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- EMDB-34431: Cryo-EM structure of BAP1-ASXL1 bound to chromatosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34431
タイトルCryo-EM structure of BAP1-ASXL1 bound to chromatosome
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of BAP1-ASXL1 bound to chromatosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1ヒストンH3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4ヒストンH4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-D
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 2-E
    • DNA: DNA (187-MER)
    • DNA: DNA (187-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Histone H1.4
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase BAP1
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitinユビキチン
    • タンパク質・ペプチド: Polycomb group protein ASXL1ポリコーム群タンパク質
機能・相同性
機能・相同性情報


thrombocyte differentiation / nucleate erythrocyte differentiation / negative regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / PR-DUB complex / leukocyte proliferation / platelet morphogenesis / histone H2A deubiquitinase activity / positive regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / macrophage homeostasis / lung saccule development ...thrombocyte differentiation / nucleate erythrocyte differentiation / negative regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / PR-DUB complex / leukocyte proliferation / platelet morphogenesis / histone H2A deubiquitinase activity / positive regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / macrophage homeostasis / lung saccule development / podocyte development / neutrophil differentiation / regulation of kidney size / myeloid cell apoptotic process / hematopoietic stem cell homeostasis / monoubiquitinated protein deubiquitination / common myeloid progenitor cell proliferation / protein K48-linked deubiquitination / tissue homeostasis / negative regulation of DNA recombination / nuclear retinoic acid receptor binding / Apoptosis induced DNA fragmentation / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / peroxisome proliferator activated receptor binding / chromosome condensation / bone marrow development / female meiosis I / nucleosomal DNA binding / positive regulation of protein monoubiquitination / mitochondrion transport along microtubule / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / fat pad development / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / negative regulation of fat cell differentiation / female gonad development / seminiferous tubule development / protein deubiquitination / male meiosis I / erythrocyte maturation / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / 造血 / homeostasis of number of cells / response to inorganic substance / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / ヘテロクロマチン / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / epigenetic regulation of gene expression / energy homeostasis / regulation of neuron apoptotic process / Packaging Of Telomere Ends / heart morphogenesis / response to retinoic acid / regulation of proteasomal protein catabolic process / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / グリコーゲン合成 / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FLT3 / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Regulation of FZD by ubiquitination / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / p75NTR recruits signalling complexes / Downregulation of ERBB4 signaling / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / telomere organization / Pexophagy / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / VLDLR internalisation and degradation / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NRIF signals cell death from the nucleus / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus
類似検索 - 分子機能
Polycomb protein ASX/ASX-like / Protein ASX-like, PHD domain / ASX, DEUBAD domain / Asx homology domain / PHD domain of transcriptional enhancer, Asx / Peptidase C12, C-terminal domain / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolases / ASXL, HARE-HTH domain / HB1, ASXL, restriction endonuclease HTH domain / HARE-type HTH domain profile. ...Polycomb protein ASX/ASX-like / Protein ASX-like, PHD domain / ASX, DEUBAD domain / Asx homology domain / PHD domain of transcriptional enhancer, Asx / Peptidase C12, C-terminal domain / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolases / ASXL, HARE-HTH domain / HB1, ASXL, restriction endonuclease HTH domain / HARE-type HTH domain profile. / DEUBAD domain / DEUBAD (DEUBiquitinase ADaptor) domain profile. / Peptidase C12, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase superfamily / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, family 1 / Peptidase C12, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Linker histone H1/H5 / linker histone H1 and H5 family / Linker histone H1/H5, domain H15 / Linker histone H1/H5 globular (H15) domain profile. / Domain in histone families 1 and 5 / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / ヒストンH4 / ヒストンH4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Histone H3 signature 1. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Ubiquitin domain signature. / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / ユビキチン様タンパク質 / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyubiquitin-B / Histone H1.4 / Histone H2A type 1-D / ヒストンH4 / ヒストンH3 / Histone H2B type 2-E / Polycomb group protein ASXL1 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase BAP1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Ge W / Yu C / Xu RM
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0508900 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31991162 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)918532204 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92153302 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Basis of the H2AK119 specificity of the Polycomb repressive deubiquitinase.
著者: Weiran Ge / Cong Yu / Jingjing Li / Zhenyu Yu / Xiaorong Li / Yan Zhang / Chao-Pei Liu / Yingfeng Li / Changlin Tian / Xinzheng Zhang / Guohong Li / Bing Zhu / Rui-Ming Xu /
要旨: Repression of gene expression by protein complexes of the Polycomb group is a fundamental mechanism that governs embryonic development and cell-type specification. The Polycomb repressive ...Repression of gene expression by protein complexes of the Polycomb group is a fundamental mechanism that governs embryonic development and cell-type specification. The Polycomb repressive deubiquitinase (PR-DUB) complex removes the ubiquitin moiety from monoubiquitinated histone H2A K119 (H2AK119ub1) on the nucleosome, counteracting the ubiquitin E3 ligase activity of Polycomb repressive complex 1 (PRC1) to facilitate the correct silencing of genes by Polycomb proteins and safeguard active genes from inadvertent silencing by PRC1 (refs. ). The intricate biological function of PR-DUB requires accurate targeting of H2AK119ub1, but PR-DUB can deubiquitinate monoubiquitinated free histones and peptide substrates indiscriminately; the basis for its exquisite nucleosome-dependent substrate specificity therefore remains unclear. Here we report the cryo-electron microscopy structure of human PR-DUB, composed of BAP1 and ASXL1, in complex with the chromatosome. We find that ASXL1 directs the binding of the positively charged C-terminal extension of BAP1 to nucleosomal DNA and histones H3-H4 near the dyad, an addition to its role in forming the ubiquitin-binding cleft. Furthermore, a conserved loop segment of the catalytic domain of BAP1 is situated near the H2A-H2B acidic patch. This distinct nucleosome-binding mode displaces the C-terminal tail of H2A from the nucleosome surface, and endows PR-DUB with the specificity for H2AK119ub1.
履歴
登録2022年10月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月1日-
マップ公開2023年2月1日-
更新2023年4月19日-
現状2023年4月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34431.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34431.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.94
最小 - 最大-36.61596 - 74.14419
平均 (標準偏差)-0.0126599595 (±1.0796034)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 352.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34431_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_34431_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_34431_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of BAP1-ASXL1 bound to chromatosome

全体名称: Cryo-EM structure of BAP1-ASXL1 bound to chromatosome
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of BAP1-ASXL1 bound to chromatosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1ヒストンH3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4ヒストンH4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-D
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 2-E
    • DNA: DNA (187-MER)
    • DNA: DNA (187-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Histone H1.4
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase BAP1
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitinユビキチン
    • タンパク質・ペプチド: Polycomb group protein ASXL1ポリコーム群タンパク質

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超分子 #1: Cryo-EM structure of BAP1-ASXL1 bound to chromatosome

超分子名称: Cryo-EM structure of BAP1-ASXL1 bound to chromatosome
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.437167 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEACEA YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

+
分子 #3: Histone H2A type 1-D

分子名称: Histone H2A type 1-D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.137537 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKQGGK ARAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY SERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAIR NDEELNKLLG KVTIAQGGVL PNIQAVLLPK KTESHHKAKG K

+
分子 #4: Histone H2B type 2-E

分子名称: Histone H2B type 2-E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.951239 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KAQKKDGKKR KRSRKESYSI YVYKVLKQVH PDTGISSKAM GIMNSFVNDI FERIAGEASR LAHYNKRST ITSREIQTAV RLLLPGELAK HAVSEGTKAV TKYTSSK

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分子 #7: Histone H1.4

分子名称: Histone H1.4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.190926 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGMSETAPAA PAAPAPAEKT PVKKKARKSA GAAKRKASGP PVSELITKAV AASKERSGVS LAALKKALAA AGYDVEKNNS RIKLGLKSL VSKGTLVQTK GTGASGSFKL NKKAASGEAK PKAKKAGAAK AKKPAGAAKK PKKATGAATP KKSAKKTPKK A KKPAAAAG ...文字列:
MGMSETAPAA PAAPAPAEKT PVKKKARKSA GAAKRKASGP PVSELITKAV AASKERSGVS LAALKKALAA AGYDVEKNNS RIKLGLKSL VSKGTLVQTK GTGASGSFKL NKKAASGEAK PKAKKAGAAK AKKPAGAAKK PKKATGAATP KKSAKKTPKK A KKPAAAAG AKKAKSPKKA KAAKPKKAPK SPAKAKAVKP KAAKPKTAKP KAAKPKKAAA KKKLEHHHHH H

+
分子 #8: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase BAP1

分子名称: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase BAP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquitinyl hydrolase 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80.456555 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNKGWLELES DPGLFTLLVE DFGVKGVQVE EIYDLQSKCQ GPVYGFIFLF KWIEERRSRR KVSTLVDDTS VIDDDIVNNM FFAHQLIPN SSATHALLSV LLNCSSVDLG PTLSRMKDFT KGFSPESKGY AIGNAPELAK AHNSHARPEP RHLPEKQNGL S AVRTMEAF ...文字列:
MNKGWLELES DPGLFTLLVE DFGVKGVQVE EIYDLQSKCQ GPVYGFIFLF KWIEERRSRR KVSTLVDDTS VIDDDIVNNM FFAHQLIPN SSATHALLSV LLNCSSVDLG PTLSRMKDFT KGFSPESKGY AIGNAPELAK AHNSHARPEP RHLPEKQNGL S AVRTMEAF HFVSYVPITG RLFELDGLKV YPIDHGPWGE DEEWTDKARR VIMERIGLAT AGEPYHDIRF NLMAVVPDRR IK YEARLHV LKVNRQTVLE ALQQLIRVTQ PELIQTHKSQ ESQLPEESKS ASNKSPLVLE ANRAPAASEG NHTDGAEEAA GSC AQAPSH SPPNKPKLVV KPPGSSLNGV HPNPTPIVQR LPAFLDNHNY AKSPMQEEED LAAGVGRSRV PVRPPQQYSD DEDD YEDDE EDDVQNTNSA LRYKGKGTGK PGALSGSADG QLSVLQPNTI NVLAEKLKES QKDLSIPLSI KTSSGAGSPA VAVPT HSQP SPTPSNESTD TASEIGSAFN SPLRSPIRSA NPTRPSSPVT SHISKVLFGE DDSLLRVDCI RYNRAVRDLG PVISTG LLH LAEDGVLSPL ALTEGGKGSS PSIRPIQGSQ GSSSPVEKEV VEATDSREKT GMVRPGEPLS GEKYSPKELL ALLKCVE AE IANYEACLKE EVEKRKKFKI DDQRRTHNYD EFICTFISML AQEGMLANLV EQNISVRRRQ GVSIGRLHKQ RKPDRRKR S RPYKAKRQ

+
分子 #9: Ubiquitin

分子名称: Ubiquitin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.576831 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGG

+
分子 #10: Polycomb group protein ASXL1

分子名称: Polycomb group protein ASXL1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.788602 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKDKQKKKKE RTWAEAARLV LENYSDAPMT PKQILQVIEA EGLKEMRSGT SPLACLNAML HSNSRGGEGL FYKLPGRISL FTLKKDALQ WSRHPATVEG EEPEDTADVE SCGSNEASTV SGENDVSLDE TSSNASCSTE SQSRPLSNPR DSYRASSQAN K QKKKTGVM ...文字列:
MKDKQKKKKE RTWAEAARLV LENYSDAPMT PKQILQVIEA EGLKEMRSGT SPLACLNAML HSNSRGGEGL FYKLPGRISL FTLKKDALQ WSRHPATVEG EEPEDTADVE SCGSNEASTV SGENDVSLDE TSSNASCSTE SQSRPLSNPR DSYRASSQAN K QKKKTGVM LPRVVLTPLK VNGAHVESAS GFSGCHADGE SGSPSSSSSG SLALGSAAIR GQAEVTQDPA PLLRGFRKPA TG QMKRNRG EEIDFETPGS ILVNTNLRAL INSRTFHALP SHFQQQLLFL LPEVDRQVGT DGLLRLSSSA LNNEFFTHAA QSW RERLAD GEFTHEMQVR IRQEMEKEKK VEQWKEKFFE DYYGQKLGLT KEESLQQNVG QE

+
分子 #5: DNA (187-MER)

分子名称: DNA (187-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.438527 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC) (DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG) (DC) (DC)(DG)(DC)(DT)(DC) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC) (DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG) (DC) (DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT) (DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA) (DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG) (DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC) (DC)(DC)(DC)(DG) (DC)(DG)(DT)(DT)(DT) (DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA) (DG)(DG)(DG)(DG)(DA) (DT)(DT)(DA)(DC) (DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC) (DA)(DC)(DG) (DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC) (DC)(DT) (DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG) (DC) (DT)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)

+
分子 #6: DNA (187-MER)

分子名称: DNA (187-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.030969 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DA) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DT) (DG)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA) (DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG) (DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DC) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DA) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DT) (DG)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA) (DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG) (DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG) (DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT) (DA)(DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA) (DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC) (DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG) (DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC) (DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA) (DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DC) (DA) (DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 284 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
ソフトウェア: (名称: cryoSPARC (ver. 3.2), RELION (ver. 3.0.8))
使用した粒子像数: 95225
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8h1t:
Cryo-EM structure of BAP1-ASXL1 bound to chromatosome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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