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- PDB-8wfl: human glycine transporter 1 in complex with PF-03463275 in outwar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wfl
タイトルhuman glycine transporter 1 in complex with PF-03463275 in outward facing conformation
要素Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GlyT1 / PF03463275
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine:sodium symporter activity / regulation of synaptic transmission, glycinergic / glycine transmembrane transporter activity / positive regulation of heme biosynthetic process / glycine import across plasma membrane / glycine transport / positive regulation of hemoglobin biosynthetic process / dense core granule / amino acid:sodium symporter activity / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters ...glycine:sodium symporter activity / regulation of synaptic transmission, glycinergic / glycine transmembrane transporter activity / positive regulation of heme biosynthetic process / glycine import across plasma membrane / glycine transport / positive regulation of hemoglobin biosynthetic process / dense core granule / amino acid:sodium symporter activity / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / neurotransmitter transport / parallel fiber to Purkinje cell synapse / lateral plasma membrane / transport across blood-brain barrier / sodium ion transmembrane transport / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / basal plasma membrane / synaptic vesicle membrane / presynaptic membrane / basolateral plasma membrane / postsynaptic membrane / postsynaptic density / endosome / apical plasma membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter, glycine, type 1 / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Wei, Y. / Zhao, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92157102 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Transport mechanism and pharmacology of the human GlyT1.
著者: Yiqing Wei / Renjie Li / Yufei Meng / Tuo Hu / Jun Zhao / Yiwei Gao / Qinru Bai / Na Li / Yan Zhao /
要旨: The glycine transporter 1 (GlyT1) plays a crucial role in the regulation of both inhibitory and excitatory neurotransmission by removing glycine from the synaptic cleft. Given its close association ...The glycine transporter 1 (GlyT1) plays a crucial role in the regulation of both inhibitory and excitatory neurotransmission by removing glycine from the synaptic cleft. Given its close association with glutamate/glycine co-activated NMDA receptors (NMDARs), GlyT1 has emerged as a central target for the treatment of schizophrenia, which is often linked to hypofunctional NMDARs. Here, we report the cryo-EM structures of GlyT1 bound with substrate glycine and drugs ALX-5407, SSR504734, and PF-03463275. These structures, captured at three fundamental states of the transport cycle-outward-facing, occluded, and inward-facing-enable us to illustrate a comprehensive blueprint of the conformational change associated with glycine reuptake. Additionally, we identified three specific pockets accommodating drugs, providing clear insights into the structural basis of their inhibitory mechanism and selectivity. Collectively, these structures offer significant insights into the transport mechanism and recognition of substrate and anti-schizophrenia drugs, thus providing a platform to design small molecules to treat schizophrenia.
履歴
登録2023年9月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年4月3日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年4月3日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年4月3日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年4月3日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年4月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年4月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年4月3日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年4月3日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年4月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年4月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年6月25日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9102
ポリマ－72,5331
非ポリマー3771
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1 / GlyT-1 / GlyT1 / Solute carrier family 6 member 9


分子量: 72533.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC6A9 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P48067
#2: 化合物 ChemComp-W5X / PF-3463275 / ~{N}-[(3-chloranyl-4-fluoranyl-phenyl)methyl]-1-methyl-~{N}-[[(1~{R},5~{S})-3-methyl-3-azabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl]methyl]imidazole-4-carboxamide


分子量: 376.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22ClFN4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human glycine transporter 1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53950 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0034557
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5976217
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.087614
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.042684
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004762

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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