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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3437 | |||||||||
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タイトル | Three-dimensional reconstruction of W1075 strain Rosellinia necatrix quadrivirus 1 | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of Rosellinia necatrix quadrivirus 1 strain W1075 | |||||||||
試料 |
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キーワード | dsRNA virus / quadrivirus / 3DR / fungal virus | |||||||||
生物種 | Rosellinia necatrix quadrivirus 1 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 8.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Luque D / Mata CP / Gonzalez-Camacho F / Gonzalez JM / Gomez-Blanco J / Alfonso C / Rivas G / Havens WM / Kanematsu S / Suzuki N ...Luque D / Mata CP / Gonzalez-Camacho F / Gonzalez JM / Gomez-Blanco J / Alfonso C / Rivas G / Havens WM / Kanematsu S / Suzuki N / Ghabrial SA / Trus BL / Caston JR | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2016 タイトル: Heterodimers as the Structural Unit of the T=1 Capsid of the Fungal Double-Stranded RNA Rosellinia necatrix Quadrivirus 1. 著者: Daniel Luque / Carlos P Mata / Fernando González-Camacho / José M González / Josué Gómez-Blanco / Carlos Alfonso / Germán Rivas / Wendy M Havens / Satoko Kanematsu / Nobuhiro Suzuki / ...著者: Daniel Luque / Carlos P Mata / Fernando González-Camacho / José M González / Josué Gómez-Blanco / Carlos Alfonso / Germán Rivas / Wendy M Havens / Satoko Kanematsu / Nobuhiro Suzuki / Said A Ghabrial / Benes L Trus / José R Castón / 要旨: Most double-stranded RNA (dsRNA) viruses are transcribed and replicated in a specialized icosahedral capsid with a T=1 lattice consisting of 60 asymmetric capsid protein (CP) dimers. These capsids ...Most double-stranded RNA (dsRNA) viruses are transcribed and replicated in a specialized icosahedral capsid with a T=1 lattice consisting of 60 asymmetric capsid protein (CP) dimers. These capsids help to organize the viral genome and replicative complex(es). They also act as molecular sieves that isolate the virus genome from host defense mechanisms and allow the passage of nucleotides and viral transcripts. Rosellinia necatrix quadrivirus 1 (RnQV1), the type species of the family Quadriviridae, is a dsRNA fungal virus with a multipartite genome consisting of four monocistronic segments (segments 1 to 4). dsRNA-2 and dsRNA-4 encode two CPs (P2 and P4, respectively), which coassemble into ∼450-Å-diameter capsids. We used three-dimensional cryo-electron microscopy combined with complementary biophysical techniques to determine the structures of RnQV1 virion strains W1075 and W1118. RnQV1 has a quadripartite genome, and the capsid is based on a single-shelled T=1 lattice built of P2-P4 dimers. Whereas the RnQV1-W1118 capsid is built of full-length CP, P2 and P4 of RnQV1-W1075 are cleaved into several polypeptides, maintaining the capsid structural organization. RnQV1 heterodimers have a quaternary organization similar to that of homodimers of reoviruses and other dsRNA mycoviruses. The RnQV1 capsid is the first T=1 capsid with a heterodimer as an asymmetric unit reported to date and follows the architectural principle for dsRNA viruses that a 120-subunit capsid is a conserved assembly that supports dsRNA replication and organization. IMPORTANCE: Given their importance to health, members of the family Reoviridae are the basis of most structural and functional studies and provide much of our knowledge of dsRNA viruses. Analysis of ...IMPORTANCE: Given their importance to health, members of the family Reoviridae are the basis of most structural and functional studies and provide much of our knowledge of dsRNA viruses. Analysis of bacterial, protozoal, and fungal dsRNA viruses has improved our understanding of their structure, function, and evolution, as well. Here, we studied a dsRNA virus that infects the fungus Rosellinia necatrix, an ascomycete that is pathogenic to a wide range of plants. Using three-dimensional cryo-electron microscopy and analytical ultracentrifugation analysis, we determined the structure and stoichiometry of Rosellinia necatrix quadrivirus 1 (RnQV1). The RnQV1 capsid is a T=1 capsid with 60 heterodimers as the asymmetric units. The large amount of genetic information used by RnQV1 to construct a simple T=1 capsid is probably related to the numerous virus-host and virus-virus interactions that it must face in its life cycle, which lacks an extracellular phase. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3437.map.gz | 44.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3437-v30.xml emd-3437.xml | 9.9 KB 9.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3437.jpg | 126.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3437 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3437 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3437_validation.pdf.gz | 332.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3437_full_validation.pdf.gz | 331.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3437_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3437 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3437 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3437.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 46.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of Rosellinia necatrix quadrivirus 1 strain W1075 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Rosellinia necatrix quadrivirus 1 full particles W1075 strain
全体 | 名称: Rosellinia necatrix quadrivirus 1 full particles W1075 strain |
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要素 |
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-超分子 #1000: Rosellinia necatrix quadrivirus 1 full particles W1075 strain
超分子 | 名称: Rosellinia necatrix quadrivirus 1 full particles W1075 strain タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: icosahedral / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 20.6 MDa / 理論値: 18.9 MDa / 手法: Sedimentation |
-超分子 #1: Rosellinia necatrix quadrivirus 1
超分子 | 名称: Rosellinia necatrix quadrivirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: RnQV1 / NCBI-ID: 1000373 / 生物種: Rosellinia necatrix quadrivirus 1 / Sci species strain: W1075 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: RnQV1 |
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宿主 | 生物種: Rosellinia necatrix (シロモンパビョウキン) 株: W1075 / 別称: FUNGI |
分子量 | 実験値: 20.6 MDa / 理論値: 18.9 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 470 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl pH 7.8, 5 mM EDTA, 150 mM NaCl |
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染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Samples were applied to grids, blotted and plunged into liquid ethane |
グリッド | 詳細: R 2/2 Quantifoil grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM CPC |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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日付 | 2011年11月24日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 423 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.7 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Phase flipping & amplitude decay |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Xmipp / 使用した粒子像数: 24056 |