycine and drugs ALX-5407, SSR504734, and PF-03463275. These structures, captured at three fundamental states of the transport cycle-outward-facing, occluded, and inward-facing-enable us to illustrate a comprehensive blueprint of the conformational change associated with glycine reuptake. Additionally, we identified three specific pockets accommodating drugs, providing clear insights into the structural basis of their inhibitory mechanism and selectivity. Collectively, these structures offer significant insights into the transport mechanism and recognition of substrate and anti-schizophrenia drugs, thus providing a platform to design small molecules to treat schizophrenia. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37495.map.gz | 59.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37495-v30.xml emd-37495.xml | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37495.png | 22.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37495.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_37495_half_map_1.map.gz emd_37495_half_map_2.map.gz | 59.5 MB 59.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37495 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37495 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37495.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37495_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37495_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : human glycine transporter 1
全体 | 名称: human glycine transporter 1 |
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要素 |
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-超分子 #1: human glycine transporter 1
超分子 | 名称: human glycine transporter 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1
分子 | 名称: Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 72.533148 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSGGDTRAAI ARPRMAAAHG PVAPSSPEQN GAVPSEATKR DQNLKRGNWG NQIEFVLTSV GYAVGLGNVW RFPYLCYRNG GGAFMFPYF IMLIFCGIPL FFMELSFGQF ASQGCLGVWR ISPMFKGVGY GMMVVSTYIG IYYNVVICIA FYYFFSSMTH V LPWAYCNN ...文字列: MSGGDTRAAI ARPRMAAAHG PVAPSSPEQN GAVPSEATKR DQNLKRGNWG NQIEFVLTSV GYAVGLGNVW RFPYLCYRNG GGAFMFPYF IMLIFCGIPL FFMELSFGQF ASQGCLGVWR ISPMFKGVGY GMMVVSTYIG IYYNVVICIA FYYFFSSMTH V LPWAYCNN PWNTHDCAGV LDASNLTNGS RPAALPSNLS HLLNHSLQRT SPSEEYWRLY VLKLSDDIGN FGEVRLPLLG CL GVSWLVV FLCLIRGVKS SGKVVYFTAT FPYVVLTILF VRGVTLEGAF DGIMYYLTPQ WDKILEAKVW GDAASQIFYS LGC AWGGLI TMASYNKFHN NCYRDSVIIS ITNCATSVYA GFVIFSILGF MANHLGVDVS RVADHGPGLA FVAYPEALTL LPIS PLWSL LFFFMLILLG LGTQFCLLET LVTAIVDEVG NEWILQKKTY VTLGVAVAGF LLGIPLTSQA GIYWLLLMDN YAASF SLVV ISCIMCVAIM YIYGHRNYFQ DIQMMLGFPP PLFFQICWRF VSPAIIFFIL VFTVIQYQPI TYNHYQYPGW AVAIGF LMA LSSVLCIPLY AMFRLCRTDG DTLLQRLKNA TKPSRDWGPA LLEHRTGRYA PTIAPSPEDG FEVQPLHPDK AQIPIVG SN GSSRLQDSRI UniProtKB: Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1 |
-分子 #2: PF-3463275
分子 | 名称: PF-3463275 / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: W5X |
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分子量 | 理論値: 376.856 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 53950 |