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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3636 | |||||||||
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タイトル | multi-drug efflux; membrane transport; RND superfamily; Drug resistance | |||||||||
マップデータ | AcrABZ-TolC pump with inhibitor MBX3132 bound AcrB in the TTT state | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 MacAB-TolC complex / enterobactin transport / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport / porin activity ...MacAB-TolC complex / enterobactin transport / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport / porin activity / cellular response to cell envelope stress / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane / response to organic cyclic compound / response to toxic substance / monoatomic ion channel activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang Z / Fan G / Hryc CF / Blaza JN / Serysheva II / Schmid MF / Chiu W / Luisi BF / Du D | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2017 タイトル: An allosteric transport mechanism for the AcrAB-TolC multidrug efflux pump. 著者: Zhao Wang / Guizhen Fan / Corey F Hryc / James N Blaza / Irina I Serysheva / Michael F Schmid / Wah Chiu / Ben F Luisi / Dijun Du / 要旨: Bacterial efflux pumps confer multidrug resistance by transporting diverse antibiotics from the cell. In Gram-negative bacteria, some of these pumps form multi-protein assemblies that span the cell ...Bacterial efflux pumps confer multidrug resistance by transporting diverse antibiotics from the cell. In Gram-negative bacteria, some of these pumps form multi-protein assemblies that span the cell envelope. Here, we report the near-atomic resolution cryoEM structures of the AcrAB-TolC multidrug efflux pump in resting and drug transport states, revealing a quaternary structural switch that allosterically couples and synchronizes initial ligand binding with channel opening. Within the transport-activated state, the channel remains open even though the pump cycles through three distinct conformations. Collectively, our data provide a dynamic mechanism for the assembly and operation of the AcrAB-TolC pump. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3636.map.gz | 105.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3636-v30.xml emd-3636.xml | 17.7 KB 17.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3636_fsc.xml | 10.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3636.png | 78.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3636 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3636 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3636_validation.pdf.gz | 321.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3636_full_validation.pdf.gz | 320.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3636_validation.xml.gz | 11.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3636 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3636 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3636.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 113.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | AcrABZ-TolC pump with inhibitor MBX3132 bound AcrB in the TTT state | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.29 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : AcrABTolC in apo state
全体 | 名称: AcrABTolC in apo state |
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要素 |
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-超分子 #1: AcrABTolC in apo state
超分子 | 名称: AcrABTolC in apo state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Multidrug efflux pump subunit AcrA
分子 | 名称: Multidrug efflux pump subunit AcrA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 39.80066 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: CDDKQAQQGG QQMPAVGVVT VKTEPLQITT ELPGRTSAYR IAEVRPQVSG IILKRNFKEG SDIEAGVSLY QIDPATYQAT YDSAKGDLA KAQAAANIAQ LTVNRYQKLL GTQYISKQEY DQALADAQQA NAAVTAAKAA VETARINLAY TKVTSPISGR I GKSNVTEG ...文字列: CDDKQAQQGG QQMPAVGVVT VKTEPLQITT ELPGRTSAYR IAEVRPQVSG IILKRNFKEG SDIEAGVSLY QIDPATYQAT YDSAKGDLA KAQAAANIAQ LTVNRYQKLL GTQYISKQEY DQALADAQQA NAAVTAAKAA VETARINLAY TKVTSPISGR I GKSNVTEG ALVQNGQATA LATVQQLDPI YVDVTQSSND MMRLKQELAN GTLKQENGKA KVSLITSDGI KFPQDGTLEF SD VTVDQTT GSITLRAIFP NPDHTMMPGM FVRARLEEGL NPNAILVPQQ GVTRTPRGDA TVLVVGADDK VETRPIVASQ AIG DKWLVT EGLKAGDRVV ISGLQKVRPG VQVKAQEVTA DNNQQAASGA QPEQSKS |
-分子 #2: Outer membrane protein TolC
分子 | 名称: Outer membrane protein TolC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 53.783355 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKKLLPILIG LSLSGFSSLS QAENLMQVYQ QARLSNPELR KSAADRDAAF EKINEARSPL LPQLGLGADY TYSNGYRDAN GINSNATSA SLQLTQSIFD MSKWRALTLQ EKAAGIQDVT YQTDQQTLIL NTATAYFNVL NAIDVLSYTQ AQKEAIYRQL D QTTQRFNV ...文字列: MKKLLPILIG LSLSGFSSLS QAENLMQVYQ QARLSNPELR KSAADRDAAF EKINEARSPL LPQLGLGADY TYSNGYRDAN GINSNATSA SLQLTQSIFD MSKWRALTLQ EKAAGIQDVT YQTDQQTLIL NTATAYFNVL NAIDVLSYTQ AQKEAIYRQL D QTTQRFNV GLVAITDVQN ARAQYDTVLA NEVTARNNLD NAVEQLRQIT GNYYPELAAL NVENFKTDKP QPVNALLKEA EK RNLSLLQ ARLSQDLARE QIRQAQDGHL PTLDLTASTG ISDTSYSGSK TRGAAGTQYD DSNMGQNKVG LSFSLPIYQG GMV NSQVKQ AQYNFVGASE QLESAHRSVV QTVRSSFNNI NASISSINAY KQAVVSAQSS LDAMEAGYSV GTRTIVDVLD ATTT LYNAK QELANARYNY LINQLNIKSA LGTLNEQDLL ALNNALSKPV STNPENVAPQ TPEQNAIADG YAPDSPAPVV QQTSA RTTT SNGHNPFRN |
-分子 #3: Multidrug efflux pump subunit AcrB
分子 | 名称: Multidrug efflux pump subunit AcrB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 113.66518 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MPNFFIDRPI FAWVIAIIIM LAGGLAILKL PVAQYPTIAP PAVTISASYP GADAKTVQDT VTQVIEQNMN GIDNLMYMSS NSDSTGTVQ ITLTFESGTD ADIAQVQVQN KLQLAMPLLP QEVQQQGVSV EKSSSSFLMV VGVINTDGTM TQEDISDYVA A NMKDAISR ...文字列: MPNFFIDRPI FAWVIAIIIM LAGGLAILKL PVAQYPTIAP PAVTISASYP GADAKTVQDT VTQVIEQNMN GIDNLMYMSS NSDSTGTVQ ITLTFESGTD ADIAQVQVQN KLQLAMPLLP QEVQQQGVSV EKSSSSFLMV VGVINTDGTM TQEDISDYVA A NMKDAISR TSGVGDVQLF GSQYAMRIWM NPNELNKFQL TPVDVITAIK AQNAQVAAGQ LGGTPPVKGQ QLNASIIAQT RL TSTEEFG KILLKVNQDG SRVLLRDVAK IELGGENYDI IAEFNGQPAS GLGIKLATGA NALDTAAAIR AELAKMEPFF PSG LKIVYP YDTTPFVKIS IHEVVKTLVE AIILVFLVMY LFLQNFRATL IPTIAVPVVL LGTFAVLAAF GFSINTLTMF GMVL AIGLL VDDAIVVVEN VERVMAEEGL PPKEATRKSM GQIQGALVGI AMVLSAVFVP MAFFGGSTGA IYRQFSITIV SAMAL SVLV ALILTPALCA TMLKPIAKGD HGEGKKGFFG WFNRMFEKST HHYTDSVGGI LRSTGRYLVL YLIIVVGMAY LFVRLP SSF LPDEDQGVFM TMVQLPAGAT QERTQKVLNE VTHYYLTKEK NNVESVFAVN GFGFAGRGQN TGIAFVSLKD WADRPGE EN KVEAITMRAT RAFSQIKDAM VFAFNLPAIV ELGTATGFDF ELIDQAGLGH EKLTQARNQL LAEAAKHPDM LTSVRPNG L EDTPQFKIDI DQEKAQALGV SINDINTTLG AAWGGSYVND FIDRGRVKKV YVMSEAKYRM LPDDIGDWYV RAADGQMVP FSAFSSSRWE YGSPRLERYN GLPSMEILGQ AAPGKSTGEA MELMEQLASK LPTGVGYDWT GMSYQERLSG NQAPSLYAIS LIVVFLCLA ALYESWSIPF SVMLVVPLGV IGALLAATFR GLTNDVYFQV GLLTTIGLSA KNAILIVEFA KDLMDKEGKG L IEATLDAV RMRLRPILMT SLAFILGVMP LVISTGAGSG AQNAVGTGVM GGMVTATVLA IFFVPVFFVV VRRRFSRKNE DI EHSHTVD HH |
-分子 #4: Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ
分子 | 名称: Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 5.995157 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MLELLKSLVF AVIMVPVVMA IILGLIYGLG EVFNIFSGVG KKDQPGQNHH HHHH |
-分子 #5: 6-[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethylsulfanyl]-8-[4-(2-methoxyethyl)pip...
分子 | 名称: 6-[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethylsulfanyl]-8-[4-(2-methoxyethyl)piperazin-1-yl]-3,3-dimethyl-1,4-dihydropyrano[3,4-c]pyridine-5-carbonitrile タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: 5QF |
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分子量 | 理論値: 526.691 Da |
Chemical component information | ChemComp-5QF: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 20 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: a 3ul aliquot at a concentration of 2 mg per ml was applied onto glow-discharged holey carbon grid (Quantifoil Au R1.21.3, 300 mesh). |
詳細 | AcrABTolC complex in apo state |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Crystal structures were rigid-body fit into the density map and model optimization was then carried out with Phenix real-space refine. Due to the weaker resolution, stronger stereochemical and secondary structure restraints were used to ensure that alpha-helices and beta-sheets did not deviate far from their expected geometry. Manual adjustments were kept to a minimum to reduce human bias in the modeling procedure, with Coot only being used to fix obvious errors such as C-beta deviations. A final check of MolProbity and cross correlation was done to ensure model quality. |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
得られたモデル | PDB-5ng5: |