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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33646 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of IPEC-J2 cell-derived PEDV PT52 S protein with three D0-up | |||||||||||||||||||||
マップデータ | unsharpened map | |||||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Hsu STD / Draczkowski P / Wang YS | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 台湾, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: In situ structure and dynamics of an alphacoronavirus spike protein by cryo-ET and cryo-EM. 著者: Cheng-Yu Huang / Piotr Draczkowski / Yong-Sheng Wang / Chia-Yu Chang / Yu-Chun Chien / Yun-Han Cheng / Yi-Min Wu / Chun-Hsiung Wang / Yuan-Chih Chang / Yen-Chen Chang / Tzu-Jing Yang / Yu-Xi ...著者: Cheng-Yu Huang / Piotr Draczkowski / Yong-Sheng Wang / Chia-Yu Chang / Yu-Chun Chien / Yun-Han Cheng / Yi-Min Wu / Chun-Hsiung Wang / Yuan-Chih Chang / Yen-Chen Chang / Tzu-Jing Yang / Yu-Xi Tsai / Kay-Hooi Khoo / Hui-Wen Chang / Shang-Te Danny Hsu / 要旨: Porcine epidemic diarrhea (PED) is a highly contagious swine disease caused by porcine epidemic diarrhea virus (PEDV). PED causes enteric disorders with an exceptionally high fatality in neonates, ...Porcine epidemic diarrhea (PED) is a highly contagious swine disease caused by porcine epidemic diarrhea virus (PEDV). PED causes enteric disorders with an exceptionally high fatality in neonates, bringing substantial economic losses in the pork industry. The trimeric spike (S) glycoprotein of PEDV is responsible for virus-host recognition, membrane fusion, and is the main target for vaccine development and antigenic analysis. The atomic structures of the recombinant PEDV S proteins of two different strains have been reported, but they reveal distinct N-terminal domain 0 (D0) architectures that may correspond to different functional states. The existence of the D0 is a unique feature of alphacoronavirus. Here we combined cryo-electron tomography (cryo-ET) and cryo-electron microscopy (cryo-EM) to demonstrate in situ the asynchronous S protein D0 motions on intact viral particles of a highly virulent PEDV Pintung 52 strain. We further determined the cryo-EM structure of the recombinant S protein derived from a porcine cell line, which revealed additional domain motions likely associated with receptor binding. By integrating mass spectrometry and cryo-EM, we delineated the complex compositions and spatial distribution of the PEDV S protein N-glycans, and demonstrated the functional role of a key N-glycan in modulating the D0 conformation. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33646.map.gz | 91.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33646-v30.xml emd-33646.xml | 23 KB 23 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_33646_fsc.xml | 12 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_33646.png | 34.9 KB | ||
その他 | emd_33646_additional_1.map.gz emd_33646_half_map_1.map.gz emd_33646_half_map_2.map.gz | 173.9 MB 170.8 MB 170.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33646 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33646 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33646.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 184 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_33646_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33646_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33646_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : recombinat Porcine epidemic diarrhea virus (strain Pintung 52) 2P...
全体 | 名称: recombinat Porcine epidemic diarrhea virus (strain Pintung 52) 2P Spike |
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要素 |
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-超分子 #1: recombinat Porcine epidemic diarrhea virus (strain Pintung 52) 2P...
超分子 | 名称: recombinat Porcine epidemic diarrhea virus (strain Pintung 52) 2P Spike タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: The PEDV PT52 virus was propagated in Vero C1008 cells (ATCC No. CRL-1586) and then inactivated by 2% formaldehyde. |
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由来(天然) | 生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) 株: Pintung 52 |
組換発現 | 生物種: Sus scrofa (ブタ) / 組換細胞: IPEC-J2 |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) |
分子量 | 理論値: 151.610062 KDa |
組換発現 | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
配列 | 文字列: LPQDVTRCSA KTNFRRFFSK FNVQAPAVVV LGGYLPIGEN QGVNSTWYCA GQHPTASGVH GIFVSHIRGG HGFEIGISQE PFDPSGYQL YLHKATNGNT NATARLRICQ FPSIKTLGPT ANNDVTIGRN CLFNKAIPAH MSEHSVVGIT WDNDRVTVFS D KIYYFYFK ...文字列: LPQDVTRCSA KTNFRRFFSK FNVQAPAVVV LGGYLPIGEN QGVNSTWYCA GQHPTASGVH GIFVSHIRGG HGFEIGISQE PFDPSGYQL YLHKATNGNT NATARLRICQ FPSIKTLGPT ANNDVTIGRN CLFNKAIPAH MSEHSVVGIT WDNDRVTVFS D KIYYFYFK NDWSRVATKC YNSGGCAMQY VYEPTYYMLN VTSAGEDGIS YQPCTANCIG YAANVFATEP NGHIPEGFSF NN WFLLSND STLVHGKVVS NQPLLVNCLL AIPKIYGLGQ FFSFNQTIDG VCNGAAVQRA PEALRFNIND TSVILAEGSI VLH TALGTN FSFVCSNSSN PHLATFAIPL GATQVPYYCF FKVDTYNSTV YKFLAVLPPT VREIVITKYG DVYVNGFGYL HLGL LDAVT INFTGHGTDD DVSGFWTIAS TNFVDALIEV QGTAIQRILY CDDPVSQLKC SQVAFDLDDG FYPFSSRNLL SHEQP ISFV TLPSFNAHSF VNITVSASFG GHSGANLIAS DTTINGFSSF CVDTRQFTIS LSYNVTNSYG YVSNSQDSNC PFTLQS VND YLSFSKFCVS TSLLASACTI DLFGYPEFGS GVKFTSLYFQ FTKGELITGT PKPLEGVTDV SFMTLDVCTK YTIYGFK GE GIITLTNSSF LAGVYYTSDS GQLLAFKNVT SGAVYSVTPC SFSEQAAYVD DDIVGVISSL SSSTFNSTRE LPGFFYHS N DGSNCTEPVL VYSNIGVCKS GSIGYVPSQS GQVKIAPTVT GNISIPTNFS MSIRTEYLQL YNTPVSVDCA TYVCNGNSR CKQLLTQYTA ACKTIESALQ LSARLESVEV NSMLTISEEA LQLATISSFN GDGYNFTNVL GVSVYDPARG RVVQKRSFIE DLLFNKVVT NGLGTVDEDY KRCSNGRSVA DLVCAQYYSG VMVLPGVVDA EKLHMYSASL IGGMVLGGFT AAAALPFSYA V QARLNYLA LQTDVLQRNQ QLLAESFNSA IGNITSAFES VKEASSQTSR GLNTVAHALT KVQEVVNSQG AALTQLTVQL QH NFQAISS SIDDIYSRLD PPSADVQVDR LITGRLSALN AFVAQTLTKY TEVQASRKLA QQKVNECVKS QSQRYGFCGG DGE HIFSLV QAAPQGLLFL HTVLVPSDFV DVIAIAGLCV NDEIALTLRE PGLVLFTHEL QNHTATEYFV SSRRMFEPRK PTVS DFVQI ESCVVTYVNL TRDQLPDVIP DYIDVNKTRD EILASLPNRT GPSLPLDVFN ATYLNLTGEI ADLEQRSESL RNTTE ELQS LIYNINNTLV DLEWLNRVET YIKWPEFGSG GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLKGQ DNSADIQHSG RPLESR GPF EQKLISEEDL NMHTGHHHHH H |
-分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 12 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Blot for 3 seconds before plunging. Force 0. | ||||||||||||
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | Cryo-EM map of IPEC-J2 cell-derived PEDV PT52 S protein with three D0-up |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 64000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3701 / 平均電子線量: 55.4 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-7y6s: |