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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3576 | |||||||||
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タイトル | Structure of the thin filament at high calcium concentration | |||||||||
マップデータ | Thin Filament at High Calcium concentrationミオフィラメント | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / actin filament bundle / filamentous actin / actin filament bundle assembly / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament ...cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / actin filament bundle / filamentous actin / actin filament bundle assembly / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / マイクロフィラメント / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Rabbit (ウサギ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 27.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Paul DM / Squire JM / Morris EP | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2017 タイトル: Relaxed and active thin filament structures; a new structural basis for the regulatory mechanism. 著者: Danielle M Paul / John M Squire / Edward P Morris / 要旨: The structures of muscle thin filaments reconstituted using skeletal actin and cardiac troponin and tropomyosin have been determined with and without bound Ca using electron microscopy and reference- ...The structures of muscle thin filaments reconstituted using skeletal actin and cardiac troponin and tropomyosin have been determined with and without bound Ca using electron microscopy and reference-free single particle analysis. The resulting density maps have been fitted with atomic models of actin, tropomyosin and troponin showing that: (i) the polarity of the troponin complex is consistent with our 2009 findings, with large shape changes in troponin between the two states; (ii) without Ca the tropomyosin pseudo-repeats all lie at almost equivalent positions in the 'blocked' position on actin (over subdomains 1 and 2); (iii) in the active state the tropomyosin pseudo-repeats are all displaced towards subdomains 3 and 4 of actin, but the extent of displacement varies within the regulatory unit depending upon the axial location of the pseudo-repeats with respect to troponin. Individual pseudo-repeats with Ca bound to troponin can be assigned either to the 'closed' state, a partly activated conformation, or the 'M-state', a fully activated conformation which has previously been thought to occur only when myosin heads bind. These results lead to a modified view of the steric blocking model of thin filament regulation in which cooperative activation is governed by troponin-mediated local interactions of the pseudo-repeats of tropomyosin with actin. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3576.map.gz | 194 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3576-v30.xml emd-3576.xml | 9.1 KB 9.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3576.png | 1.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3576 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3576 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3576.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Thin Filament at High Calcium concentration | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 6.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Thin filament at high calcium concentration
全体 | 名称: Thin filament at high calcium concentrationミオフィラメント |
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要素 |
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-超分子 #1: Thin filament at high calcium concentration
超分子 | 名称: Thin filament at high calcium concentration / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
-分子 #1: Actin, alpha skeletal muscle
分子 | 名称: Actin, alpha skeletal muscle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 23 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rabbit (ウサギ) |
分子量 | 理論値: 41.875633 KDa |
配列 | 文字列: DEDETTALVC DNGSGLVKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IE(HIC)GII TNW DDMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPTLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNV PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVLDSG DG ...文字列: DEDETTALVC DNGSGLVKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IE(HIC)GII TNW DDMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPTLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNV PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVLDSG DG VTHNVPIYEG YALPHAIMRL DLAGRDLTDY LMKILTERGY SFVTTAEREI VRDIKEKLCY VALDFENEMA TAASSSSL E KSYELPDGQV ITIGNERFRC PETLFQPSFI GMESAGIHET TYNSIMKCDI DIRKDLYANN VMSGGTTMYP GIADRMQKE ITALAPSTMK IKIIAPPERK YSVWIGGSIL ASLSTFQQMW ITKQEYDEAG PSIVHRKCF |
-分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 23 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM12 |
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電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: AGFA SCIENTA FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / 平均電子線量: 12.0 e/Å2 |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
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最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 27.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1680 |