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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3454 | |||||||||
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タイトル | RNA activation-independent DNA targeting by a Csm complex of the Type III CRISPR-Cas system | |||||||||
マップデータ | Csm complex with crRNA from T.onnurineus | |||||||||
試料 |
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生物種 | Thermococcus onnurineus NA1 (古細菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Jung TY / Song JJ / Hebert H / Woo EJ / Oh BH / Park KH / An Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2017 タイトル: RNA activation-independent DNA targeting of the Type III CRISPR-Cas system by a Csm complex. 著者: Kwang-Hyun Park / Yan An / Tae-Yang Jung / In-Young Baek / Haemin Noh / Woo-Chan Ahn / Hans Hebert / Ji-Joon Song / Jeong-Hoon Kim / Byung-Ha Oh / Eui-Jeon Woo / 要旨: The CRISPR-Cas system is an adaptive and heritable immune response that destroys invading foreign nucleic acids. The effector complex of the Type III CRISPR-Cas system targets RNA and DNA in a ...The CRISPR-Cas system is an adaptive and heritable immune response that destroys invading foreign nucleic acids. The effector complex of the Type III CRISPR-Cas system targets RNA and DNA in a transcription-coupled manner, but the exact mechanism of DNA targeting by this complex remains elusive. In this study, an effector Csm holocomplex derived from is reconstituted with a minimalistic combination of Csm12345, and shows RNA targeting and RNA-activated single-stranded DNA (ssDNA) targeting activities. Unexpectedly, in the absence of an RNA transcript, it cleaves ssDNA containing a sequence complementary to the bound crRNA guide region in a manner dependent on the HD domain of the Csm1 subunit. This nuclease activity is blocked by a repeat tag found in the host CRISPR loci. The specific cleavage of ssDNA without a target RNA suggests a novel ssDNA targeting mechanism of the Type III system, which could facilitate the efficient and complete degradation of foreign nucleic acids. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3454.map.gz | 17.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3454-v30.xml emd-3454.xml | 8.9 KB 8.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3454_fsc.xml | 7.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3454.png | 30.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3454 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3454 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3454_validation.pdf.gz | 215.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3454_full_validation.pdf.gz | 214.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3454_validation.xml.gz | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3454 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3454 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3454.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Csm complex with crRNA from T.onnurineus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Csm complex with crRNA from T.onnurineus
全体 | 名称: Csm complex with crRNA from T.onnurineus |
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要素 |
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-超分子 #1: Csm complex with crRNA from T.onnurineus
超分子 | 名称: Csm complex with crRNA from T.onnurineus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Thermococcus onnurineus NA1 (古細菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pRSFDuet-1, pETDuel-1, pACYCDuet-1 |
分子量 | 実験値: 280 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.025 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2100F |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL |