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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3642 | |||||||||
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タイトル | Full-length complex of CMG helicase with polymerase epsilon | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhou JC / Janska A / Goswami P / Renault L / Abid Ali F / Kotecha A / Diffley JFX / Costa A | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017 タイトル: CMG-Pol epsilon dynamics suggests a mechanism for the establishment of leading-strand synthesis in the eukaryotic replisome. 著者: Jin Chuan Zhou / Agnieszka Janska / Panchali Goswami / Ludovic Renault / Ferdos Abid Ali / Abhay Kotecha / John F X Diffley / Alessandro Costa / 要旨: The replisome unwinds and synthesizes DNA for genome duplication. In eukaryotes, the Cdc45-MCM-GINS (CMG) helicase and the leading-strand polymerase, Pol epsilon, form a stable assembly. The ...The replisome unwinds and synthesizes DNA for genome duplication. In eukaryotes, the Cdc45-MCM-GINS (CMG) helicase and the leading-strand polymerase, Pol epsilon, form a stable assembly. The mechanism for coupling DNA unwinding with synthesis is starting to be elucidated, however the architecture and dynamics of the replication fork remain only partially understood, preventing a molecular understanding of chromosome replication. To address this issue, we conducted a systematic single-particle EM study on multiple permutations of the reconstituted CMG-Pol epsilon assembly. Pol epsilon contains two flexibly tethered lobes. The noncatalytic lobe is anchored to the motor of the helicase, whereas the polymerization domain extends toward the side of the helicase. We observe two alternate configurations of the DNA synthesis domain in the CMG-bound Pol epsilon. We propose that this conformational switch might control DNA template engagement and release, modulating replisome progression. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3642.map.gz | 6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3642-v30.xml emd-3642.xml | 7.8 KB 7.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3642.png | 160.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3642 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3642 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3642_validation.pdf.gz | 214.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3642_full_validation.pdf.gz | 213.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3642_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3642 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3642 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3642.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.65 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of CMG helicase with full length polymerase epsilon
全体 | 名称: Complex of CMG helicase with full length polymerase epsilon |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of CMG helicase with full length polymerase epsilon
超分子 | 名称: Complex of CMG helicase with full length polymerase epsilon タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2100 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 24697 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |